Q9Y5X1 (SNX9_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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| Protein names | Recommended name: Sorting nexin-9 Alternative name(s): SH3 and PX domain-containing protein 1 Short name=Protein SDP1 SH3 and PX domain-containing protein 3A | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 595 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | May be involved in several stages of intracellular trafficking. Plays a role in endocytosis via clathrin-coated pits, but also clathrin-independent, actin-dependent fluid-phase endocytosis. Plays a role in macropinocytosis. Promotes internalization of TNFR. Promotes degradation of EGFR after EGF signaling. Stimulates the GTPase activity of DNM1. Promotes DNM1 oligomerization. Promotes activation of the Arp2/3 complex by WASL, and thereby plays a role in the reorganization of the F-actin cytoskeleton. Binds to membranes enriched in phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate and promotes membrane tubulation. Has lower affinity for membranes enriched in phosphatidylinositol 3-phosphate. Ref.7 Ref.8 Ref.10 Ref.12 Ref.13 Ref.17 Ref.18 Ref.20 |
| Subunit structure | Homodimer, and homooligomer. Heterodimer with SNX18. Interacts with ITCH. Interacts (via SH3 domain) with TNK2, WASL and ARP3. Identified in a complex with TNK2 and clathrin heavy chains. Identified in a complex with the AP-2 complex, clathrin and DNM2. Interacts (via SH3 domain) with DNM1 and DNM2. Identified in an oligomeric complex containing DNM1 and SNX9. Interacts with ADAM9 and ADAM15 cytoplasmic tails. Ref.2 Ref.7 Ref.8 Ref.9 Ref.10 Ref.11 Ref.12 Ref.13 Ref.14 Ref.16 Ref.17 Ref.20 Ref.21 |
| Subcellular location | Cytoplasmic vesicle membrane; Peripheral membrane protein; Cytoplasmic side. Cell membrane; Peripheral membrane protein; Cytoplasmic side. Cytoplasmic vesicle › clathrin-coated vesicle. Golgi apparatus › trans-Golgi network. Cell projection › ruffle. Cytoplasm. Note: Localized at sites of endocytosis at the cell membrane. Detected on newly formed macropinosomes. Transiently recruited to clathrin-coated pits at a late stage of clathrin-coated vesicle formation. Colocalizes with the actin cytoskeleton at the cell membrane. Ref.8 Ref.9 Ref.10 Ref.11 Ref.12 Ref.13 Ref.17 Ref.18 Ref.20 |
| Tissue specificity | Widely expressed, with highest levels in heart and placenta, and lowest levels in thymus and peripheral blood leukocytes. Ref.2 |
| Domain | The PX domain mediates interaction with membranes enriched in phosphatidylinositol phosphate. Has high affinity for phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate, but can also bind to membranes enriched in other phosphatidylinositol phosphates. Ref.20 |
| Post-translational modification | Ubiquitinated by ITCH. Ref.16 Phosphorylated on tyrosine residues by TNK2. Phosphorylation promotes its activity in the degradation of EGFR. Ref.7 Ref.11 |
| Sequence similarities | Belongs to the sorting nexin family. Contains 1 BAR domain. Contains 1 PX (phox homology) domain. Contains 1 SH3 domain. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| FASLG | P48023 | 2 | EBI-77848,EBI-495538 | |
| SOS1 | Q07889 | 2 | EBI-77848,EBI-297487 | |
| SOS2 | Q07890 | 2 | EBI-77848,EBI-298181 | |
| TNK2 | Q17R13 | 5 | EBI-77848,EBI-457220 | From a different organism. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 595 | 595 | Sorting nexin-9 | PRO_0000213852 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 1 – 62 | 62 | SH3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 250 – 361 | 112 | PX | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 392 – 595 | 204 | BAR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 201 – 213 | 13 | Critical for tubulation activity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 286 | 1 | Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 288 | 1 | Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 313 | 1 | Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 327 | 1 | Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 176 | 1 | Phosphoserine By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 288 | 1 | N6-acetyllysine Ref.15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 287 | 1 | Y → A: Abolishes membrane tubulation activity. Abolishes binding to phosphatidylinositol 3-phosphate, but not to phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate; when associated with A-313. Ref.20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 313 | 1 | K → A: Abolishes binding to phosphatidylinositol 3-phosphate, but not to phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate; when associated with A-287. Ref.20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 363 | 1 | K → E: Strongly reduced membrane binding. Ref.20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 366 – 367 | 2 | KR → EE: Loss of membrane binding. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 522 | 1 | K → E: Abolishes membrane tubulation activity; when associated with E-528. Ref.20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 528 | 1 | K → E: Abolishes membrane tubulation activity; when associated with E-522. Ref.20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 89 | 1 | Q → H in AAH05022. Ref.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 167 – 169 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 215 – 221 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 232 – 237 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 240 – 243 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 252 – 255 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 257 – 259 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 260 – 262 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 263 – 266 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 271 – 276 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 277 – 279 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 283 – 286 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 287 – 301 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 302 – 304 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 324 – 339 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 344 – 346 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 348 – 355 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 359 – 370 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 376 – 382 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 383 – 387 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 392 – 428 | 37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 430 – 450 | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 455 – 457 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 458 – 480 | 23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 482 – 484 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 486 – 500 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 503 – 518 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 520 – 525 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 531 – 590 | 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AF121859 mRNA. Translation: AAD27832.1. AF131214 mRNA. Translation: AAF04473.1. AF172847 mRNA. Translation: AAL54871.1. AL035634, AL139330, AL391863 Genomic DNA. Translation: CAI20465.1. AL139330, AL035634, AL391863 Genomic DNA. Translation: CAI12979.1. AL391863, AL035634, AL139330 Genomic DNA. Translation: CAI15180.1. BC001084 mRNA. Translation: AAH01084.3. BC005022 mRNA. Translation: AAH05022.1. AF076957 mRNA. Translation: AAD43001.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00001883. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_057308.1. NM_016224.3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.191213. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q9Y5X1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-30997N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | Q9Y5X1. 8 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-108846. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000376024. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | Q9Y5X1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 12643956. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | Q9Y5X1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PeptideAtlas | Q9Y5X1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | Q9Y5X1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DNASU | 51429. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000392185; ENSP00000376024; ENSG00000130340. ENST00000539592; ENSP00000446165; ENSG00000130340. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 51429. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:51429. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc003qqv.1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 51429. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC06P158153. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:14973. SNX9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | HPA031410. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 605952. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_Q9Y5X1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA37949. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | COG5391. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000261633. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG009996. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | Q9Y5X1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | DPWSAWN. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG48GW34. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | Q9Y5X1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_11123. Membrane Trafficking. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q9Y5X1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | Q9Y5X1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_SNX9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q9Y5X1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000130340. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | 3.30.1520.10. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR001683. Phox. IPR001452. SH3_domain. IPR014536. Snx9. IPR019497. Sorting_nexin_WASP-bd-dom. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF10456. BAR_3_WASP_bdg. 1 hit. PF00787. PX. 1 hit. PF00018. SH3_1. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIRSF | PIRSF027744. Snx9. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00312. PX. 1 hit. SM00326. SH3. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SUPFAM | SSF64268. PX. 1 hit. SSF50044. SH3. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS51021. BAR. False negative. PS50195. PX. 1 hit. PS50002. SH3. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ChiTaRS | SNX9. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | Q9Y5X1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 51429. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 54991. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | SNX9_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q9Y5X1 Secondary accession number(s): Q9BSI7 Q9UP20 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 6 Human chromosome 6: entries, gene names and cross-references to MIM |
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