Q9VUQ5 (AGO2_DROME) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Protein argonaute-2 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Drosophila melanogaster (Fruit fly) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 7227 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Ecdysozoa › Arthropoda › Hexapoda › Insecta › Pterygota › Neoptera › Endopterygota › Diptera › Brachycera › Muscomorpha › Ephydroidea › Drosophilidae › Drosophila › Sophophora › ![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 1214 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Essential for RNA interference (RNAi); double-stranded RNA induces potent and specific gene silencing. RNAi is mediated by the RNA-induced silencing complex (RISC), a sequence-specific, multicomponent nuclease that destroys or silences messenger RNAs homologous to the silencing trigger. Ref.6 |
| Subunit structure | Interacts with Fmr1 to form a ribonucleoprotein (RNP) complex involved in translation regulation, other components of the complex are mRpL5, mRpL11, Rm62 and Dcr-1. Interacts with Dcr-1 to form components of the RISC. Interacts with cricket paralysis virus protein 1A; this interaction may block the RISC activity. Ref.6 Ref.7 Ref.8 |
| Domain | PAZ domain provides a major contribution for nucleic acid recognition. PAZ binds oligonucleotides of different lengths and has a strong preference for single-stranded nucleic acids (ssRNA or SSDNA) or RNA duplexes with single-stranded 3' overhangs. Can bind the characteristic two-base 3' overhangs of siRNAs, indicating that it may contribute to the specific and productive incorporation of siRNAs and miRNAs into the RNAi pathway. |
| Sequence similarities | Belongs to the argonaute family. Ago subfamily. Contains 1 PAZ domain. Contains 1 Piwi domain. |
| Sequence caution | The sequence AAM11104.1 differs from that shown. Reason: Erroneous initiation. Translation N-terminally extended. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| Fmr1 | Q9NFU0 | 4 | EBI-442476,EBI-422631 |
Alternative products
| This entry describes 2 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform B Ref.1 (identifier: Q9VUQ5-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform C Ref.1 (identifier: Q9VUQ5-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-6: MGKKDK → MHFPITTPE | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 1214 | 1214 | Protein argonaute-2 | PRO_0000194071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 608 – 717 | 110 | PAZ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 885 – 1186 | 302 | Piwi | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 19 – 391 | 373 | Gln/Gly-rich | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 6 | 6 | MGKKDK → MHFPITTPE in isoform C. | VSP_050781 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 714 | 1 | S → R in strain: 186. Ref.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 740 | 1 | S → P in strain: 130. Ref.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 783 | 1 | S → N in strain: 138, 140 and 196. Ref.4 Ref.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 835 | 1 | T → A in strain: 128, 130, 138, 140, 141, 186, 187 and 196. Ref.4 Ref.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 854 | 1 | S → T in strain: 128, 130, 138, 140, 141, 186, 187 and 196. Ref.4 Ref.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 866 | 1 | D → E in strain: 128, 130, 141, 186 and 187. Ref.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 201 | 1 | G → D in AAO39550. Ref.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 601 – 603 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 604 – 611 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 618 – 621 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 623 – 625 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 627 – 634 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 638 – 641 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 645 – 647 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 652 – 655 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 658 – 663 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 664 – 666 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 668 – 677 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 678 – 683 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 684 – 686 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 692 – 698 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 705 – 708 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 710 – 712 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 713 – 716 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 717 – 719 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AE014296 Genomic DNA. Translation: AAF49619.2. AE014296 Genomic DNA. Translation: AAF49620.2. BT003546 mRNA. Translation: AAO39550.1. BT099682 mRNA. Translation: ACV44468.1. DQ228766 Genomic DNA. Translation: ABB54719.1. DQ228767 Genomic DNA. Translation: ABB54720.1. DQ228768 Genomic DNA. Translation: ABB54721.1. DQ228769 Genomic DNA. Translation: ABB54722.1. DQ228770 Genomic DNA. Translation: ABB54723.1. DQ228771 Genomic DNA. Translation: ABB54724.1. DQ228772 Genomic DNA. Translation: ABB54725.1. DQ228773 Genomic DNA. Translation: ABB54726.1. AY094751 mRNA. Translation: AAM11104.1. Different initiation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_648775.1. NM_140518.3. NP_730054.1. NM_168626.3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Dm.9677. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q9VUQ5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMR | Q9VUQ5. Positions 398-1183. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-41570N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | Q9VUQ5. 6 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-248245. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | Q9VUQ5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EnsemblMetazoa | FBtr0075559; FBpp0075312; FBgn0087035. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 39683. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | dme:Dmel_CG7439. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 27161. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FlyBase | FBgn0087035. AGO2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | NOG279895. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneTree | ENSGT00640000091312. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | Q9VUQ5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K11593. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | QGRQGQE. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG47D7X0. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | Q9VUQ5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | CG7439. Drosophila melanogaster. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR014811. DUF1785. IPR003100. PAZ. IPR003165. Piwi. IPR012337. RNaseH-like_dom. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF08699. DUF1785. 1 hit. PF02170. PAZ. 1 hit. PF02171. Piwi. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00950. Piwi. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SUPFAM | SSF101690. PAZ. 1 hit. SSF53098. RNaseH_fold. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50821. PAZ. 1 hit. PS50822. PIWI. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | Q9VUQ5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 39683. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 814859. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | AGO2_DROME | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q9VUQ5 Secondary accession number(s): C7LAD2 Q9VUQ6 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Drosophila annotation project | ||||||||
Relevant documents
| Drosophila Drosophila: entries, gene names and cross-references to FlyBase |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
