Q9UPP1 (PHF8_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 29, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Histone lysine demethylase PHF8 EC=1.14.11.27 Alternative name(s): PHD finger protein 8 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 1060 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Histone lysine demethylase with selectivity for the di- and monomethyl states that plays a key role cell cycle progression, rDNA transcription and brain development. Demethylates mono- and dimethylated histone H3 'Lys-9' residue (H3K9Me1 and H3K9Me2), dimethylated H3 'Lys-27' (H3K27Me2) and monomethylated histone H4 'Lys-20' residue (H4K20Me1). Acts as a transcription activator as H3K9Me1, H3K9Me2, H3K27Me2 and H4K20Me1 are epigenetic repressive marks. Involved in cell cycle progression by being required to control G1-S transition. Acts as a coactivator of rDNA transcription, by activating polymerase I (pol I) mediated transcription of rRNA genes. Required for brain development, probably by regulating expression of neuron-specific genes. Only has activity toward H4K20Me1 when nucleosome is used as a substrate and when not histone octamer is used as substrate. May also have weak activity toward dimethylated H3 'Lys-36' (H3K36Me2), however, the relevance of this result remains unsure in vivo. Specifically binds trimethylated 'Lys-4' of histone H3 (H3K4me3), affecting histone demethylase specificity: has weak activity toward H3K9Me2 in absence of H3K4me3, while it has high activity toward H3K9me2 when binding H3K4me3. Ref.11 Ref.12 Ref.13 Ref.14 Ref.15 Ref.16 Ref.17 Ref.18 Ref.22 Ref.24 |
| Catalytic activity | Protein N6,N(6)-dimethyl-L-lysine + 2-oxoglutarate + O2 = protein N(6)-methyl-L-lysine + succinate + formaldehyde + CO2. Ref.13 Ref.24 Protein N(6)-methyl-L-lysine + 2-oxoglutarate + O2 = protein L-lysine + succinate + formaldehyde + CO2. Ref.13 Ref.24 |
| Cofactor | |
| Subunit structure | Interacts with POLR1B, UBTF, SETD1A, HCFC1, E2F1 and ZNF711. Ref.14 Ref.16 Ref.18 |
| Subcellular location | Nucleus. Nucleus › nucleolus. Note: Recruited to H3K4me3 sites on chromatin during interphase. Dissociates from chromatin when cells enter mitosis. Ref.11 Ref.13 Ref.16 Ref.18 |
| Domain | The PHD-type zinc finger mediates the binding to H3K4me3. Binding to H3K4me3 promotes its access to H3K9me2. Ref.14 Ref.15 Ref.17 Ref.18 Ref.24 The linker region is a critical determinant of demethylase specificity. It enables the active site of JmjC to reach the target H3K9me2 when the PHD-type zinc finger binds to H3K4me3. Ref.14 Ref.15 Ref.17 Ref.18 Ref.24 |
| Post-translational modification | Phosphorylation at Ser-69 and Ser-120 are required for dissociation from chromatin and accumulation of H4K20Me1 levels during prophase. |
| Involvement in disease | Mental retardation, X-linked, syndromic, Siderius type (MRXSSD) [MIM:300263]: A syndrome characterized by mild to borderline mental retardation with or without cleft lip/cleft palate. |
| Sequence similarities | Belongs to the JHDM1 histone demethylase family. JHDM1D subfamily. Contains 1 JmjC domain. Contains 1 PHD-type zinc finger. |
| Biophysicochemical properties | Kinetic parameters: KM=134 µM for histone H3 H3K9Me2 Ref.24 KM=8 µM for histone H3 H3K4me3 and H3K9Me2 |
| Sequence caution | The sequence BAA83063.1 differs from that shown. Reason: Erroneous initiation. Translation N-terminally shortened. The sequence BAB13877.1 differs from that shown. Reason: Erroneous initiation. Translation N-terminally extended. The sequence CAI41577.1 differs from that shown. Reason: Erroneous gene model prediction. The sequence CAI41581.1 differs from that shown. Reason: Erroneous gene model prediction. The sequence CAI41582.1 differs from that shown. Reason: Erroneous gene model prediction. The sequence CAI42861.1 differs from that shown. Reason: Erroneous gene model prediction. The sequence CAI45929.1 differs from that shown. Reason: Erroneous termination at position 419. Translated as Arg. |
Ontologies
Alternative products
| This entry describes 4 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: Q9UPP1-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: Q9UPP1-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-36: Missing. | ||||||
| Isoform 3 (identifier: Q9UPP1-3) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 478-578: Missing. | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. | ||||||
| Isoform 4 (identifier: Q9UPP1-4) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-36: Missing. 478-578: Missing. 1060-1060: L → LRQVIVQAECRQAIHEPKLKRRDAHP | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 1060 | 1060 | Histone lysine demethylase PHF8 | PRO_0000059295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 231 – 387 | 157 | JmjC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Zinc finger | 41 – 92 | 52 | PHD-type | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 101 – 115 | 15 | Linker | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 769 – 807 | 39 | Ser-rich | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 283 | 1 | Iron; catalytic | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 285 | 1 | Iron; catalytic | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 355 | 1 | Iron; catalytic | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 280 | 1 | Substrate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 300 | 1 | Substrate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 69 | 1 | Phosphoserine; by CDK1 Ref.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 120 | 1 | Phosphoserine; by CDK1 Ref.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 651 | 1 | Phosphoserine Ref.10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 705 | 1 | Phosphothreonine Ref.9 Ref.10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 706 | 1 | Phosphothreonine Ref.9 Ref.10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 804 | 1 | Phosphoserine Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 854 | 1 | Phosphoserine Ref.9 Ref.10 Ref.21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 857 | 1 | Phosphoserine Ref.8 Ref.9 Ref.10 Ref.19 Ref.21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 880 | 1 | Phosphoserine Ref.9 Ref.19 Ref.21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 36 | 36 | Missing in isoform 2 and isoform 4. | VSP_014964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 478 – 578 | 101 | Missing in isoform 3 and isoform 4. | VSP_014965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1060 | 1 | L → LRQVIVQAECRQAIHEPKLK RRDAHP in isoform 4. | VSP_043640 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 315 | 1 | F → S in MRXSSD; abolishes histone methyltransferase activity. Ref.12 Ref.14 Ref.15 Ref.16 Ref.17 Ref.18 Ref.22 Ref.25 | VAR_062250 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 43 | 1 | Y → A: Abolishes binding to H3K4me3; when associated with A-50. Ref.16 Ref.17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 50 | 1 | Y → A: Abolishes binding to H3K4me3; when associated with A-43. Abolishes binding to H3K4me3; when associated with A-65. Ref.17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 65 | 1 | W → A: Abolishes binding to H3K4me3; when associated with A-50. Ref.17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 69 | 1 | S → A: Impairs phosphorylation by CDK1 and dissociation from chromatin when cells enter mitosis; when associated with A-120. Ref.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 120 | 1 | S → A: Impairs phosphorylation by CDK1 and dissociation from chromatin when cells enter mitosis; when associated with A-69. Ref.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 283 – 285 | 3 | HID → AAA: Abolishes histone methyltransferase activity. Ref.11 Ref.14 Ref.16 Ref.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 283 | 1 | H → A: Abolishes histone methyltransferase activity. Ref.11 Ref.14 Ref.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 232 | 1 | S → P in BAB13877. Ref.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 44 – 47 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 56 – 58 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 60 – 62 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 65 – 67 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 68 – 71 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 75 – 78 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 81 – 83 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 87 – 93 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 121 – 129 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 136 – 138 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 144 – 146 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 149 – 155 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 161 – 165 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 167 – 170 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 180 – 187 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 192 – 197 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 198 – 201 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 202 – 207 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 208 – 215 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 224 – 230 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 235 – 238 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 244 – 249 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 251 – 255 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 270 – 274 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 278 – 283 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 286 – 288 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 290 – 305 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 309 – 319 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 324 – 326 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 329 – 331 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 332 – 334 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 337 – 342 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 346 – 349 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 354 – 370 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 373 – 375 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 376 – 389 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 393 – 395 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 400 – 420 | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 427 – 444 | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 446 – 448 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 449 – 451 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 453 – 455 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 462 – 477 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
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| SMR | Q9UPP1. Positions 39-483. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BindingDB | Q9UPP1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ChEMBL | CHEMBL1938212. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Entry information
| Entry name | PHF8_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q9UPP1 Secondary accession number(s): B7Z911 Q9HAH2 | ||||||||
| Entry history |
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| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome X Human chromosome X: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
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