Q9UK80 (UBP21_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
Last modified
May 1, 2013.
Version 119.
History...
Names·Attributes·General annotation·Ontologies·Alt products·Sequence annotation·Sequences·References·Cross-refs·Entry info·DocumentsCustomize order
Names·Attributes·General annotation·Ontologies·Alt products·Sequence annotation·Sequences·References·Cross-refs·Entry info·DocumentsCustomize orderNames and origin
| Protein names | Recommended name: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 21 EC=3.4.19.12 Alternative name(s): Deubiquitinating enzyme 21 Ubiquitin thioesterase 21 Ubiquitin-specific-processing protease 21 | ||||||
| Gene names |
| ||||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 565 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Deubiquitinates histone H2A, a specific tag for epigenetic transcriptional repression, thereby acting as a coactivator. Deubiquitination of histone H2A releaves the repression of di- and trimethylation of histone H3 at 'Lys-4', resulting in regulation of transcriptional initiation. Regulates gene expression via histone H2A deubiquitination By similarity. Also capable of removing NEDD8 from NEDD8 conjugates but has no effect on Sentrin-1 conjugates. Ref.2 |
| Catalytic activity | Thiol-dependent hydrolysis of ester, thioester, amide, peptide and isopeptide bonds formed by the C-terminal Gly of ubiquitin (a 76-residue protein attached to proteins as an intracellular targeting signal). |
| Subcellular location | |
| Tissue specificity | Highly expressed in heart, pancreas and skeletal muscle. Also expressed in brain, placenta, liver and kidney, and at very low level in lung. Ref.2 |
| Sequence similarities | Belongs to the peptidase C19 family. USP21 subfamily. |
| Sequence caution | The sequence AAF61308.1 differs from that shown. Reason: Frameshift at positions 90 and 132. The sequence AAG17222.1 differs from that shown. Reason: Frameshift at positions 188, 214 and 228. The sequence BAD92136.1 differs from that shown. Reason: Erroneous initiation. |
Ontologies
Alternative products
| This entry describes 3 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: Q9UK80-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: Q9UK80-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 372-382: DLFVGQLKSCL → GMEWGKAMREN 383-565: Missing. | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. | ||||||
| Isoform 3 (identifier: Q9UK80-3) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 498-511: Missing. | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 565 | 565 | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 21 | PRO_0000080648 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif | 134 – 152 | 19 | Nuclear export signal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 221 | 1 | Nucleophile | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 518 | 1 | Proton acceptor By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 384 | 1 | Zinc | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 387 | 1 | Zinc | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 437 | 1 | Zinc | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 440 | 1 | Zinc | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 372 – 382 | 11 | DLFVGQLKSCL → GMEWGKAMREN in isoform 2. | VSP_036717 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 383 – 565 | 183 | Missing in isoform 2. | VSP_036718 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 498 – 511 | 14 | Missing in isoform 3. | VSP_036719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 91 | 1 | P → S. Corresponds to variant rs34779722 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_051531 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 321 | 1 | G → D. Corresponds to variant rs17356051 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_051532 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 336 | 1 | P → T. Corresponds to variant rs1127525 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_051533 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 221 | 1 | C → A: Abolishes ubiquitin thioesterase activity. Ref.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 42 | 1 | A → G in AAH90946. Ref.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 272 | 1 | P → L in AAF61308. Ref.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 415 | 1 | S → F in AAF61308. Ref.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 217 – 219 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 221 – 231 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 234 – 242 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 245 – 248 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 257 – 268 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 281 – 290 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 292 – 294 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 302 – 317 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 351 – 365 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 369 – 374 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 376 – 384 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 385 – 387 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 390 – 402 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 416 – 424 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 427 – 429 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 431 – 433 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 438 – 440 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 446 – 454 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 457 – 463 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 466 – 471 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 473 – 475 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 490 – 492 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 501 – 513 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 516 – 525 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 528 – 533 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 536 – 540 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 542 – 546 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 551 – 557 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Sequencing, tissue distribution and chromosomal assignment of a novel ubiquitin-specific protease USP23." Smith T.S., Southan C. Biochim. Biophys. Acta 1490:184-188(2000) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORM 1). |
| [2] | "Identification of a novel isopeptidase with dual specificity for ubiquitin- and NEDD8-conjugated proteins." Gong L., Kamitani T., Millas S., Yeh E.T.H. J. Biol. Chem. 275:14212-14216(2000) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORM 1), FUNCTION, TISSUE SPECIFICITY, MUTAGENESIS OF CYS-221. Tissue: Placenta. |
| [3] | "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs." Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., Otsuki T., Sugiyama T., Irie R., Wakamatsu A., Hayashi K., Sato H., Nagai K., Kimura K., Makita H., Sekine M., Obayashi M., Nishi T., Shibahara T., Tanaka T., Ishii S. Sugano S.Nat. Genet. 36:40-45(2004) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA] (ISOFORM 1). Tissue: Testis. |
| [4] | "Large-scale cDNA transfection screening for genes related to cancer development and progression." Wan D., Gong Y., Qin W., Zhang P., Li J., Wei L., Zhou X., Li H., Qiu X., Zhong F., He L., Yu J., Yao G., Jiang H., Qian L., Yu Y., Shu H., Chen X. Gu J.Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101:15724-15729(2004) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA] (ISOFORM 3). |
| [5] | Totoki Y., Toyoda A., Takeda T., Sakaki Y., Tanaka A., Yokoyama S., Ohara O., Nagase T., Kikuno R.F. Submitted (MAR-2005) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA] (ISOFORM 2). Tissue: Brain. |
| [6] | "The DNA sequence and biological annotation of human chromosome 1." Gregory S.G., Barlow K.F., McLay K.E., Kaul R., Swarbreck D., Dunham A., Scott C.E., Howe K.L., Woodfine K., Spencer C.C.A., Jones M.C., Gillson C., Searle S., Zhou Y., Kokocinski F., McDonald L., Evans R., Phillips K. Bentley D.R.Nature 441:315-321(2006) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [7] | Mural R.J., Istrail S., Sutton G.G., Florea L., Halpern A.L., Mobarry C.M., Lippert R., Walenz B., Shatkay H., Dew I., Miller J.R., Flanigan M.J., Edwards N.J., Bolanos R., Fasulo D., Halldorsson B.V., Hannenhalli S., Turner R. Venter J.C.Submitted (SEP-2005) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [8] | "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)." The MGC Project Team Genome Res. 14:2121-2127(2004) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA] (ISOFORM 1). Tissue: Kidney, Lung and Testis. |
| [9] | "A global survey of CRM1-dependent nuclear export sequences in the human deubiquitinase family." Garcia-Santisteban I., Banuelos S., Rodriguez J.A. Biochem. J. 441:209-217(2012) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: SUBCELLULAR LOCATION, NUCLEAR EXPORT SIGNAL. |
| [10] | "Polyubiquitin binding and cross-reactivity in the USP domain deubiquitinase USP21." Ye Y., Akutsu M., Reyes-Turcu F., Enchev R.I., Wilkinson K.D., Komander D. EMBO Rep. 12:350-357(2011) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.59 ANGSTROMS) OF 1-75 IN COMPLEX WITH USP21. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AF177758 mRNA. Translation: AAD54321.1. AF233442 mRNA. Translation: AAF61308.1. Frameshift. AK292319 mRNA. Translation: BAF85008.1. AF217979 mRNA. Translation: AAG17222.1. Frameshift. AB208899 mRNA. Translation: BAD92136.1. Different initiation. AL590714 Genomic DNA. Translation: CAH72142.1. AL590714 Genomic DNA. Translation: CAH72143.1. CH471121 Genomic DNA. Translation: EAW52644.1. BC003130 mRNA. Translation: AAH03130.2. BC090946 mRNA. Translation: AAH90946.1. BC136291 mRNA. Translation: AAI36292.1. | ||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00007262. IPI00376946. IPI00873033. | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_001014443.1. NM_001014443.2. NP_036607.3. NM_012475.4. | ||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.8015. | ||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q9UK80. | ||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||
| IntAct | Q9UK80. 18 interactions. | ||||||||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000289865. | ||||||||||||||||||||||||
Protein family/group databases | |||||||||||||||||||||||||
| MEROPS | C19.034. | ||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | Q9UK80. | ||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 10720334. | ||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | Q9UK80. | ||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | Q9UK80. | ||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000289865; ENSP00000289865; ENSG00000143258. ENST00000368001; ENSP00000356980; ENSG00000143258. ENST00000368002; ENSP00000356981; ENSG00000143258. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 27005. | ||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:27005. | ||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc010pkc.2. human. | ||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||
| CTD | 27005. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC01P161129. | ||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:12620. USP21. | ||||||||||||||||||||||||
| HPA | HPA028397. | ||||||||||||||||||||||||
| MIM | 604729. gene. | ||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_Q9UK80. | ||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA37246. | ||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | COG5533. | ||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG011164. | ||||||||||||||||||||||||
| KO | K11833. | ||||||||||||||||||||||||
| OMA | NVQPRVG. | ||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4229JD. | ||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||
| BRENDA | 3.1.2.15. 2681. | ||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||
| Bgee | Q9UK80. | ||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_USP21. | ||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q9UK80. | ||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000143258. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR018200. Pept_C19ubi-hydrolase_C_CS. IPR001394. Peptidase_C19. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00443. UCH. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00972. UCH_2_1. 1 hit. PS00973. UCH_2_2. 1 hit. PS50235. UCH_2_3. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | Q9UK80. | ||||||||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 27005. | ||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 49506. | ||||||||||||||||||||||||
| PMAP-CutDB | Q9UK80. | ||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | UBP21_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q9UK80 Secondary accession number(s): Q59H60 Q9NYN4 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Peptidase families Classification of peptidase families and list of entries |
| Human chromosome 1 Human chromosome 1: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
