Q9UJ41 (RABX5_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Rab5 GDP/GTP exchange factor Alternative name(s): RAP1 Rabaptin-5-associated exchange factor for Rab5 Rabex-5 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 708 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Rab effector protein acting as linker between gamma-adaptin, RAB4A or RAB5A. Involved in endocytic membrane fusion and membrane trafficking of recycling endosomes. Stimulates nucleotide exchange on RAB5A. Can act as a ubiquitin ligase By similarity. Ref.8 Ref.9 Ref.11 |
| Subunit structure | Interacts with RGS14; the interaction is GTP-dependent By similarity. Heterodimer with RABEP1. The heterodimer binds RAB4A and RAB5A that have been activated by GTP-binding. Interacts with RAB21, and with 100-fold lower affinity also with RAB22. Binds TSC2, GGA1, GGA2, GGA3, AP1G1 and AP1G2. Interacts with ubiquitinated EGFR. Ref.8 Ref.9 Ref.10 Ref.11 |
| Subcellular location | |
| Post-translational modification | Monoubiquitinated. |
| Sequence similarities | Contains 1 A20-type zinc finger. Contains 1 VPS9 domain. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Endocytosis Protein transport Transport Ubl conjugation pathway |
| Cellular component | Cytoplasm Endosome |
| Coding sequence diversity | Alternative splicing |
| Domain | Coiled coil Zinc-finger |
| Ligand | Metal-binding Zinc |
| PTM | Ubl conjugation |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological_process | endocytosis Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW protein transportInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Cellular_component | early endosome Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell recycling endosomeInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell |
| Molecular_function | DNA binding Inferred from electronic annotation. Source: InterPro Rab guanyl-nucleotide exchange factor activityInferred from direct assay PubMed 20937701. Source: UniProtKB zinc ion bindingInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| EGFR | P00533 | 4 | EBI-913954,EBI-297353 | |
| KXD1 | Q9BQD3 | 2 | EBI-913954,EBI-739657 | |
| UBB | P0CG47 | 6 | EBI-913954,EBI-413034 | |
| UBC | P62990 | 2 | EBI-913954,EBI-413053 | From a different organism. |
Alternative products
| This entry describes 3 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: Q9UJ41-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: Q9UJ41-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-138: Missing. 199-238: Missing. 377-415: Missing. | ||||||
| Isoform 3 (identifier: Q9UJ41-3) Also known as: Long; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-138: Missing. 377-415: Missing. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 708 | 708 | Rab5 GDP/GTP exchange factor | PRO_0000191315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 449 – 592 | 144 | VPS9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Zinc finger | 151 – 185 | 35 | A20-type | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 139 – 252 | 114 | Interaction with ubiquitinated proteins | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coiled coil | 624 – 665 | 42 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 138 | 138 | Missing in isoform 2 and isoform 3. | VSP_010690 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 199 – 238 | 40 | Missing in isoform 2. | VSP_010691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 377 – 415 | 39 | Missing in isoform 2 and isoform 3. | VSP_010692 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 196 | 1 | A → G: Reduces affinity for ubiquitin 3-fold. Ref.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 530 | 1 | D → A: Strongly reduced activity. Ref.11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 534 | 1 | P → A: Strongly reduced activity. Ref.11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 571 | 1 | Y → A: Strongly reduced activity. Ref.11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 574 | 1 | T → A: Strongly reduced activity. Ref.11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 199 | 1 | V → A in ABA64474. Ref.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 203 | 1 | C → Y in ABA64474. Ref.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 476 | 1 | E → D in BAC87138. Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 487 | 1 | K → R in BAD97049. Ref.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 161 – 163 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 167 – 169 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 174 – 198 | 25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 239 – 248 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 318 – 325 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 328 – 346 | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 347 – 350 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 353 – 372 | 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 418 – 440 | 23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 448 – 461 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 462 – 464 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 467 – 471 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 479 – 494 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 495 – 497 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 501 – 523 | 23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 529 – 543 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 548 – 558 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 561 – 565 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 568 – 585 | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 589 – 591 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 595 – 602 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AJ250042 mRNA. Translation: CAB57359.1. DQ230533 mRNA. Translation: ABA64473.1. DQ230534 mRNA. Translation: ABA64474.1. AK127790 mRNA. Translation: BAC87138.1. BT007107 mRNA. Translation: AAP35771.1. AK223329 mRNA. Translation: BAD97049.1. AC027644 Genomic DNA. Translation: AAQ93362.1. BC015330 mRNA. Translation: AAH15330.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00418213. IPI00816003. IPI00924641. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_055319.1. NM_014504.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.530053. Hs.709878. | ||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q9UJ41. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-29348N. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | Q9UJ41. 9 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-1189235. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000284957. | ||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | Q9UJ41. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 56405102. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | Q9UJ41. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | Q9UJ41. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| DNASU | 27342. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000284957; ENSP00000284957; ENSG00000154710. ENST00000450873; ENSP00000415815; ENSG00000154710. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 27342. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:27342. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc003tvf.3. human. uc003tvh.3. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 27342. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC07P066205. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:17676. RABGEF1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | HPA001407. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 609700. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_Q9UJ41. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA134946532. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | NOG301606. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000070180. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG062584. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG42FSHP. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q9UJ41. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_RABGEF1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q9UJ41. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000154710. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR003123. VPS9. IPR013995. VPS9_subgr. IPR002653. Znf_A20. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF02204. VPS9. 1 hit. PF01754. zf-A20. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00167. VPS9. 1 hit. SM00259. ZnF_A20. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS51205. VPS9. 1 hit. PS51036. ZF_A20. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||
| ChiTaRS | RABGEF1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | Q9UJ41. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 27342. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 50418. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | RABX5_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q9UJ41 Secondary accession number(s): Q3HKR2, Q3HKR3, Q53FG0 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 7 Human chromosome 7: entries, gene names and cross-references to MIM |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
