Q9UBK2 (PRGC1_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha Short name=PGC-1-alpha Short name=PPAR-gamma coactivator 1-alpha Short name=PPARGC-1-alpha Alternative name(s): Ligand effect modulator 6 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 798 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Transcriptional coactivator for steroid receptors and nuclear receptors. Greatly increases the transcriptional activity of PPARG and thyroid hormone receptor on the uncoupling protein promoter. Can regulate key mitochondrial genes that contribute to the program of adaptive thermogenesis. Plays an essential role in metabolic reprogramming in response to dietary availability through coordination of the expression of a wide array of genes involved in glucose and fatty acid metabolism. Ref.3 Ref.8 Ref.9 |
| Subunit structure | Binds MYBBP1A, which inhibits transcriptional activation by this protein By similarity. Interacts with PRDM16 By similarity. Interacts with LRPPRC. Homooligomer. Interacts with LPIN1 By similarity. Interacts with PML By similarity. Ref.3 Ref.7 |
| Subcellular location | |
| Tissue specificity | Heart, skeletal muscle, liver and kidney. Expressed at lower levels in brain and pancreas and at very low levels in the intestine and white adipose tissue. In skeletal muscle, levels were lower in obese than in lean subjects and fasting induced a 2-fold increase in levels in the skeletal muscle in obese subjects. Ref.1 Ref.2 Ref.3 |
| Induction | Transcription is repressed by ZNF746 which binds to 'insulin response sequences' its promoter. Ref.8 Ref.9 |
| Post-translational modification | Phosphorylation by AMPK in skeletal muscle increases activation of its own promoter By similarity. Phosphorylated by CLK2 By similarity. Heavily acetylated by GCN5 and biologically inactive under conditions of high nutrients. Deacetylated by SIRT1 in low nutrients/high NAD conditions. |
| Sequence similarities | Contains 1 RRM (RNA recognition motif) domain. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| LRPPRC | P42704 | 2 | EBI-765486,EBI-1050853 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||
Molecule processing | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 798 | 798 | Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha | PRO_0000081732 | |||||||||
Regions | |||||||||||||
| Domain | 677 – 753 | 77 | RRM | ||||||||||
| Region | 293 – 339 | 47 | Interaction with PPARG | ||||||||||
| Motif | 144 – 148 | 5 | LXXLL motif | ||||||||||
| Compositional bias | 566 – 599 | 34 | Arg/Ser-rich | ||||||||||
| Compositional bias | 621 – 633 | 13 | Arg/Ser-rich | ||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||
| Modified residue | 79 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | ||||||||||
| Modified residue | 146 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | ||||||||||
| Modified residue | 178 | 1 | Phosphothreonine; by AMPK By similarity | ||||||||||
| Modified residue | 184 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | ||||||||||
| Modified residue | 254 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | ||||||||||
| Modified residue | 271 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | ||||||||||
| Modified residue | 278 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | ||||||||||
| Modified residue | 321 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | ||||||||||
| Modified residue | 347 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | ||||||||||
| Modified residue | 413 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | ||||||||||
| Modified residue | 442 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | ||||||||||
| Modified residue | 451 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | ||||||||||
| Modified residue | 539 | 1 | Phosphoserine; by AMPK By similarity | ||||||||||
| Modified residue | 758 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | ||||||||||
| Modified residue | 779 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | ||||||||||
Natural variations | |||||||||||||
| Natural variant | 482 | 1 | G → S. Ref.2 Corresponds to variant rs8192678 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_018450 | |||||||||
| Natural variant | 612 | 1 | T → M. Corresponds to variant rs3736265 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_018451 | |||||||||
Secondary structure | |||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||
| Helix | 143 – 149 | 7 | |||||||||||
| Helix | 208 – 214 | 7 | |||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Human peroxisome proliferator activated receptor gamma coactivator 1 (PPARGC1) gene: cDNA sequence, genomic organization, chromosomal localization, and tissue expression." Esterbauer H., Oberkofler H., Krempler F., Patsch W. Genomics 62:98-102(1999) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA / MRNA], TISSUE SPECIFICITY. |
| [2] | "Cloning and mRNA tissue distribution of human PPARgamma coactivator-1." Larrouy D., Vidal H., Andreelli F., Laville M., Langin D. Int. J. Obes. Relat. Metab. Disord. 23:1327-1332(1999) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA], TISSUE SPECIFICITY, VARIANT SER-482. Tissue: Skeletal muscle. |
| [3] | "A tissue-specific coactivator of steroid receptors, identified in a functional genetic screen." Knutti D., Kaul A., Kralli A. Mol. Cell. Biol. 20:2411-2422(2000) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA], FUNCTION, SUBUNIT, SUBCELLULAR LOCATION, TISSUE SPECIFICITY. |
| [4] | Rieder M.J., Johanson E.J., da Ponte S.H., Stanaway I.B., Ahearn M.O., Bertucci C.B., Wong M.W., Yi Q., Nickerson D.A. Submitted (NOV-2007) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. |
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| [9] | "PARIS (ZNF746) repression of PGC-1alpha contributes to neurodegeneration in Parkinson's disease." Shin J.H., Ko H.S., Kang H., Lee Y., Lee Y.I., Pletinkova O., Troconso J.C., Dawson V.L., Dawson T.M. Cell 144:689-702(2011) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: FUNCTION, INDUCTION. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Web resources
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AF108205 AF108204 Genomic DNA. Translation: AAF19083.1.AF106698 mRNA. Translation: AAF18573.1. AF159714 mRNA. Translation: AAD51615.1. AF186379 mRNA. Translation: AAD56250.1. EU280319 Genomic DNA. Translation: ABX44665.1. AC092834 Genomic DNA. Translation: AAY41058.1. CH471069 Genomic DNA. Translation: EAW92811.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00033138. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_037393.1. NM_013261.3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.527078. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q9UBK2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-38449N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | Q9UBK2. 5 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-6824612. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000264867. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | Q9UBK2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 47117335. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | Q9UBK2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | Q9UBK2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DNASU | 10891. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000264867; ENSP00000264867; ENSG00000109819. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 10891. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:10891. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc003gqs.3. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 10891. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC04M023793. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:9237. PPARGC1A. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 604517. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_Q9UBK2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA33558. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | NOG78353. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000037431. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG053678. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | Q9UBK2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K07202. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | RLFGDHD. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4T782R. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | Q9UBK2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pathway_Interaction_DB | hdac_classiii_pathway. Signaling events mediated by HDAC Class III. p38alphabetadownstreampathway. Signaling mediated by p38-alpha and p38-beta. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_111045. Developmental Biology. REACT_24941. Circadian Clock. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q9UBK2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | Q9UBK2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_PPARGC1A. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q9UBK2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000109819. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | 3.30.70.330. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR012677. Nucleotide-bd_a/b_plait. IPR000504. RRM_dom. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00076. RRM_1. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00360. RRM. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50102. RRM. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ChEMBL | CHEMBL6116. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | Q9UBK2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 10891. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 41353. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | PRGC1_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q9UBK2 Secondary accession number(s): Q4W5M7, Q9UN32 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
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