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UniProtKB/Swiss-Prot Q9P2W7 (B3GA1_HUMAN)
Last modified
June 16, 2009.
Version 87.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (7) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1 EC=2.4.1.135 Alternative name(s): Beta-1,3-glucuronyltransferase 1 Glucuronosyltransferase-P Short name=GlcAT-P UDP-GlcUA:glycoprotein beta-1,3-glucuronyltransferase Short name=GlcUAT-P | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 334 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Involved in the biosynthesis of L2/HNK-1 carbohydrate epitope on glycoproteins. Can also play a role in glycosaminoglycan biosynthesis. Substrates include asialo-orosomucoid (ASOR), asialo-fetuin, and asialo-neural cell adhesion molecule. Requires sphingomyelin for activity: stearoyl-sphingomyelin was the most effective, followed by palmitoyl-sphingomyelin and lignoceroyl-sphingomyelin. Activity was demonstrated only for sphingomyelin with a saturated fatty acid and not for that with an unsaturated fatty acid, regardless of the length of the acyl group By similarity. |
| Catalytic activity | UDP-glucuronate + 3-beta-D-galactosyl-4-beta-D-galactosyl-O-beta-D-xylosylprotein = UDP + 3-beta-D-glucuronosyl-3-beta-D-galactosyl-4-beta-D-galactosyl-O-beta-D-xylosylprotein. |
| Cofactor | Manganese. |
| Pathway | |
| Subunit structure | Homodimer Potential. |
| Subcellular location | Golgi apparatus membrane; Single-pass type II membrane protein. |
| Tissue specificity | Mainly expressed in the brain. |
| Sequence similarities | Belongs to the glycosyltransferase 43 family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Cellular component | Golgi apparatus Membrane |
| Coding sequence diversity | Polymorphism |
| Domain | Signal-anchor Transmembrane |
| Ligand | Manganese Metal-binding |
| Molecular function | Transferase |
| PTM | Glycoprotein |
| Technical term | 3D-structure |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | carbohydrate metabolic process Ref.1 Traceable author statement. Source: ProtInc |
| Cellular component | Golgi membrane Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell integral to membrane Ref.1Traceable author statement. Source: ProtInc |
| Molecular function | galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase activity Inferred from electronic annotation. Source: EC manganese ion bindingInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 334 | 334 | Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1 | PRO_0000195167 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 1 – 6 | 6 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 7 – 27 | 21 | Signal-anchor for type II membrane protein Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 28 – 334 | 307 | Lumenal Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 284 | 1 | Proton acceptor By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 197 | 1 | Manganese By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 140 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 184 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 303 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 131 | 1 | A → T: dbSNP rs35434644. | VAR_044538 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 240 | 1 | G → R in BAA96077. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 85 – 92 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 98 – 109 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 113 – 125 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 128 – 137 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 140 – 145 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 150 – 153 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 167 – 180 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 189 – 193 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 198 – 200 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 202 – 208 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 212 – 216 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 219 – 221 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 225 – 232 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 238 – 242 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 255 – 257 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 258 – 261 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 262 – 267 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 283 – 291 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 294 – 296 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 297 – 299 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 301 – 304 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 320 – 322 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 323 – 325 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Cloning and chromosomal mapping of human glucuronyltransferase involved in biosynthesis of the HNK-1 carbohydrate epitope." Mitsumoto Y., Oka S., Sakuma H., Inazawa J., Kawasaki T. Genomics 65:166-173(2000) [PubMed: 10783264] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. Tissue: Brain. |
| [2] | "Cloning of human full open reading frames in Gateway(TM) system entry vector (pDONR201)." Ebert L., Schick M., Neubert P., Schatten R., Henze S., Korn B. Submitted (JUN-2004) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. |
| [3] | "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)." The MGC Project Team Genome Res. 14:2121-2127(2004) [PubMed: 15489334] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. Tissue: Brain. |
| [4] | "Structural basis for acceptor substrate recognition of a human glucuronyltransferase, GlcAT-P, an enzyme critical in the biosynthesis of the carbohydrate epitope HNK-1." Kakuda S., Shiba T., Ishiguro M., Tagawa H., Oka S., Kajihara Y., Kawasaki T., Wakatsuki S., Kato R. J. Biol. Chem. 279:22693-22703(2004) [PubMed: 14993226] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (1.85 ANGSTROMS) OF 83-334. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| AB029396 mRNA. Translation: BAA96077.1. CR457098 mRNA. Translation: CAG33379.1. BC010466 mRNA. Translation: AAH10466.1. | |||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00002585. | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_061114.2. NP_473366.1. | ||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.381050 | ||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Protein family/group databases | |||||||||||||||||||||||||
| CAZy | GT43. Glycosyltransferase Family 43. | ||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSG00000109956. Homo sapiens. [Contig view] | ||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 27087. | ||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:27087. | ||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC11M133753. | ||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:921. B3GAT1. | ||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB002500. CAB010893. | ||||||||||||||||||||||||
| MIM | 151290. gene. | ||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA25215. | ||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | Q9P2W7. | ||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | Q9P2W7. | ||||||||||||||||||||||||
| OMA | Q9P2W7. TRPPPWS. | ||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||
| BRENDA | 2.4.1.135. 247. | ||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q9P2W7. | ||||||||||||||||||||||||
| Bgee | Q9P2W7. | ||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_B3GAT1. | ||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000109956. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR005027. Glyco_trans_43. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR10896. Glyco_trans_43. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF03360. Glyco_transf_43. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 49699. | ||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | B3GA1_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q9P2W7 Secondary accession number(s): Q96FS7 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 11 Human chromosome 11: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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