Q9NRG4 (SMYD2_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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January 25, 2012.
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| Protein names | Recommended name: N-lysine methyltransferase SMYD2 EC=2.1.1.- Alternative name(s): HSKM-B Histone methyltransferase SMYD2 EC=2.1.1.43 Lysine N-methyltransferase 3C SET and MYND domain-containing protein 2 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 433 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Protein-lysine N-methyltransferase that methylates both histones and non-histone proteins. Specifically methylates histone H3 'Lys-4' (H3K4me) and dimethylates histone H3 'Lys-36' (H3K36me2). Has also methyltransferase activity toward non-histone proteins such as p53/TP53 and RB1. Monomethylates 'Lys-370' of p53/TP53, leading to decreased DNA-binding activity and subsequent transcriptional regulation activity of p53/TP53. Monomethylates 'Lys-860' of RB1/RB. Ref.5 Ref.7 Ref.8 Ref.9 |
| Catalytic activity | S-adenosyl-L-methionine + L-lysine-[histone] = S-adenosyl-L-homocysteine + N(6)-methyl-L-lysine-[histone]. Ref.8 |
| Subunit structure | Interacts with RNA polymerase II and HELZ. Interacts with SIN3A and HDAC1 By similarity. Interacts (via MYND-type zinc finger) with EPB41L3. Interacts (via SET domain) with p53/TP53. Interacts with RB1 and HSP90AA1. Ref.5 Ref.8 Ref.9 |
| Subcellular location | |
| Induction | Expression is repressed by CEBPA. Ref.6 |
| Sequence similarities | Contains 1 MYND-type zinc finger. Contains 1 SET domain. |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 433 | 433 | N-lysine methyltransferase SMYD2 | PRO_0000218309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 127 – 247 | 121 | SET | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Zinc finger | 52 – 90 | 39 | MYND-type | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 165 | 1 | G → E. Ref.1 Ref.2 Ref.4 Corresponds to variant rs1134647 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_023442 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 430 | 1 | I → M. Corresponds to variant rs11120301 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_052991 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 207 | 1 | H → A: Abolishes methyltransferase activity. Ref.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 240 | 1 | Y → F: Abolishes methyltransferase activity. Ref.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 9 – 13 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 17 – 25 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 32 – 37 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 39 – 43 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 45 – 47 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 53 – 55 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 66 – 68 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 72 – 75 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 76 – 96 | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 97 – 99 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 104 – 118 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 131 – 133 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 138 – 140 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 143 – 160 | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 161 – 163 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 169 – 182 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 184 – 187 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 193 – 198 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 200 – 203 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 212 – 218 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 221 – 228 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 247 – 258 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 265 – 269 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 273 – 276 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 288 – 308 | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 309 – 311 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 314 – 328 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 329 – 331 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 337 – 352 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 356 – 373 | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 379 – 394 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 398 – 415 | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 421 – 430 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AF226053 mRNA. Translation: AAF86953.1. AK313868 mRNA. Translation: BAG36596.1. AL929236 Genomic DNA. Translation: CAH70920.1. BC017080 mRNA. Translation: AAH17080.2. BC098276 mRNA. Translation: AAH98276.1. BC098133 mRNA. Translation: AAH98133.1. BC098335 mRNA. Translation: AAH98335.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00024641. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_064582.2. NM_020197.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.66170. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q9NRG4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMR | Q9NRG4. Positions 6-432. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | Q9NRG4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | Q9NRG4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 90185234. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | Q9NRG4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000366957; ENSP00000355924; ENSG00000143499. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 56950. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:56950. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc009xdk.1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 56950. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC01P214454. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:20982. SMYD2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | HPA029023. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 610663. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_Q9NRG4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA134930268. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | prNOG04732. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneTree | ENSGT00530000063077. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG713812. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG098536. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | Q9NRG4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | SAIFPDV. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG46MBJG. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | Q9NRG4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q9NRG4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | Q9NRG4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_SMYD2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q9NRG4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000143499. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR001214. SET_dom. IPR011990. TPR-like_helical. IPR002893. Znf_MYND. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:1.25.40.10. TPR-like_helical. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K11426. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00856. SET. 1 hit. PF01753. zf-MYND. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00317. SET. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50280. SET. 1 hit. PS01360. ZF_MYND_1. 1 hit. PS50865. ZF_MYND_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 62549. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | SMYD2_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q9NRG4 Secondary accession number(s): B2R9P9 Q96AI4 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
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