Skip Header

You are using a version of browser that may not display all the features of this website. Please consider upgrading your browser.
Protein

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Gene

rpoB

Organism
Thermus aquaticus
Status
Reviewed-Annotation score: Annotation score: 3 out of 5-Experimental evidence at protein leveli

Functioni

DNA-dependent RNA polymerase catalyzes the transcription of DNA into RNA using the four ribonucleoside triphosphates as substrates.

Catalytic activityi

Nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1).UniRule annotation

GO - Molecular functioni

GO - Biological processi

Keywordsi

Molecular functionNucleotidyltransferase, Transferase
Biological processTranscription

Names & Taxonomyi

Protein namesi
Recommended name:
DNA-directed RNA polymerase subunit betaUniRule annotation (EC:2.7.7.6UniRule annotation)
Short name:
RNAP subunit betaUniRule annotation
Alternative name(s):
RNA polymerase subunit betaUniRule annotation
Transcriptase subunit betaUniRule annotation
Gene namesi
Name:rpoBUniRule annotation
OrganismiThermus aquaticus
Taxonomic identifieri271 [NCBI]
Taxonomic lineageiBacteriaDeinococcus-ThermusDeinococciThermalesThermaceaeThermus

Subcellular locationi

Keywords - Cellular componenti

DNA-directed RNA polymerase

PTM / Processingi

Molecule processing

Feature keyPosition(s)DescriptionActionsGraphical viewLength
ChainiPRO_00000479831 – 1119DNA-directed RNA polymerase subunit betaAdd BLAST1119

Proteomic databases

PRIDEiQ9KWU7.

Interactioni

Subunit structurei

The RNAP catalytic core consists of 2 alpha, 1 beta, 1 beta' and 1 omega subunit. When a sigma factor is associated with the core the holoenzyme is formed, which can initiate transcription.

Structurei

Secondary structure

11119
Legend: HelixTurnBeta strandPDB Structure known for this area
Show more details
Feature keyPosition(s)DescriptionActionsGraphical viewLength
Beta strandi3 – 5Combined sources3
Helixi18 – 30Combined sources13
Turni36 – 38Combined sources3
Beta strandi41 – 43Combined sources3
Helixi44 – 51Combined sources8
Beta strandi54 – 57Combined sources4
Helixi59 – 62Combined sources4
Beta strandi64 – 73Combined sources10
Helixi80 – 84Combined sources5
Turni85 – 87Combined sources3
Beta strandi91 – 102Combined sources12
Turni103 – 105Combined sources3
Beta strandi108 – 119Combined sources12
Beta strandi123 – 125Combined sources3
Beta strandi127 – 129Combined sources3
Beta strandi132 – 136Combined sources5
Beta strandi138 – 142Combined sources5
Beta strandi144 – 146Combined sources3
Helixi147 – 156Combined sources10
Beta strandi158 – 163Combined sources6
Beta strandi164 – 169Combined sources6
Beta strandi172 – 176Combined sources5
Beta strandi178 – 180Combined sources3
Beta strandi182 – 188Combined sources7
Beta strandi190 – 192Combined sources3
Helixi193 – 199Combined sources7
Helixi204 – 209Combined sources6
Helixi212 – 214Combined sources3
Helixi218 – 220Combined sources3
Turni224 – 228Combined sources5
Helixi231 – 242Combined sources12
Beta strandi243 – 245Combined sources3
Helixi250 – 261Combined sources12
Turni264 – 266Combined sources3
Helixi271 – 281Combined sources11
Beta strandi286 – 294Combined sources9
Beta strandi297 – 302Combined sources6
Helixi303 – 315Combined sources13
Beta strandi316 – 318Combined sources3
Beta strandi330 – 334Combined sources5
Helixi336 – 356Combined sources21
Helixi357 – 359Combined sources3
Beta strandi360 – 362Combined sources3
Beta strandi364 – 366Combined sources3
Turni369 – 372Combined sources4
Helixi376 – 388Combined sources13
Beta strandi392 – 394Combined sources3
Helixi400 – 406Combined sources7
Beta strandi409 – 412Combined sources4
Beta strandi414 – 418Combined sources5
Turni424 – 428Combined sources5
Helixi432 – 434Combined sources3
Turni435 – 437Combined sources3
Turni447 – 451Combined sources5
Beta strandi452 – 455Combined sources4
Beta strandi456 – 458Combined sources3
Beta strandi467 – 486Combined sources20
Helixi488 – 491Combined sources4
Beta strandi494 – 497Combined sources4
Beta strandi499 – 501Combined sources3
Beta strandi503 – 508Combined sources6
Beta strandi511 – 519Combined sources9
Beta strandi521 – 524Combined sources4
Helixi526 – 528Combined sources3
Beta strandi531 – 534Combined sources4
Helixi536 – 539Combined sources4
Helixi544 – 546Combined sources3
Helixi550 – 552Combined sources3
Helixi555 – 565Combined sources11
Beta strandi578 – 580Combined sources3
Helixi584 – 590Combined sources7
Beta strandi594 – 596Combined sources3
Beta strandi598 – 607Combined sources10
Beta strandi610 – 615Combined sources6
Beta strandi616 – 618Combined sources3
Beta strandi620 – 624Combined sources5
Beta strandi628 – 630Combined sources3
Beta strandi634 – 637Combined sources4
Beta strandi650 – 652Combined sources3
Beta strandi654 – 657Combined sources4
Beta strandi659 – 662Combined sources4
Beta strandi669 – 677Combined sources9
Turni680 – 683Combined sources4
Helixi684 – 686Combined sources3
Beta strandi688 – 691Combined sources4
Helixi692 – 696Combined sources5
Turni697 – 700Combined sources4
Beta strandi702 – 715Combined sources14
Turni727 – 730Combined sources4
Helixi732 – 734Combined sources3
Beta strandi741 – 743Combined sources3
Beta strandi754 – 756Combined sources3
Beta strandi758 – 761Combined sources4
Helixi769 – 778Combined sources10
Beta strandi784 – 787Combined sources4
Beta strandi798 – 807Combined sources10
Beta strandi808 – 810Combined sources3
Beta strandi819 – 831Combined sources13
Beta strandi838 – 840Combined sources3
Beta strandi842 – 844Combined sources3
Beta strandi846 – 853Combined sources8
Turni855 – 857Combined sources3
Beta strandi868 – 871Combined sources4
Helixi873 – 875Combined sources3
Turni877 – 879Combined sources3
Helixi883 – 897Combined sources15
Beta strandi900 – 902Combined sources3
Turni905 – 907Combined sources3
Helixi911 – 931Combined sources21
Helixi938 – 949Combined sources12
Beta strandi955 – 957Combined sources3
Helixi959 – 967Combined sources9
Turni968 – 970Combined sources3
Turni977 – 979Combined sources3
Beta strandi987 – 997Combined sources11
Turni998 – 1000Combined sources3
Helixi1001 – 1003Combined sources3
Beta strandi1006 – 1010Combined sources5
Beta strandi1013 – 1017Combined sources5
Beta strandi1024 – 1026Combined sources3
Beta strandi1030 – 1033Combined sources4
Helixi1034 – 1043Combined sources10
Helixi1046 – 1053Combined sources8
Turni1054 – 1058Combined sources5
Helixi1060 – 1071Combined sources12
Helixi1083 – 1093Combined sources11
Turni1094 – 1096Combined sources3
Beta strandi1097 – 1102Combined sources6
Beta strandi1106 – 1108Combined sources3
Beta strandi1111 – 1116Combined sources6

3D structure databases

Select the link destinations:
PDBei
RCSB PDBi
PDBji
Links Updated
PDB entryMethodResolution (Å)ChainPositionsPDBsum
1HQMX-ray3.30C1-1119[»]
1I6VX-ray3.30C1-1119[»]
1L9UX-ray4.00C/L1-1119[»]
1L9ZX-ray6.50C1-1119[»]
1YNJX-ray3.20C1-1119[»]
1YNNX-ray3.30C1-1119[»]
2GHOX-ray5.00C1-1119[»]
3MLQX-ray2.91A/B/C/D17-139[»]
A/B/C/D334-395[»]
4XAXX-ray2.40A17-139[»]
A334-392[»]
4XLNX-ray4.00C/I1-1119[»]
4XLPX-ray4.00C/I1-1119[»]
4XLQX-ray4.60C/I1-1119[»]
4XLRX-ray4.30C/I1-1119[»]
4XLSX-ray4.01C/I1-1119[»]
5TJGX-ray2.60C1-1119[»]
ProteinModelPortaliQ9KWU7.
SMRiQ9KWU7.
ModBaseiSearch...
MobiDBiSearch...

Miscellaneous databases

EvolutionaryTraceiQ9KWU7.

Family & Domainsi

Sequence similaritiesi

Belongs to the RNA polymerase beta chain family.UniRule annotation

Phylogenomic databases

eggNOGiENOG4107QIH. Bacteria.
COG0085. LUCA.

Family and domain databases

CDDicd00653. RNA_pol_B_RPB2. 1 hit.
Gene3Di2.40.270.10. 2 hits.
HAMAPiMF_01321. RNApol_bact_RpoB. 1 hit.
InterProiView protein in InterPro
IPR019462. DNA-dir_RNA_pol_bsu_external_1.
IPR015712. DNA-dir_RNA_pol_su2.
IPR007120. DNA-dir_RNAP_su2_dom.
IPR037033. DNA-dir_RNAP_su2_hyb_sf.
IPR010243. RNA_pol_bsu_bac.
IPR007121. RNA_pol_bsu_CS.
IPR007644. RNA_pol_bsu_protrusion.
IPR007642. RNA_pol_Rpb2_2.
IPR007645. RNA_pol_Rpb2_3.
IPR007641. RNA_pol_Rpb2_7.
PANTHERiPTHR20856. PTHR20856. 1 hit.
PfamiView protein in Pfam
PF04563. RNA_pol_Rpb2_1. 1 hit.
PF04561. RNA_pol_Rpb2_2. 1 hit.
PF04565. RNA_pol_Rpb2_3. 1 hit.
PF10385. RNA_pol_Rpb2_45. 1 hit.
PF00562. RNA_pol_Rpb2_6. 1 hit.
PF04560. RNA_pol_Rpb2_7. 1 hit.
TIGRFAMsiTIGR02013. rpoB. 1 hit.
PROSITEiView protein in PROSITE
PS01166. RNA_POL_BETA. 1 hit.

Sequencei

Sequence statusi: Complete.

Q9KWU7-1 [UniParc]FASTAAdd to basket

« Hide

        10         20         30         40         50
MEIKRFGRIR EVIPLPPLTE IQVESYKKAL QADVPPEKRE NVGIQAAFKE
60 70 80 90 100
TFPIEEGDKG KGGLVLDFLE YRIGDPPFSQ DECREKDLTY QAPLYARLQL
110 120 130 140 150
IHKDTGLIKE DEVFLGHLPL MTEDGSFIIN GADRVIVSQI HRSPGVYFTP
160 170 180 190 200
DPARPGRYIA SIIPLPKRGP WIDLEVEASG VVTMKVNKRK FPLVLLLRVL
210 220 230 240 250
GYDQETLVRE LSAYGDLVQG LLDEAVLAMR PEEAMVRLFT LLRPGDPPKK
260 270 280 290 300
DKALAYLFGL LADPKRYDLG EAGRYKAEEK LGVGLSGRTL VRFEDGEFKD
310 320 330 340 350
EVFLPTLRYL FALTAGVPGH EVDDIDHLGN RRIRTVGELM ADQFRVGLAR
360 370 380 390 400
LARGVRERMV MGSPDTLTPA KLVNSRPLEA ALREFFSRSQ LSQFKDETNP
410 420 430 440 450
LSSLRHKRRI SALGPGGLTR ERAGFDVRDV HRTHYGRICP VETPEGANIG
460 470 480 490 500
LITSLAAYAR VDALGFIRTP YRRVKNGVVT EEVVYMTASE EDRYTIAQAN
510 520 530 540 550
TPLEGDRIAT DRVVARRRGE PVIVAPEEVE FMDVSPKQVF SLNTNLIPFL
560 570 580 590 600
EHDDANRALM GSNMQTQAVP LIRAQAPVVM TGLEERVVRD SLAALYAEED
610 620 630 640 650
GEVVKVDGTR IAVRYEDGRL VEHPLRRYAR SNQGTAFDQR PRVRVGQRVK
660 670 680 690 700
KGDLLADGPA SEEGFLALGQ NVLVAIMPFD GYNFEDAIVI SEELLKRDFY
710 720 730 740 750
TSIHIERYEI EARDTKLGPE RITRDIPHLS EAALRDLDEE GIVRIGAEVK
760 770 780 790 800
PGDILVGRTS FKGEQEPSPE ERLLRSIFGE KARDVKDTSL RVPPGEGGIV
810 820 830 840 850
VGRLRLRRGD PGVELKPGVR EVVRVFVAQK RKLQVGDKLA NRHGNKGVVA
860 870 880 890 900
KILPVEDMPH LPDGTPVDVI LNPLGVPSRM NLGQILETHL GLAGYFLGQR
910 920 930 940 950
YISPVFDGAT EPEIKELLAE AFNLYFGKRQ GEGFGVDKRE KEVLARAEKL
960 970 980 990 1000
GLVSPGKSPE EQLKELFDLG KVVLYDGRTG EPFEGPIVVG QMFIMKLYHM
1010 1020 1030 1040 1050
VEDKMHARST GPYSLITQQP LGGKAQFGGQ RFGEMEVWAL EAYGAAHTLQ
1060 1070 1080 1090 1100
EMLTIKSDDI EGRNAAYQAI IKGEDVPEPS VPESFRVLVK ELQALALDVQ
1110
TLDEKDNPVD IFEGLASKR
Length:1,119
Mass (Da):124,758
Last modified:October 1, 2000 - v1
Checksum:i2CEF66FA79C77F33
GO

Sequence databases

Select the link destinations:
EMBLi
GenBanki
DDBJi
Links Updated
Y19223 Genomic DNA. Translation: CAB65465.2.

Similar proteinsi

Entry informationi

Entry nameiRPOB_THEAQ
AccessioniPrimary (citable) accession number: Q9KWU7
Entry historyiIntegrated into UniProtKB/Swiss-Prot: March 27, 2002
Last sequence update: October 1, 2000
Last modified: November 22, 2017
This is version 98 of the entry and version 1 of the sequence. See complete history.
Entry statusiReviewed (UniProtKB/Swiss-Prot)
Annotation programProkaryotic Protein Annotation Program

Miscellaneousi

Keywords - Technical termi

3D-structure

Documents

  1. PDB cross-references
    Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references
  2. SIMILARITY comments
    Index of protein domains and families