Skip Header

You are using a version of browser that may not display all the features of this website. Please consider upgrading your browser.
Protein

DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

Gene

rpoC

Organism
Thermus aquaticus
Status
Reviewed-Annotation score: Annotation score: 3 out of 5-Experimental evidence at protein leveli

Functioni

DNA-dependent RNA polymerase catalyzes the transcription of DNA into RNA using the four ribonucleoside triphosphates as substrates.

Catalytic activityi

Nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1).UniRule annotation

GO - Molecular functioni

GO - Biological processi

Keywordsi

Molecular functionNucleotidyltransferase, Transferase
Biological processTranscription

Names & Taxonomyi

Protein namesi
Recommended name:
DNA-directed RNA polymerase subunit beta'UniRule annotation (EC:2.7.7.6UniRule annotation)
Short name:
RNAP subunit beta'UniRule annotation
Alternative name(s):
RNA polymerase subunit beta'UniRule annotation
Transcriptase subunit beta'UniRule annotation
Gene namesi
Name:rpoCUniRule annotation
OrganismiThermus aquaticus
Taxonomic identifieri271 [NCBI]
Taxonomic lineageiBacteriaDeinococcus-ThermusDeinococciThermalesThermaceaeThermus

Subcellular locationi

Keywords - Cellular componenti

DNA-directed RNA polymerase

PTM / Processingi

Molecule processing

Feature keyPosition(s)DescriptionActionsGraphical viewLength
ChainiPRO_00000678171 – 1524DNA-directed RNA polymerase subunit beta'Add BLAST1524

Proteomic databases

PRIDEiQ9KWU6.

Interactioni

Subunit structurei

The RNAP catalytic core consists of 2 alpha, 1 beta, 1 beta' and 1 omega subunit. When a sigma factor is associated with the core the holoenzyme is formed, which can initiate transcription.UniRule annotation

Structurei

Secondary structure

11524
Legend: HelixTurnBeta strandPDB Structure known for this area
Show more details
Feature keyPosition(s)DescriptionActionsGraphical viewLength
Beta strandi7 – 12Combined sources6
Helixi15 – 21Combined sources7
Beta strandi22 – 25Combined sources4
Turni34 – 36Combined sources3
Beta strandi41 – 43Combined sources3
Helixi47 – 50Combined sources4
Beta strandi53 – 57Combined sources5
Beta strandi59 – 62Combined sources4
Helixi66 – 68Combined sources3
Turni74 – 76Combined sources3
Helixi83 – 87Combined sources5
Beta strandi90 – 100Combined sources11
Helixi103 – 106Combined sources4
Beta strandi107 – 109Combined sources3
Helixi111 – 116Combined sources6
Helixi120 – 127Combined sources8
Beta strandi128 – 131Combined sources4
Beta strandi132 – 136Combined sources5
Beta strandi142 – 146Combined sources5
Helixi150 – 153Combined sources4
Helixi155 – 163Combined sources9
Beta strandi166 – 170Combined sources5
Beta strandi183 – 185Combined sources3
Beta strandi190 – 192Combined sources3
Beta strandi199 – 205Combined sources7
Beta strandi208 – 226Combined sources19
Turni227 – 229Combined sources3
Beta strandi234 – 236Combined sources3
Beta strandi241 – 244Combined sources4
Beta strandi249 – 252Combined sources4
Beta strandi257 – 263Combined sources7
Beta strandi268 – 274Combined sources7
Beta strandi277 – 284Combined sources8
Beta strandi286 – 290Combined sources5
Beta strandi303 – 312Combined sources10
Beta strandi317 – 321Combined sources5
Beta strandi323 – 327Combined sources5
Beta strandi330 – 346Combined sources17
Beta strandi351 – 353Combined sources3
Beta strandi359 – 361Combined sources3
Beta strandi366 – 372Combined sources7
Helixi373 – 375Combined sources3
Beta strandi380 – 387Combined sources8
Beta strandi390 – 402Combined sources13
Helixi403 – 408Combined sources6
Beta strandi420 – 422Combined sources3
Helixi423 – 425Combined sources3
Beta strandi433 – 438Combined sources6
Turni439 – 442Combined sources4
Beta strandi443 – 447Combined sources5
Beta strandi453 – 455Combined sources3
Helixi457 – 467Combined sources11
Helixi470 – 478Combined sources9
Turni479 – 482Combined sources4
Helixi486 – 505Combined sources20
Helixi509 – 512Combined sources4
Beta strandi513 – 519Combined sources7
Helixi522 – 524Combined sources3
Beta strandi527 – 529Combined sources3
Turni531 – 533Combined sources3
Beta strandi535 – 537Combined sources3
Helixi539 – 558Combined sources20
Turni559 – 561Combined sources3
Helixi564 – 583Combined sources20
Beta strandi586 – 589Combined sources4
Beta strandi594 – 596Combined sources3
Helixi603 – 607Combined sources5
Beta strandi608 – 612Combined sources5
Helixi613 – 616Combined sources4
Turni617 – 619Combined sources3
Beta strandi620 – 632Combined sources13
Beta strandi641 – 645Combined sources5
Helixi646 – 652Combined sources7
Helixi654 – 663Combined sources10
Beta strandi666 – 669Combined sources4
Helixi670 – 680Combined sources11
Helixi685 – 695Combined sources11
Beta strandi700 – 703Combined sources4
Helixi710 – 712Combined sources3
Beta strandi713 – 728Combined sources16
Helixi730 – 732Combined sources3
Helixi733 – 736Combined sources4
Turni740 – 742Combined sources3
Beta strandi744 – 748Combined sources5
Helixi753 – 761Combined sources9
Helixi765 – 767Combined sources3
Turni772 – 774Combined sources3
Beta strandi776 – 779Combined sources4
Helixi784 – 793Combined sources10
Beta strandi799 – 803Combined sources5
Beta strandi805 – 808Combined sources4
Helixi809 – 817Combined sources9
Turni818 – 821Combined sources4
Beta strandi822 – 825Combined sources4
Beta strandi827 – 829Combined sources3
Beta strandi832 – 834Combined sources3
Helixi836 – 840Combined sources5
Beta strandi842 – 845Combined sources4
Helixi846 – 854Combined sources9
Beta strandi860 – 862Combined sources3
Beta strandi864 – 868Combined sources5
Beta strandi871 – 875Combined sources5
Helixi877 – 890Combined sources14
Helixi893 – 899Combined sources7
Helixi908 – 921Combined sources14
Helixi924 – 945Combined sources22
Helixi951 – 953Combined sources3
Helixi959 – 979Combined sources21
Beta strandi981 – 983Combined sources3
Helixi985 – 1014Combined sources30
Beta strandi1016 – 1018Combined sources3
Helixi1019 – 1025Combined sources7
Beta strandi1026 – 1029Combined sources4
Helixi1032 – 1039Combined sources8
Beta strandi1043 – 1046Combined sources4
Beta strandi1050 – 1052Combined sources3
Turni1061 – 1063Combined sources3
Helixi1067 – 1083Combined sources17
Helixi1086 – 1089Combined sources4
Beta strandi1090 – 1092Combined sources3
Helixi1094 – 1102Combined sources9
Beta strandi1106 – 1110Combined sources5
Beta strandi1118 – 1126Combined sources9
Beta strandi1129 – 1134Combined sources6
Helixi1137 – 1144Combined sources8
Beta strandi1148 – 1151Combined sources4
Beta strandi1153 – 1155Combined sources3
Beta strandi1158 – 1160Combined sources3
Helixi1168 – 1179Combined sources12
Beta strandi1184 – 1189Combined sources6
Helixi1191 – 1193Combined sources3
Beta strandi1199 – 1201Combined sources3
Turni1202 – 1204Combined sources3
Turni1209 – 1211Combined sources3
Beta strandi1212 – 1214Combined sources3
Helixi1221 – 1230Combined sources10
Helixi1231 – 1235Combined sources5
Helixi1256 – 1263Combined sources8
Beta strandi1269 – 1271Combined sources3
Beta strandi1276 – 1278Combined sources3
Beta strandi1279 – 1284Combined sources6
Beta strandi1286 – 1288Combined sources3
Beta strandi1290 – 1295Combined sources6
Beta strandi1300 – 1305Combined sources6
Beta strandi1324 – 1329Combined sources6
Helixi1332 – 1339Combined sources8
Helixi1341 – 1358Combined sources18
Helixi1365 – 1374Combined sources10
Beta strandi1378 – 1383Combined sources6
Beta strandi1385 – 1387Combined sources3
Beta strandi1394 – 1396Combined sources3
Helixi1397 – 1407Combined sources11
Turni1408 – 1411Combined sources4
Beta strandi1416 – 1419Combined sources4
Helixi1424 – 1429Combined sources6
Beta strandi1430 – 1432Combined sources3
Helixi1434 – 1438Combined sources5
Helixi1443 – 1453Combined sources11
Helixi1462 – 1468Combined sources7
Helixi1475 – 1477Combined sources3
Turni1479 – 1483Combined sources5
Beta strandi1484 – 1488Combined sources5
Helixi1489 – 1496Combined sources8
Turni1497 – 1499Combined sources3

3D structure databases

Select the link destinations:
PDBei
RCSB PDBi
PDBji
Links Updated
PDB entryMethodResolution (Å)ChainPositionsPDBsum
1HQMX-ray3.30D1-1524[»]
1I6VX-ray3.30D1-1524[»]
1L9UX-ray4.00D/M1-1524[»]
1L9ZX-ray6.50D1-1524[»]
1YNJX-ray3.20D/J1-1524[»]
1YNNX-ray3.30D/J1-1524[»]
2AUJX-ray2.70D151-455[»]
2GHOX-ray5.00D1-158[»]
D452-1524[»]
4XLNX-ray4.00D/J1-1524[»]
4XLPX-ray4.00D/J1-1524[»]
4XLQX-ray4.60D/J1-1524[»]
4XLRX-ray4.30D/J1-1524[»]
4XLSX-ray4.01D/J1-1524[»]
5TJGX-ray2.60D1-1524[»]
ProteinModelPortaliQ9KWU6.
SMRiQ9KWU6.
ModBaseiSearch...
MobiDBiSearch...

Miscellaneous databases

EvolutionaryTraceiQ9KWU6.

Family & Domainsi

Sequence similaritiesi

Belongs to the RNA polymerase beta' chain family.UniRule annotation

Phylogenomic databases

eggNOGiENOG4105D27. Bacteria.
COG0086. LUCA.

Family and domain databases

HAMAPiMF_01322. RNApol_bact_RpoC. 1 hit.
InterProiView protein in InterPro
IPR012754. DNA-dir_RpoC_beta_prime.
IPR000722. RNA_pol_asu.
IPR006592. RNA_pol_N.
IPR007080. RNA_pol_Rpb1_1.
IPR007066. RNA_pol_Rpb1_3.
IPR007083. RNA_pol_Rpb1_4.
IPR007081. RNA_pol_Rpb1_5.
PfamiView protein in Pfam
PF04997. RNA_pol_Rpb1_1. 2 hits.
PF00623. RNA_pol_Rpb1_2. 1 hit.
PF04983. RNA_pol_Rpb1_3. 1 hit.
PF05000. RNA_pol_Rpb1_4. 1 hit.
PF04998. RNA_pol_Rpb1_5. 2 hits.
SMARTiView protein in SMART
SM00663. RPOLA_N. 1 hit.

Sequencei

Sequence statusi: Complete.

Q9KWU6-1 [UniParc]FASTAAdd to basket

« Hide

        10         20         30         40         50
MKKEVRKVRI ALASPEKIRS WSYGEVEKPE TINYRTLKPE RDGLFDERIF
60 70 80 90 100
GPIKDYECAC GKYKRQRFEG KVCERCGVEV TRSIVRRYRM GHIELATPAA
110 120 130 140 150
HIWFVKDVPS KIGTLLDLSA TELEQVLYFN KYIVLDPKGA VLDGVPVEKR
160 170 180 190 200
QLLTDEEYRE LRYGKQETYP LPAGVDALVK DGEEVVKGQE LAPGVVSRMD
210 220 230 240 250
GVALYRFPRR VRVDYLRKER AALRIPLSAW VEKEAYRPGE VLAELSEPYL
260 270 280 290 300
FRAEESGVVE LKDLAEGHLI YLRQEEEVVA RYFLPAGMTP LVVEGEIVEV
310 320 330 340 350
GQPLAEGKGL LRLPRHMTAK EVEAEEEGDS VHLTLFLEWT EPKDYKVAPH
360 370 380 390 400
MNVIVPEGAK VQAGEKIVAA IDPEEEVIAE AEGVVHLHEP ASILVVKARV
410 420 430 440 450
YPFEDDVEVT TGDRVAPGDV LADGGKVKSE IYGRVEVDLV RNVVRVVESY
460 470 480 490 500
DIDARMGAEA IQELLKELDL EKLERELLEE MKHPSRARRA KARKRLEVVR
510 520 530 540 550
AFLDSGNRPE WMILEAVPVL PPDLRPMVQV DGGRFATSDL NDLYRRLINR
560 570 580 590 600
NNRLKKLLAQ GAPEIIIRNE KRMLQEAVDA VIDNGRRGSP VTNPGSERPL
610 620 630 640 650
RSLTDILSGK QGRFRQNLLG KRVDYSGRSV IVVGPQLKLH QCGLPKRMAL
660 670 680 690 700
ELFKPFLLKK MEEKAFAPNV KAARRMLERQ RDIKDEVWDA LEEVIHGKVV
710 720 730 740 750
LLNRAPTLHR LGIQAFQPVL VEGQSIQLHP LVCEAFNADF DGDQMAVHVP
760 770 780 790 800
LSSFAQAEAR IQMLSAHNLL SPASGEPLAK PSRDIILGLY YITQVRKEKK
810 820 830 840 850
GAGMAFATPE EALAAYERGE VALNAPIVVA GRETSVGRLK FVFANPDEAL
860 870 880 890 900
LAVAHGLLDL QDVVTVRYLG RRLETSPGRI LFARIVGEAV GDEKVAQELI
910 920 930 940 950
QMDVPQEKNS LKDLVYQAFL RLGMEKTARL LDALKYYGFT LSTTSGITIG
960 970 980 990 1000
IDDAVIPEEK QRYLEEADRK LRQIEQAYEM GFLTDRERYD QVIQLWTETT
1010 1020 1030 1040 1050
EKVTQAVFKN FEENYPFNPL YVMAQSGARG NPQQIRQLCG MRGLMQKPSG
1060 1070 1080 1090 1100
ETFEVPVRSS FREGLTVLEY FISSHGARKG GADTALRTAD SGYLTRKLVD
1110 1120 1130 1140 1150
VAHEIVVREA DCGTTNYISV PLFQMDEVTR TLRLRKRSDI ESGLYGRVLA
1160 1170 1180 1190 1200
REVEALGRRL EEGRYLSLED VHFLIKAAEA GEVREVPVRS PLTCQTRYGV
1210 1220 1230 1240 1250
CQKCYGYDLS MARPVSIGEA VGVVAAESIG EPGTQLTMRT FHTGGVAVGT
1260 1270 1280 1290 1300
DITQGLPRVI ELFEARRPKA KAVISEIDGV VRIEEGEDRL SVFVESEGFS
1310 1320 1330 1340 1350
KEYKLPKDAR LLVKDGDYVE AGQPLTRGAI DPHQLLEAKG PEAVERYLVD
1360 1370 1380 1390 1400
EIQKVYRAQG VKLHDKHIEI VVRQMLKYVE VTDPGDSRLL EGQVLEKWDV
1410 1420 1430 1440 1450
EALNERLIAE GKVPVAWKPL LMGVTKSALS TKSWLSAASF QNTTHVLTEA
1460 1470 1480 1490 1500
AIAGKKDELI GLKENVILGR LIPAGTGSDF VRFTQVVDQR TLKAIEEARK
1510 1520
EAVEAKEKEA PRRPVRREQP GKGL
Length:1,524
Mass (Da):170,944
Last modified:March 1, 2001 - v2
Checksum:i2720C58615070B7B
GO

Sequence databases

Select the link destinations:
EMBLi
GenBanki
DDBJi
Links Updated
Y19223 Genomic DNA. Translation: CAB65466.3.

Similar proteinsi

Entry informationi

Entry nameiRPOC_THEAQ
AccessioniPrimary (citable) accession number: Q9KWU6
Entry historyiIntegrated into UniProtKB/Swiss-Prot: March 27, 2002
Last sequence update: March 1, 2001
Last modified: November 22, 2017
This is version 96 of the entry and version 2 of the sequence. See complete history.
Entry statusiReviewed (UniProtKB/Swiss-Prot)
Annotation programProkaryotic Protein Annotation Program

Miscellaneousi

Keywords - Technical termi

3D-structure

Documents

  1. PDB cross-references
    Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references
  2. SIMILARITY comments
    Index of protein domains and families