Skip Header

You are using a version of browser that may not display all the features of this website. Please consider upgrading your browser.
Protein

DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

Gene

rpoC

Organism
Thermus aquaticus
Status
Reviewed-Annotation score: Annotation score: 3 out of 5-Experimental evidence at protein leveli

Functioni

DNA-dependent RNA polymerase catalyzes the transcription of DNA into RNA using the four ribonucleoside triphosphates as substrates.

Catalytic activityi

Nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1).UniRule annotation

GO - Molecular functioni

GO - Biological processi

Complete GO annotation...

Keywords - Molecular functioni

Nucleotidyltransferase, Transferase

Keywords - Biological processi

Transcription

Names & Taxonomyi

Protein namesi
Recommended name:
DNA-directed RNA polymerase subunit beta'UniRule annotation (EC:2.7.7.6UniRule annotation)
Short name:
RNAP subunit beta'UniRule annotation
Alternative name(s):
RNA polymerase subunit beta'UniRule annotation
Transcriptase subunit beta'UniRule annotation
Gene namesi
Name:rpoCUniRule annotation
OrganismiThermus aquaticus
Taxonomic identifieri271 [NCBI]
Taxonomic lineageiBacteriaDeinococcus-ThermusDeinococciThermalesThermaceaeThermus

Subcellular locationi

Keywords - Cellular componenti

DNA-directed RNA polymerase

PTM / Processingi

Molecule processing

Feature keyPosition(s)DescriptionActionsGraphical viewLength
ChainiPRO_00000678171 – 1524DNA-directed RNA polymerase subunit beta'Add BLAST1524

Proteomic databases

PRIDEiQ9KWU6.

Interactioni

Subunit structurei

The RNAP catalytic core consists of 2 alpha, 1 beta, 1 beta' and 1 omega subunit. When a sigma factor is associated with the core the holoenzyme is formed, which can initiate transcription.UniRule annotation

Protein-protein interaction databases

STRINGi498848.TaqDRAFT_4914.

Structurei

Secondary structure

11524
Legend: HelixTurnBeta strandPDB Structure known for this area
Show more details
Feature keyPosition(s)DescriptionActionsGraphical viewLength
Beta strandi7 – 9Combined sources3
Helixi15 – 21Combined sources7
Beta strandi23 – 25Combined sources3
Beta strandi34 – 36Combined sources3
Beta strandi41 – 43Combined sources3
Turni47 – 49Combined sources3
Beta strandi53 – 57Combined sources5
Beta strandi66 – 68Combined sources3
Beta strandi74 – 76Combined sources3
Helixi83 – 87Combined sources5
Beta strandi91 – 94Combined sources4
Helixi103 – 106Combined sources4
Beta strandi107 – 109Combined sources3
Turni111 – 113Combined sources3
Turni115 – 117Combined sources3
Turni118 – 122Combined sources5
Helixi125 – 127Combined sources3
Beta strandi128 – 131Combined sources4
Beta strandi136 – 138Combined sources3
Beta strandi142 – 146Combined sources5
Helixi150 – 153Combined sources4
Helixi155 – 162Combined sources8
Beta strandi166 – 170Combined sources5
Beta strandi190 – 194Combined sources5
Beta strandi198 – 226Combined sources29
Turni227 – 229Combined sources3
Beta strandi234 – 236Combined sources3
Beta strandi241 – 244Combined sources4
Beta strandi249 – 252Combined sources4
Beta strandi257 – 264Combined sources8
Beta strandi267 – 274Combined sources8
Beta strandi277 – 284Combined sources8
Beta strandi286 – 288Combined sources3
Beta strandi307 – 312Combined sources6
Beta strandi317 – 327Combined sources11
Beta strandi330 – 346Combined sources17
Beta strandi359 – 361Combined sources3
Beta strandi366 – 369Combined sources4
Helixi373 – 375Combined sources3
Beta strandi380 – 402Combined sources23
Beta strandi420 – 422Combined sources3
Helixi424 – 426Combined sources3
Beta strandi433 – 438Combined sources6
Turni439 – 442Combined sources4
Beta strandi443 – 448Combined sources6
Helixi458 – 466Combined sources9
Helixi470 – 479Combined sources10
Turni480 – 482Combined sources3
Beta strandi484 – 487Combined sources4
Turni488 – 491Combined sources4
Helixi492 – 503Combined sources12
Beta strandi504 – 506Combined sources3
Turni509 – 512Combined sources4
Beta strandi515 – 519Combined sources5
Helixi522 – 524Combined sources3
Beta strandi528 – 530Combined sources3
Turni531 – 533Combined sources3
Beta strandi534 – 536Combined sources3
Helixi540 – 553Combined sources14
Turni554 – 559Combined sources6
Helixi564 – 583Combined sources20
Beta strandi586 – 588Combined sources3
Beta strandi594 – 596Combined sources3
Turni603 – 607Combined sources5
Beta strandi608 – 615Combined sources8
Helixi616 – 619Combined sources4
Beta strandi622 – 628Combined sources7
Beta strandi630 – 633Combined sources4
Beta strandi636 – 641Combined sources6
Helixi646 – 663Combined sources18
Helixi670 – 675Combined sources6
Turni676 – 678Combined sources3
Beta strandi679 – 681Combined sources3
Helixi685 – 695Combined sources11
Beta strandi700 – 703Combined sources4
Helixi710 – 712Combined sources3
Beta strandi713 – 717Combined sources5
Beta strandi721 – 728Combined sources8
Helixi730 – 732Combined sources3
Helixi733 – 736Combined sources4
Turni740 – 742Combined sources3
Beta strandi746 – 748Combined sources3
Helixi753 – 762Combined sources10
Helixi765 – 767Combined sources3
Beta strandi772 – 779Combined sources8
Helixi785 – 792Combined sources8
Helixi813 – 821Combined sources9
Beta strandi822 – 825Combined sources4
Beta strandi827 – 829Combined sources3
Beta strandi831 – 833Combined sources3
Helixi836 – 840Combined sources5
Beta strandi842 – 845Combined sources4
Helixi846 – 854Combined sources9
Beta strandi860 – 862Combined sources3
Beta strandi865 – 868Combined sources4
Beta strandi871 – 873Combined sources3
Helixi877 – 888Combined sources12
Turni889 – 891Combined sources3
Helixi893 – 899Combined sources7
Helixi908 – 921Combined sources14
Helixi924 – 944Combined sources21
Helixi951 – 953Combined sources3
Helixi960 – 980Combined sources21
Beta strandi981 – 983Combined sources3
Helixi985 – 1013Combined sources29
Beta strandi1016 – 1018Combined sources3
Helixi1019 – 1025Combined sources7
Beta strandi1026 – 1029Combined sources4
Helixi1032 – 1039Combined sources8
Beta strandi1043 – 1046Combined sources4
Beta strandi1052 – 1057Combined sources6
Helixi1067 – 1072Combined sources6
Turni1073 – 1075Combined sources3
Helixi1076 – 1087Combined sources12
Beta strandi1090 – 1092Combined sources3
Helixi1093 – 1102Combined sources10
Beta strandi1118 – 1125Combined sources8
Turni1127 – 1129Combined sources3
Beta strandi1132 – 1134Combined sources3
Helixi1137 – 1144Combined sources8
Beta strandi1148 – 1151Combined sources4
Beta strandi1153 – 1155Combined sources3
Beta strandi1158 – 1160Combined sources3
Helixi1168 – 1179Combined sources12
Beta strandi1184 – 1189Combined sources6
Turni1191 – 1193Combined sources3
Beta strandi1197 – 1199Combined sources3
Turni1203 – 1205Combined sources3
Beta strandi1209 – 1213Combined sources5
Helixi1221 – 1230Combined sources10
Helixi1231 – 1233Combined sources3
Helixi1255 – 1263Combined sources9
Beta strandi1269 – 1271Combined sources3
Beta strandi1276 – 1278Combined sources3
Beta strandi1279 – 1284Combined sources6
Beta strandi1286 – 1288Combined sources3
Beta strandi1291 – 1295Combined sources5
Beta strandi1300 – 1304Combined sources5
Beta strandi1324 – 1326Combined sources3
Beta strandi1328 – 1330Combined sources3
Helixi1332 – 1359Combined sources28
Helixi1365 – 1374Combined sources10
Beta strandi1377 – 1383Combined sources7
Beta strandi1385 – 1387Combined sources3
Beta strandi1392 – 1394Combined sources3
Helixi1395 – 1402Combined sources8
Turni1403 – 1409Combined sources7
Beta strandi1416 – 1419Combined sources4
Helixi1424 – 1429Combined sources6
Beta strandi1430 – 1432Combined sources3
Helixi1434 – 1438Combined sources5
Helixi1443 – 1452Combined sources10
Helixi1462 – 1468Combined sources7
Helixi1475 – 1477Combined sources3
Turni1479 – 1483Combined sources5
Beta strandi1485 – 1488Combined sources4
Helixi1490 – 1496Combined sources7
Turni1497 – 1499Combined sources3

3D structure databases

Select the link destinations:
PDBei
RCSB PDBi
PDBji
Links Updated
PDB entryMethodResolution (Å)ChainPositionsPDBsum
1HQMX-ray3.30D1-1524[»]
1I6VX-ray3.30D1-1524[»]
1L9UX-ray4.00D/M1-1524[»]
1L9ZX-ray6.50D1-1524[»]
1YNJX-ray3.20D/J1-1524[»]
1YNNX-ray3.30D/J1-1524[»]
2AUJX-ray2.70D151-455[»]
2GHOX-ray5.00D1-158[»]
D452-1524[»]
4XLNX-ray4.00D/J1-1524[»]
4XLPX-ray4.00D/J1-1524[»]
4XLQX-ray4.60D/J1-1524[»]
4XLRX-ray4.30D/J1-1524[»]
4XLSX-ray4.01D/J1-1524[»]
ProteinModelPortaliQ9KWU6.
SMRiQ9KWU6.
ModBaseiSearch...
MobiDBiSearch...

Miscellaneous databases

EvolutionaryTraceiQ9KWU6.

Family & Domainsi

Sequence similaritiesi

Belongs to the RNA polymerase beta' chain family.UniRule annotation

Phylogenomic databases

eggNOGiENOG4105D27. Bacteria.
COG0086. LUCA.

Family and domain databases

HAMAPiMF_01322. RNApol_bact_RpoC. 1 hit.
InterProiIPR012754. DNA-dir_RpoC_beta_prime.
IPR000722. RNA_pol_asu.
IPR006592. RNA_pol_N.
IPR007080. RNA_pol_Rpb1_1.
IPR007066. RNA_pol_Rpb1_3.
IPR007083. RNA_pol_Rpb1_4.
IPR007081. RNA_pol_Rpb1_5.
[Graphical view]
PfamiPF04997. RNA_pol_Rpb1_1. 2 hits.
PF00623. RNA_pol_Rpb1_2. 1 hit.
PF04983. RNA_pol_Rpb1_3. 1 hit.
PF05000. RNA_pol_Rpb1_4. 1 hit.
PF04998. RNA_pol_Rpb1_5. 2 hits.
[Graphical view]
SMARTiSM00663. RPOLA_N. 1 hit.
[Graphical view]

Sequencei

Sequence statusi: Complete.

Q9KWU6-1 [UniParc]FASTAAdd to basket

« Hide

        10         20         30         40         50
MKKEVRKVRI ALASPEKIRS WSYGEVEKPE TINYRTLKPE RDGLFDERIF
60 70 80 90 100
GPIKDYECAC GKYKRQRFEG KVCERCGVEV TRSIVRRYRM GHIELATPAA
110 120 130 140 150
HIWFVKDVPS KIGTLLDLSA TELEQVLYFN KYIVLDPKGA VLDGVPVEKR
160 170 180 190 200
QLLTDEEYRE LRYGKQETYP LPAGVDALVK DGEEVVKGQE LAPGVVSRMD
210 220 230 240 250
GVALYRFPRR VRVDYLRKER AALRIPLSAW VEKEAYRPGE VLAELSEPYL
260 270 280 290 300
FRAEESGVVE LKDLAEGHLI YLRQEEEVVA RYFLPAGMTP LVVEGEIVEV
310 320 330 340 350
GQPLAEGKGL LRLPRHMTAK EVEAEEEGDS VHLTLFLEWT EPKDYKVAPH
360 370 380 390 400
MNVIVPEGAK VQAGEKIVAA IDPEEEVIAE AEGVVHLHEP ASILVVKARV
410 420 430 440 450
YPFEDDVEVT TGDRVAPGDV LADGGKVKSE IYGRVEVDLV RNVVRVVESY
460 470 480 490 500
DIDARMGAEA IQELLKELDL EKLERELLEE MKHPSRARRA KARKRLEVVR
510 520 530 540 550
AFLDSGNRPE WMILEAVPVL PPDLRPMVQV DGGRFATSDL NDLYRRLINR
560 570 580 590 600
NNRLKKLLAQ GAPEIIIRNE KRMLQEAVDA VIDNGRRGSP VTNPGSERPL
610 620 630 640 650
RSLTDILSGK QGRFRQNLLG KRVDYSGRSV IVVGPQLKLH QCGLPKRMAL
660 670 680 690 700
ELFKPFLLKK MEEKAFAPNV KAARRMLERQ RDIKDEVWDA LEEVIHGKVV
710 720 730 740 750
LLNRAPTLHR LGIQAFQPVL VEGQSIQLHP LVCEAFNADF DGDQMAVHVP
760 770 780 790 800
LSSFAQAEAR IQMLSAHNLL SPASGEPLAK PSRDIILGLY YITQVRKEKK
810 820 830 840 850
GAGMAFATPE EALAAYERGE VALNAPIVVA GRETSVGRLK FVFANPDEAL
860 870 880 890 900
LAVAHGLLDL QDVVTVRYLG RRLETSPGRI LFARIVGEAV GDEKVAQELI
910 920 930 940 950
QMDVPQEKNS LKDLVYQAFL RLGMEKTARL LDALKYYGFT LSTTSGITIG
960 970 980 990 1000
IDDAVIPEEK QRYLEEADRK LRQIEQAYEM GFLTDRERYD QVIQLWTETT
1010 1020 1030 1040 1050
EKVTQAVFKN FEENYPFNPL YVMAQSGARG NPQQIRQLCG MRGLMQKPSG
1060 1070 1080 1090 1100
ETFEVPVRSS FREGLTVLEY FISSHGARKG GADTALRTAD SGYLTRKLVD
1110 1120 1130 1140 1150
VAHEIVVREA DCGTTNYISV PLFQMDEVTR TLRLRKRSDI ESGLYGRVLA
1160 1170 1180 1190 1200
REVEALGRRL EEGRYLSLED VHFLIKAAEA GEVREVPVRS PLTCQTRYGV
1210 1220 1230 1240 1250
CQKCYGYDLS MARPVSIGEA VGVVAAESIG EPGTQLTMRT FHTGGVAVGT
1260 1270 1280 1290 1300
DITQGLPRVI ELFEARRPKA KAVISEIDGV VRIEEGEDRL SVFVESEGFS
1310 1320 1330 1340 1350
KEYKLPKDAR LLVKDGDYVE AGQPLTRGAI DPHQLLEAKG PEAVERYLVD
1360 1370 1380 1390 1400
EIQKVYRAQG VKLHDKHIEI VVRQMLKYVE VTDPGDSRLL EGQVLEKWDV
1410 1420 1430 1440 1450
EALNERLIAE GKVPVAWKPL LMGVTKSALS TKSWLSAASF QNTTHVLTEA
1460 1470 1480 1490 1500
AIAGKKDELI GLKENVILGR LIPAGTGSDF VRFTQVVDQR TLKAIEEARK
1510 1520
EAVEAKEKEA PRRPVRREQP GKGL
Length:1,524
Mass (Da):170,944
Last modified:March 1, 2001 - v2
Checksum:i2720C58615070B7B
GO

Sequence databases

Select the link destinations:
EMBLi
GenBanki
DDBJi
Links Updated
Y19223 Genomic DNA. Translation: CAB65466.3.

Cross-referencesi

Sequence databases

Select the link destinations:
EMBLi
GenBanki
DDBJi
Links Updated
Y19223 Genomic DNA. Translation: CAB65466.3.

3D structure databases

Select the link destinations:
PDBei
RCSB PDBi
PDBji
Links Updated
PDB entryMethodResolution (Å)ChainPositionsPDBsum
1HQMX-ray3.30D1-1524[»]
1I6VX-ray3.30D1-1524[»]
1L9UX-ray4.00D/M1-1524[»]
1L9ZX-ray6.50D1-1524[»]
1YNJX-ray3.20D/J1-1524[»]
1YNNX-ray3.30D/J1-1524[»]
2AUJX-ray2.70D151-455[»]
2GHOX-ray5.00D1-158[»]
D452-1524[»]
4XLNX-ray4.00D/J1-1524[»]
4XLPX-ray4.00D/J1-1524[»]
4XLQX-ray4.60D/J1-1524[»]
4XLRX-ray4.30D/J1-1524[»]
4XLSX-ray4.01D/J1-1524[»]
ProteinModelPortaliQ9KWU6.
SMRiQ9KWU6.
ModBaseiSearch...
MobiDBiSearch...

Protein-protein interaction databases

STRINGi498848.TaqDRAFT_4914.

Proteomic databases

PRIDEiQ9KWU6.

Protocols and materials databases

Structural Biology KnowledgebaseSearch...

Phylogenomic databases

eggNOGiENOG4105D27. Bacteria.
COG0086. LUCA.

Miscellaneous databases

EvolutionaryTraceiQ9KWU6.

Family and domain databases

HAMAPiMF_01322. RNApol_bact_RpoC. 1 hit.
InterProiIPR012754. DNA-dir_RpoC_beta_prime.
IPR000722. RNA_pol_asu.
IPR006592. RNA_pol_N.
IPR007080. RNA_pol_Rpb1_1.
IPR007066. RNA_pol_Rpb1_3.
IPR007083. RNA_pol_Rpb1_4.
IPR007081. RNA_pol_Rpb1_5.
[Graphical view]
PfamiPF04997. RNA_pol_Rpb1_1. 2 hits.
PF00623. RNA_pol_Rpb1_2. 1 hit.
PF04983. RNA_pol_Rpb1_3. 1 hit.
PF05000. RNA_pol_Rpb1_4. 1 hit.
PF04998. RNA_pol_Rpb1_5. 2 hits.
[Graphical view]
SMARTiSM00663. RPOLA_N. 1 hit.
[Graphical view]
ProtoNetiSearch...

Entry informationi

Entry nameiRPOC_THEAQ
AccessioniPrimary (citable) accession number: Q9KWU6
Entry historyi
Integrated into UniProtKB/Swiss-Prot: March 27, 2002
Last sequence update: March 1, 2001
Last modified: November 2, 2016
This is version 91 of the entry and version 2 of the sequence. [Complete history]
Entry statusiReviewed (UniProtKB/Swiss-Prot)
Annotation programProkaryotic Protein Annotation Program

Miscellaneousi

Keywords - Technical termi

3D-structure

Documents

  1. PDB cross-references
    Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references
  2. SIMILARITY comments
    Index of protein domains and families

Similar proteinsi

Links to similar proteins from the UniProt Reference Clusters (UniRef) at 100%, 90% and 50% sequence identity:
100%UniRef100 combines identical sequences and sub-fragments with 11 or more residues from any organism into one UniRef entry.
90%UniRef90 is built by clustering UniRef100 sequences that have at least 90% sequence identity to, and 80% overlap with, the longest sequence (a.k.a seed sequence).
50%UniRef50 is built by clustering UniRef90 seed sequences that have at least 50% sequence identity to, and 80% overlap with, the longest sequence in the cluster.