Q9KN67 (PNCB_VIBCH) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
Last modified
May 1, 2013.
Version 73.
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| Protein names | Recommended name: Nicotinate phosphoribosyltransferase Short name=NAPRTase EC=2.4.2.11 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) [Reference proteome] [HAMAP] | ||||
| Taxonomic identifier | 243277 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Bacteria › Proteobacteria › Gammaproteobacteria › Vibrionales › Vibrionaceae › Vibrio › ![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 435 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Catalytic activity | Beta-nicotinate D-ribonucleotide + diphosphate = nicotinate + 5-phospho-alpha-D-ribose 1-diphosphate. HAMAP-Rule MF_00570 |
| Pathway | Cofactor biosynthesis; NAD(+) biosynthesis; nicotinate D-ribonucleotide from nicotinate: step 1/1. HAMAP-Rule MF_00570 |
| Subcellular location | Cytoplasm By similarity. |
| Sequence similarities | Belongs to the NAPRTase family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Pyridine nucleotide biosynthesis |
| Cellular component | Cytoplasm |
| Molecular function | Glycosyltransferase Transferase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological_process | NAD biosynthetic process Inferred from electronic annotation. Source: HAMAP NADH metabolic processInferred from sequence or structural similarity Ref.1. Source: TIGR nicotinate nucleotide biosynthetic processInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Cellular_component | cytoplasm Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell |
| Molecular_function | nicotinate phosphoribosyltransferase activity Inferred from sequence or structural similarity Ref.1. Source: TIGR nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) activityInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 435 | 435 | Nicotinate phosphoribosyltransferase HAMAP-Rule MF_00570 | PRO_0000205847 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 3 – 5 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 16 – 18 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 19 – 31 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 36 – 45 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 47 – 49 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 50 – 62 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 63 – 65 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 70 – 79 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 85 – 91 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 98 – 101 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 102 – 107 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 114 – 122 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 123 – 126 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 129 – 145 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 153 – 172 | 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 179 – 181 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 190 – 203 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 205 – 207 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 208 – 213 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 214 – 220 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 230 – 239 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 242 – 244 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 245 – 256 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 263 – 266 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 271 – 277 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 280 – 285 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 288 – 291 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 296 – 309 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 314 – 316 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 317 – 321 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 327 – 337 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 338 – 340 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 341 – 347 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 349 – 352 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 370 – 378 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 390 – 392 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 398 – 407 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 414 – 425 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| [1] | "DNA sequence of both chromosomes of the cholera pathogen Vibrio cholerae." Heidelberg J.F., Eisen J.A., Nelson W.C., Clayton R.A., Gwinn M.L., Dodson R.J., Haft D.H., Hickey E.K., Peterson J.D., Umayam L.A., Gill S.R., Nelson K.E., Read T.D., Tettelin H., Richardson D.L., Ermolaeva M.D., Vamathevan J.J., Bass S. Fraser C.M.Nature 406:477-483(2000) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. Strain: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AE003853 Genomic DNA. Translation: AAF96012.1. | ||||||||||||
| PIR | H82501. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_232499.1. NC_002506.1. | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q9KN67. | ||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||
| STRING | 243277.VCA0098. | ||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||
| DNASU | 2612706. | ||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| EnsemblBacteria | AAF96012; AAF96012; VC_A0098. | ||||||||||||
| GeneID | 2612706. | ||||||||||||
| KEGG | vch:VCA0098. | ||||||||||||
| PATRIC | 20084775. VBIVibCho83274_2739. | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| eggNOG | COG1488. | ||||||||||||
| KO | K00763. | ||||||||||||
| OMA | SFGWGTN. | ||||||||||||
| ProtClustDB | PRK05321. | ||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||
| UniPathway | UPA00253; UER00457. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| HAMAP | MF_00570. NAPRTase. | ||||||||||||
| InterPro | IPR006406. Nic_PRibTrfase. IPR015977. Nic_PRibTrfase-like. IPR007229. Nic_PRibTrfase-rel. IPR002638. Quinolinate_PRibosylTrfase_C. [Graphical view] | ||||||||||||
| PANTHER | PTHR11098:SF1. PTHR11098:SF1. 1 hit. | ||||||||||||
| Pfam | PF04095. NAPRTase. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| PIRSF | PIRSF000484. NAPRT. 1 hit. | ||||||||||||
| SUPFAM | SSF51690. Q_phspho_trans. 1 hit. | ||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR01514. NAPRTase. 1 hit. | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | PNCB_VIBCH | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q9KN67 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Prokaryotic Protein Annotation Program | ||||||||
Relevant documents
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
