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UniProtKB/Swiss-Prot Q9GZT9 (EGLN1_HUMAN)
Last modified
November 3, 2009.
Version 83.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (6) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Egl nine homolog 1 EC=1.14.11.- Alternative name(s): Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 Short name=HIF-prolyl hydroxylase 2 Short name=HIF-PH2 Short name=HPH-2 Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 Short name=PHD2 SM-20 | ||||||
| Gene names |
| ||||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 426 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Catalyzes the post-translational formation of 4-hydroxyproline in hypoxia-inducible factor (HIF) alpha proteins. Hydroxylates HIF-1 alpha at 'Pro-402' and 'Pro-564', and HIF-2 alpha. Functions as a cellular oxygen sensor and, under normoxic conditions, targets HIF through the hydroxylation for proteasomal degradation via the von Hippel-Lindau ubiquitination complex. Ref.7 Ref.8 |
| Catalytic activity | An HIF alpha chain L-proline + 2-oxoglutarate + O2 = An HIF alpha chain trans-4-hydroxy-L-proline + succinate + CO2. |
| Cofactor | Binds 1 Fe2+ ion per subunit. Ascorbate. |
| Enzyme regulation | Following exposure to hypoxia, activated in HeLa cells but not in cardiovascular cells. Seems to be inhibited by ING4. Ref.10 Ref.11 |
| Subunit structure | |
| Tissue specificity | According to Ref.1 widely expressed with highest levels in skeletal muscle and heart, moderate levels in pancreas, brain (dopaminergic neurons of adult and fetal substantia nigra) and kidney, and lower levels in lung and liver. According to Ref.8 widely expressed with highest levels in brain, kidney and adrenal gland. Expressed in cardiac myocytes, aortic endothelial cells and coronary artery smooth muscle. Ref.10 Ref.1 Ref.9 |
| Involvement in disease | Defects in EGLN1 are the cause of erythrocytosis familial type 3 (ECYT3) [MIM:609820]. ECYT3 is an autosomal dominant disorder characterized by increased serum red blood cell mass, elevated serum hemoglobin and hematocrit, and normal serum erythropoietin levels. Ref.14 Ref.15 |
| Sequence similarities | Contains 1 MYND-type zinc finger. Contains 1 PKHD (prolyl/lysyl hydroxylase) domain. |
| Caution | It was previously reported that this protein was the ortholog of rat SM-20. However, EGLN3 is now considered the true ortholog of rat SM-20 since it shows substantially greater similarity. |
| Sequence caution | The sequence AAK07536.1 differs from that shown. Reason: Frameshift at position 239. |
Ontologies
Alternative products
| This entry describes 2 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: Q9GZT9-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: Q9GZT9-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 337-358: Missing. | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 426 | 426 | Egl nine homolog 1 | PRO_0000206661 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 205 – 391 | 187 | PKHD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Zinc finger | 21 – 58 | 38 | MYND-type | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 313 | 1 | Iron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 315 | 1 | Iron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 374 | 1 | Iron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 383 | 1 | 2-oxoglutarate Probable | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 337 – 358 | 22 | Missing in isoform 2. | VSP_007569 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 317 | 1 | P → R in ECYT3; marked decrease in enzyme activity. Ref.14 | VAR_027371 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 371 | 1 | R → H in ECYT3; decreased interaction with HIF1A and HIF2A and decreased enzyme activity. Ref.15 | VAR_045902 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 303 | 1 | Y → F: No effect. Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 383 | 1 | R → A: Reduces enzyme activity by 95%. Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 190 – 196 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 198 – 205 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 206 – 214 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 216 – 232 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 255 – 259 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 267 – 282 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 283 – 286 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 287 – 289 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 292 – 295 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 298 – 303 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 305 – 307 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 310 – 313 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 321 – 329 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 336 – 339 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 343 – 345 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 354 – 356 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 362 – 367 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 374 – 376 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 379 – 381 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 383 – 392 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 393 – 399 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 400 – 402 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| AF246631, AF246630 Genomic DNA. Translation: AAG34568.1. AF229245 mRNA. Translation: AAG33965.1. AJ310543 mRNA. Translation: CAC42509.1. AL833885 mRNA. Translation: CAD38741.2. AF277174 mRNA. Translation: AAK07534.1. Different initiation. AF277176 mRNA. Translation: AAK07536.1. Frameshift. AL117352, AL445524 Genomic DNA. Translation: CAI23092.1. AL445524, AL117352 Genomic DNA. Translation: CAH72105.1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00004928. IPI00328822. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_071334.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.444450 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | Q9GZT9. 2 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | Q9GZT9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | Q9GZT9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | Q9GZT9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000366641; ENSP00000355601; ENSG00000135766; Homo sapiens. [Genome view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 54583. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:54583. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc001huv.1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 54583. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC01M229566. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0019816. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:1232. EGLN1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | HPA022129. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 606425. gene. 609820. phenotype. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orphanet | 90042. Primary familial polycythemia. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA27670. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | Q9GZT9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | Q9GZT9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | QEKANLY. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BRENDA | 1.14.11.2. 247. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pathway_Interaction_DB | hif1_tfpathway. HIF-1-alpha transcription factor network. hif1apathway. Hypoxic and oxygen homeostasis regulation of HIF-1-alpha. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q9GZT9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | Q9GZT9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_EGLN1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q9GZT9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000135766. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR005123. Oxoglutarate/Fe-dep_oxygenase. IPR006620. Pro_4_hyd_alph. IPR002893. Znf_MYND. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF03171. 2OG-FeII_Oxy. 1 hit. PF01753. zf-MYND. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00702. P4Hc. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS01360. ZF_MYND_1. 1 hit. PS50865. ZF_MYND_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DrugBank | DB00126. Vitamin C. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 57101. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | EGLN1_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q9GZT9 Secondary accession number(s): Q8N3M8, Q9BZS8, Q9BZT0 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 1 Human chromosome 1: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
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