Q96C24 (SYTL4_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Synaptotagmin-like protein 4 Alternative name(s): Exophilin-2 Granuphilin | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 671 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Modulates exocytosis of dense-core granules and secretion of hormones in the pancreas and the pituitary. Interacts with vesicles containing negatively charged phospholipids in a Ca2+-independent manner By similarity. |
| Subunit structure | Part of a ternary complex containing STX1A and RAB27A. Can bind both dominant negative and dominant active mutants of RAB27A. Binds STXBP1, RAB3A, RAB8A and RAB27B By similarity. |
| Subcellular location | Membrane; Peripheral membrane protein By similarity. Cell membrane; Peripheral membrane protein By similarity. Cytoplasmic vesicle › secretory vesicle membrane; Peripheral membrane protein By similarity. Note: Detected close to the plasma membrane and on secretory granules. In pancreas, interacts with insulin-containing vesicles By similarity. |
| Sequence similarities | Contains 2 C2 domains. Contains 1 FYVE-type zinc finger. Contains 1 RabBD (Rab-binding) domain. |
Ontologies
Alternative products
| This entry describes 2 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: Q96C24-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: Q96C24-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 336-657: Missing. 658-671: LQLRSSMAKQKLGL → VSSIRSVVTGMLGY | ||||||
| Note: May be due to an intron retention. No experimental confirmation available. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 671 | 671 | Synaptotagmin-like protein 4 | PRO_0000190216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 4 – 122 | 119 | RabBD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 358 – 462 | 105 | C2 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 513 – 617 | 105 | C2 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Zinc finger | 63 – 105 | 43 | FYVE-type | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 305 – 311 | 7 | Poly-Glu | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 204 | 1 | Phosphoserine Ref.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 217 | 1 | Phosphoserine Ref.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 289 | 1 | Phosphoserine Ref.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 336 – 657 | 322 | Missing in isoform 2. | VSP_015237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 658 – 671 | 14 | LQLRS…QKLGL → VSSIRSVVTGMLGY in isoform 2. | VSP_015238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 420 | 1 | I → V. Ref.1 Ref.2 Ref.4 Corresponds to variant rs2022039 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_016076 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 44 | 1 | L → P in CAI46126. Ref.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 160 | 1 | T → A in BAC04287. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 251 | 1 | V → A in CAI46126. Ref.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 287 | 1 | S → G in BAC04287. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 64 – 66 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 71 – 73 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 75 – 77 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 78 – 80 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 81 – 84 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 91 – 94 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 100 – 102 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 359 – 367 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 368 – 371 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 372 – 382 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 388 – 391 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 395 – 402 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 407 – 409 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 410 – 412 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 423 – 431 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 437 – 439 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 441 – 449 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 451 – 453 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 455 – 464 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 465 – 468 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 469 – 471 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 474 – 479 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AK094110 mRNA. Translation: BAC04287.1. BX537410 mRNA. Translation: CAD97652.1. AL832596 mRNA. Translation: CAI46126.1. BC014913 mRNA. Translation: AAH14913.1. AL391688, Z73900 Genomic DNA. Translation: CAI41007.1. AL391688, Z73900 Genomic DNA. Translation: CAI41008.1. Z73900, AL391688 Genomic DNA. Translation: CAI42004.1. Z73900, AL391688 Genomic DNA. Translation: CAI42005.1. | ||||||||||||||||||
| IPI | IPI00639966. IPI01015206. | ||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_001123368.1. NM_001129896.2. NP_001167539.1. NM_001174068.1. NP_542775.2. NM_080737.2. | ||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.592224. | ||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q96C24. | ||||||||||||||||||
| SMR | Q96C24. Positions 10-120, 354-650. | ||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||
| IntAct | Q96C24. 3 interactions. | ||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000263033. | ||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||
| PhosphoSite | Q96C24. | ||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||
| DMDM | 33301663. | ||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||
| PaxDb | Q96C24. | ||||||||||||||||||
| PRIDE | Q96C24. | ||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||
| DNASU | 94121. | ||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000263033; ENSP00000263033; ENSG00000102362. ENST00000276141; ENSP00000276141; ENSG00000102362. ENST00000372981; ENSP00000362072; ENSG00000102362. ENST00000372989; ENSP00000362080; ENSG00000102362. ENST00000455616; ENSP00000390252; ENSG00000102362. | ||||||||||||||||||
| GeneID | 94121. | ||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:94121. | ||||||||||||||||||
| UCSC | uc004egd.4. human. uc004egg.4. human. | ||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||
| CTD | 94121. | ||||||||||||||||||
| GeneCards | GC0XM099929. | ||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0016918. | ||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:15588. SYTL4. | ||||||||||||||||||
| HPA | HPA001475. HPA001589. | ||||||||||||||||||
| MIM | 300723. gene. | ||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_Q96C24. | ||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA37987. | ||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||
| eggNOG | NOG293068. | ||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG054255. | ||||||||||||||||||
| InParanoid | Q96C24. | ||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4Z62NS. | ||||||||||||||||||
| PhylomeDB | Q96C24. | ||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q96C24. | ||||||||||||||||||
| Bgee | Q96C24. | ||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_SYTL4. | ||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q96C24. | ||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000102362. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||
| Gene3D | 3.30.40.10. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| InterPro | IPR000008. C2_Ca-dep. IPR008973. C2_Ca/lipid-bd_dom_CaLB. IPR018029. C2_membr_targeting. IPR010911. Rab-bd_domain. IPR001565. Synaptotagmin. IPR011011. Znf_FYVE_PHD. IPR001841. Znf_RING. IPR013083. Znf_RING/FYVE/PHD. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| Pfam | PF00168. C2. 2 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| PRINTS | PR00399. SYNAPTOTAGMN. | ||||||||||||||||||
| SMART | SM00239. C2. 2 hits. SM00184. RING. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| SUPFAM | SSF49562. C2_CaLB. 2 hits. SSF57903. FYVE_PHD_ZnF. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50004. C2. 2 hits. PS50916. RABBD. 1 hit. PS50178. ZF_FYVE. False negative. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||
| ChiTaRS | SYTL4. human. | ||||||||||||||||||
| DrugBank | DB00047. Insulin Glargine recombinant. DB00046. Insulin Lyspro recombinant. DB00030. Insulin recombinant. DB00071. Insulin, porcine. | ||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | Q96C24. | ||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 94121. | ||||||||||||||||||
| NextBio | 78402. | ||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | SYTL4_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q96C24 Secondary accession number(s): Q5H9J3 Q9H4R1 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
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