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UniProtKB/Swiss-Prot Q96323 (LDOX_ARATH)
Last modified
February 9, 2010.
Version 83.
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Leucoanthocyanidin dioxygenase Short name=LDOX Short name=Leucocyanidin oxygenase EC=1.14.11.19 Alternative name(s): Leucoanthocyanidin hydroxylase Anthocyanidin synthase Short name=ANS | ||||||
| Gene names |
| ||||||
| Organism | Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) [Complete proteome] | ||||||
| Taxonomic identifier | 3702 [NCBI] | ||||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Viridiplantae › Streptophyta › Embryophyta › Tracheophyta › Spermatophyta › Magnoliophyta › eudicotyledons › core eudicotyledons › rosids › malvids › Brassicales › Brassicaceae › Arabidopsis |
Protein attributes
| Sequence length | 356 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Oxidation of leucoanthocyanidins into anthocyanidins. |
| Catalytic activity | Leucocyanidin + 2-oxoglutarate + O2 = cis- and trans-dihydroquercetins + succinate + CO2 + H2O. |
| Cofactor | Binds 1 ascorbate molecule per subunit. Binds 1 iron ion per subunit. |
| Pathway | |
| Sequence similarities | Belongs to the iron/ascorbate-dependent oxidoreductase family. Contains 1 Fe2OG dioxygenase domain. |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 356 | 356 | Leucoanthocyanidin dioxygenase | PRO_0000067299 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 208 – 307 | 100 | Fe2OG dioxygenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 232 | 1 | Iron | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 234 | 1 | Iron | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 288 | 1 | Iron | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 7 – 11 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 12 – 14 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 20 – 22 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 26 – 29 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 35 – 40 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 49 – 51 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 53 – 56 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 60 – 76 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 78 – 84 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 89 – 103 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 107 – 110 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 111 – 113 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 117 – 119 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 124 – 126 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 141 – 149 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 150 – 152 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 155 – 157 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 165 – 190 | 26 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 197 – 201 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 204 – 207 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 209 – 217 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 223 – 225 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 228 – 232 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 236 – 243 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 249 – 253 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 256 – 259 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 267 – 271 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 273 – 278 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 279 – 281 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 288 – 290 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 298 – 306 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 309 – 311 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 318 – 320 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 323 – 325 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 334 – 346 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Characterization of flavonol synthase and leucoanthocyanidin dioxygenase genes in Arabidopsis. Further evidence for differential regulation of 'early' and 'late' genes." Pelletier M.K., Murrell J.R., Shirley B.W. Plant Physiol. 113:1437-1445(1997) [PubMed: 9112784] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. Strain: cv. Columbia. |
| [2] | "Sequence and analysis of chromosome 4 of the plant Arabidopsis thaliana." Mayer K.F.X., Schueller C., Wambutt R., Murphy G., Volckaert G., Pohl T., Duesterhoeft A., Stiekema W., Entian K.-D., Terryn N., Harris B., Ansorge W., Brandt P., Grivell L.A., Rieger M., Weichselgartner M., de Simone V., Obermaier B. McCombie W.R.Nature 402:769-777(1999) [PubMed: 10617198] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. Strain: cv. Columbia. |
| [3] | "Full-length cDNA from Arabidopsis thaliana." Brover V.V., Troukhan M.E., Alexandrov N.A., Lu Y.-P., Flavell R.B., Feldmann K.A. Submitted (MAR-2002) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. |
| [4] | "Structure and mechanism of anthocyanidin synthase from Arabidopsis thaliana." Wilmouth R.C., Turnbull J.J., Welford R.W., Clifton I.J., Prescott A.G., Schofield C.J. Structure 10:93-103(2002) [PubMed: 11796114] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.1 ANGSTROMS). |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | U70478 mRNA. Translation: AAB09572.1. AL031018 Genomic DNA. Translation: CAA19803.1. AL161558 Genomic DNA. Translation: CAB79243.1. AY088203 mRNA. Translation: AAM65745.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00525167. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | T05119. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_001031700.1. NP_194019.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | At.2369 Rra.2938 Rsa.1075 | ||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | Q96323. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | Q96323. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 828387. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeReviews | Gene locus AT4G22880 in contig CT486007_GR. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | ath:AT4G22880. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| NMPDR | fig|3702.1.peg.20150. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| TAIR | At4g22880. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG749762. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | Q96323. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | VPTIDLK. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| BRENDA | 1.14.11.19. 302. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q96323. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | AT4G22880. Arabidopsis thaliana. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR005123. Oxoglutarate/Fe-dep_oxygenase. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF03171. 2OG-FeII_Oxy. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS51471. FE2OG_OXY. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | LDOX_ARATH | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q96323 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | PPAP (Plant Proteome Annotation Project) | ||||||||
Relevant documents
| Arabidopsis thaliana Arabidopsis thaliana: entries and gene names |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


