Q8WYN0 (ATG4A_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Cysteine protease ATG4A EC=3.4.22.- Alternative name(s): AUT-like 2 cysteine endopeptidase Autophagin-2 Autophagy-related cysteine endopeptidase 2 Autophagy-related protein 4 homolog A Short name=hAPG4A | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 398 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Cysteine protease required for autophagy, which cleaves the C-terminal part of either MAP1LC3, GABARAPL2 or GABARAP, allowing the liberation of form I. A subpopulation of form I is subsequently converted to a smaller form (form II). Form II, with a revealed C-terminal glycine, is considered to be the phosphatidylethanolamine (PE)-conjugated form, and has the capacity for the binding to autophagosomes. Preferred substrate is GABARAPL2 followed by MAP1LC3A and GABARAP. Ref.2 Ref.8 |
| Enzyme regulation | Inhibited by N-ethylmaleimide. Ref.8 |
| Subcellular location | Cytoplasm Probable. |
| Tissue specificity | Widely expressed, at a low level, and the highest expression is observed in skeletal muscle and brain. Also detected in fetal liver. Ref.1 Ref.2 |
| Sequence similarities | Belongs to the peptidase C54 family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Autophagy Protein transport Transport Ubl conjugation pathway |
| Cellular component | Cytoplasm |
| Coding sequence diversity | Alternative splicing |
| Molecular function | Hydrolase Protease Thiol protease |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological_process | autophagy Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW protein transportInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW proteolysisInferred from direct assay Ref.8Ref.2. Source: UniProtKB |
| Cellular_component | cytoplasm Inferred from sequence or structural similarity Ref.1. Source: UniProtKB |
| Molecular_function | cysteine-type peptidase activity Inferred from direct assay Ref.8Ref.2. Source: UniProtKB |
| Complete GO annotation... | |
Alternative products
| This entry describes 4 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: Q8WYN0-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: Q8WYN0-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 211-272: Missing. | ||||||
| Isoform 3 (identifier: Q8WYN0-3) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-77: Missing. | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. | ||||||
| Isoform 4 (identifier: Q8WYN0-5) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 41-64: Missing. | ||||||
| Note: Gene prediction based on EST data. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 398 | 398 | Cysteine protease ATG4A | PRO_0000215838 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 77 | 1 | Nucleophile By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 279 | 1 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 281 | 1 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 77 | 77 | Missing in isoform 3. | VSP_025902 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 41 – 64 | 24 | Missing in isoform 4. | VSP_030499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 211 – 272 | 62 | Missing in isoform 2. | VSP_013025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 49 | 1 | I → Y in AAH41862. Ref.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 218 | 1 | S → T in CAC69076. Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 218 | 1 | S → T in CAC69077. Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 28 – 31 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 34 – 37 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 38 – 41 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 42 – 50 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 57 – 61 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 64 – 67 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 73 – 75 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 77 – 94 | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 110 – 116 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 119 – 121 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 128 – 136 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 137 – 139 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 148 – 159 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 163 – 165 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 168 – 171 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 176 – 178 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 179 – 186 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 223 – 230 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 233 – 235 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 238 – 240 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 241 – 249 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 253 – 260 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 263 – 271 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 274 – 278 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 282 – 285 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 298 – 300 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 307 – 310 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 311 – 313 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 316 – 326 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 327 – 340 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 341 – 343 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 344 – 346 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 348 – 354 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AJ504651 mRNA. Translation: CAD43218.1. AB066214 mRNA. Translation: BAB83889.1. AJ320508 mRNA. Translation: CAC69076.1. AJ320509 mRNA. Translation: CAC69077.1. AK314429 mRNA. Translation: BAG37044.1. AL031177 Genomic DNA. Translation: CAI43137.1. AL031177 Genomic DNA. Translation: CAI43138.1. AL031177 Genomic DNA. Translation: CAI43141.1. AL031177 Genomic DNA. Translation: CAI43142.1. CH471120 Genomic DNA. Translation: EAX02689.1. CH471120 Genomic DNA. Translation: EAX02691.1. CH471120 Genomic DNA. Translation: EAX02693.1. BC041862 mRNA. Translation: AAH41862.1. BC061696 mRNA. Translation: AAH61696.1. | ||||||||||||||||||
| IPI | IPI00064708. IPI00292327. IPI00328880. IPI00640839. | ||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_443168.2. NM_052936.3. NP_840054.1. NM_178270.2. | ||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.8763. | ||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q8WYN0. | ||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||
| IntAct | Q8WYN0. 1 interaction. | ||||||||||||||||||
Protein family/group databases | |||||||||||||||||||
| MEROPS | C54.002. | ||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||
| DMDM | 61211859. | ||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||
| PaxDb | Q8WYN0. | ||||||||||||||||||
| PRIDE | Q8WYN0. | ||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||
| DNASU | 115201. | ||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000345734; ENSP00000298131; ENSG00000101844. ENST00000372232; ENSP00000361306; ENSG00000101844. ENST00000372254; ENSP00000361328; ENSG00000101844. ENST00000457035; ENSP00000416218; ENSG00000101844. | ||||||||||||||||||
| GeneID | 115201. | ||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:115201. | ||||||||||||||||||
| UCSC | uc004enr.3. human. uc004ent.3. human. | ||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||
| CTD | 115201. | ||||||||||||||||||
| GeneCards | GC0XP107334. | ||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:16489. ATG4A. | ||||||||||||||||||
| HPA | HPA036374. | ||||||||||||||||||
| MIM | 300663. gene. | ||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_Q8WYN0. | ||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA25184. | ||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||
| eggNOG | NOG239662. | ||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG050536. | ||||||||||||||||||
| InParanoid | Q8WYN0. | ||||||||||||||||||
| KO | K08342. | ||||||||||||||||||
| OMA | DIKKMCC. | ||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4M91RH. | ||||||||||||||||||
| PhylomeDB | Q8WYN0. | ||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q8WYN0. | ||||||||||||||||||
| Bgee | Q8WYN0. | ||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q8WYN0. | ||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000101844. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||
| InterPro | IPR005078. Peptidase_C54. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR22624. PTHR22624. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| Pfam | PF03416. Peptidase_C54. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | Q8WYN0. | ||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 115201. | ||||||||||||||||||
| NextBio | 79530. | ||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | ATG4A_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q8WYN0 Secondary accession number(s): A6NCH2 Q96KQ1 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
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