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UniProtKB/Swiss-Prot Q8UIS9 (PNCB_AGRT5)
Last modified
February 9, 2010.
Version 56.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (3) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Nicotinate phosphoribosyltransferase Short name=NAPRTase EC=2.4.2.11 | ||||||
| Gene names |
| ||||||
| Organism | Agrobacterium tumefaciens (strain C58 / ATCC 33970) [Complete proteome] [HAMAP] | ||||||
| Taxonomic identifier | 176299 [NCBI] | ||||||
| Taxonomic lineage | Bacteria › Proteobacteria › Alphaproteobacteria › Rhizobiales › Rhizobiaceae › Rhizobium/Agrobacterium group › Agrobacterium |
Protein attributes
| Sequence length | 434 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Catalytic activity | Nicotinate D-ribonucleotide + diphosphate = nicotinate + 5-phospho-alpha-D-ribose 1-diphosphate. HAMAP MF_00570 |
| Pathway | Cofactor biosynthesis; NAD(+) biosynthesis; nicotinate D-ribonucleotide from nicotinate: step 1/1. HAMAP MF_00570 |
| Subcellular location | Cytoplasm By similarity HAMAP MF_00570. |
| Sequence similarities | Belongs to the NAPRTase family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Pyridine nucleotide biosynthesis |
| Cellular component | Cytoplasm |
| Molecular function | Glycosyltransferase Transferase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | NAD biosynthetic process Inferred from electronic annotation. Source: HAMAP nicotinate nucleotide biosynthetic processInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Cellular component | cytoplasm Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell |
| Molecular function | nicotinate phosphoribosyltransferase activity Inferred from electronic annotation. Source: HAMAP |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 434 | 434 | Nicotinate phosphoribosyltransferase HAMAP MF_00570 | PRO_0000205817 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 2 – 7 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 29 – 41 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 46 – 54 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 61 – 63 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 66 – 76 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 83 – 91 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 94 – 96 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 103 – 110 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 118 – 121 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 126 – 130 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 134 – 137 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 138 – 140 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 141 – 157 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 162 – 183 | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 191 – 193 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 196 – 198 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 202 – 216 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 217 – 219 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 220 – 225 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 226 – 232 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 243 – 251 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 255 – 272 | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 275 – 277 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 287 – 292 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 296 – 300 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 301 – 304 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 311 – 324 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 329 – 331 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 332 – 336 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 342 – 352 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 353 – 355 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 356 – 362 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 364 – 367 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 386 – 393 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 405 – 407 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 412 – 422 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| [1] | "The genome of the natural genetic engineer Agrobacterium tumefaciens C58." Wood D.W., Setubal J.C., Kaul R., Monks D.E., Kitajima J.P., Okura V.K., Zhou Y., Chen L., Wood G.E., Almeida N.F. Jr., Woo L., Chen Y., Paulsen I.T., Eisen J.A., Karp P.D., Bovee D. Sr., Chapman P., Clendenning J. Nester E.W.Science 294:2317-2323(2001) [PubMed: 11743193] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [2] | "Genome sequence of the plant pathogen and biotechnology agent Agrobacterium tumefaciens C58." Goodner B., Hinkle G., Gattung S., Miller N., Blanchard M., Qurollo B., Goldman B.S., Cao Y., Askenazi M., Halling C., Mullin L., Houmiel K., Gordon J., Vaudin M., Iartchouk O., Epp A., Liu F., Wollam C. Slater S.Science 294:2323-2328(2001) [PubMed: 11743194] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AE007869 Genomic DNA. Translation: AAK86031.2. | ||||||||||||
| PIR | AF2602. F97384. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_353246.2. | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||
| STRING | Q8UIS9. | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| GeneID | 1132251. | ||||||||||||
| GenomeReviews | Gene locus Atu0213 in contig AE007869_GR. | ||||||||||||
| KEGG | atc:AGR_C_367. atu:Atu0213. | ||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||
| CMR | Search... | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| eggNOG | COG1488. | ||||||||||||
| HOGENOM | HBG325503. | ||||||||||||
| OMA | GNTFYGK. | ||||||||||||
| PhylomeDB | Q8UIS9. | ||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||
| BioCyc | ATUM176299-1:ATU0213-MONOMER. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| HAMAP | MF_00570. NAPRTase. [Tree] | ||||||||||||
| InterPro | IPR006406. Nic_PRibTrfase. IPR015977. Nic_PRibTrfase-like. IPR007229. Nic_PRibTrfase-rel. [Graphical view] | ||||||||||||
| PANTHER | PTHR11098:SF1. NAPRTase. 1 hit. | ||||||||||||
| Pfam | PF04095. NAPRTase. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| PIRSF | PIRSF000484. NAPRT. 1 hit. | ||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR01514. NAPRTase. 1 hit. | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | PNCB_AGRT5 | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q8UIS9 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HAMAP (High-quality Automated and Manual Annotation of microbial Proteomes) | ||||||||
Relevant documents
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


