Q8TB72 (PUM2_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Pumilio homolog 2 Short name=Pumilio-2 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 1066 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Sequence-specific RNA-binding protein that regulates translation and mRNA stability by binding the 3'-UTR of mRNA targets. Its interactions and tissue specificity suggest that it may be required to support proliferation and self-renewal of stem cells by regulating the translation of key transcripts. |
| Subunit structure | Homodimer; homodimerizes in vitro. Interacts with DAZ, DAZL and NANOS1 via its pumilio repeats. Binds to a RNA consensus sequence, that is related to the Nanos Response Element (NRE), a 16 bp sequence found in the 3'-UTR of the Drosophila hb mRNA. Also binds to the NRE. Interacts with NANOS3 By similarity. Interacts with SNAPIN. Ref.8 Ref.10 Ref.14 |
| Subcellular location | Cytoplasm Probable. Cytoplasmic granule By similarity. Cytoplasm › perinuclear region. Note: The cytoplasmic granules are stress granules which are a dense aggregation in the cytosol composed of proteins and RNAs that appear when the cell is under stress. Co-localizes with NANOS3 in the stress granules By similarity. Co-localizes with NANOS1 and SNAPIN in the perinuclear region of germ cells. Ref.14 |
| Tissue specificity | Expressed in male germ cells of adult testis (at protein level). Highly expressed in testis and ovary. Predominantly expressed in stem cells and germ cells. Expressed at lower level in brain, heart, kidney, liver, muscle, placenta, intestine and stomach Expressed in cerebellum, corpus callosum, caudate nucleus, hippocampus, medulla oblongata and putamen. Expressed in all fetal tissues tested. Ref.1 Ref.8 Ref.14 |
| Induction | Down-regulated in keratinocytes upon UVB irradiation. Ref.9 |
| Domain | The pumilio repeats mediate the association with RNA by packing together to form a right-handed superhelix that approximates a half doughnut. The number as well as the specific sequence of the repeats determine the specificity for target mRNAs By similarity. |
| Sequence similarities | Contains 1 PUM-HD domain. Contains 8 pumilio repeats. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Translation regulation |
| Cellular component | Cytoplasm |
| Coding sequence diversity | Alternative splicing Polymorphism |
| Domain | Repeat |
| Ligand | RNA-binding |
| PTM | Phosphoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological_process | regulation of translation Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW stress granule assemblyInferred from electronic annotation. Source: Compara |
| Cellular_component | cytoplasmic stress granule Inferred from sequence or structural similarity. Source: UniProtKB perinuclear region of cytoplasmInferred from direct assay Ref.14. Source: UniProtKB |
| Molecular_function | RNA binding Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| DAZ1 | Q9NQZ3 | 5 | EBI-311190,EBI-997955 | |
| ORF | Q9Q2G4 | 3 | EBI-311190,EBI-6248094 | From a different organism. |
Alternative products
| This entry describes 3 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: Q8TB72-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: Q8TB72-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 574-652: Missing. | ||||||
| Isoform 3 (identifier: Q8TB72-3) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 829-830: Missing. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 1066 | 1066 | Pumilio homolog 2 | PRO_0000075919 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 706 – 1048 | 343 | PUM-HD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 726 – 761 | 36 | Pumilio 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 762 – 797 | 36 | Pumilio 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 798 – 835 | 38 | Pumilio 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 836 – 871 | 36 | Pumilio 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 872 – 907 | 36 | Pumilio 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 908 – 943 | 36 | Pumilio 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 944 – 979 | 36 | Pumilio 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 983 – 1022 | 40 | Pumilio 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 1 – 260 | 260 | Interaction with SNAPIN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 278 – 488 | 211 | Ala-rich | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 359 – 405 | 47 | Gln-rich | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 520 – 687 | 168 | Ser-rich | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 82 | 1 | Phosphoserine Ref.11 Ref.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 136 | 1 | Phosphoserine Ref.13 Ref.16 Ref.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 178 | 1 | Phosphoserine Ref.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 182 | 1 | Phosphoserine Ref.12 Ref.16 Ref.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 184 | 1 | Phosphothreonine Ref.12 Ref.15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 587 | 1 | Phosphoserine Ref.12 Ref.16 Ref.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 574 – 652 | 79 | Missing in isoform 2. | VSP_009319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 829 – 830 | 2 | Missing in isoform 3. | VSP_009320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 367 | 1 | N → S. Corresponds to variant rs34032508 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_057100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 709 – 715 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 724 – 727 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 728 – 730 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 731 – 735 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 738 – 748 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 753 – 765 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 767 – 771 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 774 – 776 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 777 – 786 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 789 – 799 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 803 – 808 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 812 – 822 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 828 – 835 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 836 – 839 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 841 – 846 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 850 – 860 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 863 – 866 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 867 – 872 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 873 – 876 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 877 – 881 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 886 – 896 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 899 – 911 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 913 – 916 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 922 – 932 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 935 – 945 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 949 – 953 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 958 – 968 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 971 – 982 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 987 – 989 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 991 – 996 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1001 – 1011 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1014 – 1024 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1025 – 1027 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1028 – 1033 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1035 – 1037 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1040 – 1045 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||
References
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Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AF315591 mRNA. Translation: AAG31806.1. D87078 mRNA. Translation: BAA19665.3. AC007041 Genomic DNA. Translation: AAY15026.1. AK093847 mRNA. Translation: BAG52772.1. CH471053 Genomic DNA. Translation: EAX00821.1. CH471053 Genomic DNA. Translation: EAX00823.1. BC024218 mRNA. Translation: AAH24218.2. BC112046 mRNA. Translation: AAI12047.1. BC112048 mRNA. Translation: AAI12049.1. AF272350 mRNA. Translation: AAL36981.1. | ||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00022184. IPI00398749. IPI00398750. | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_056132.1. NM_015317.1. | ||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.467824. | ||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q8TB72. | ||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||
| IntAct | Q8TB72. 5 interactions. | ||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-254513. | ||||||||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000338173. | ||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | Q8TB72. | ||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 41688714. | ||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | Q8TB72. | ||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | Q8TB72. | ||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000319801; ENSP00000326746; ENSG00000055917. ENST00000338086; ENSP00000338173; ENSG00000055917. ENST00000361078; ENSP00000354370; ENSG00000055917. ENST00000403432; ENSP00000385992; ENSG00000055917. ENST00000440577; ENSP00000409905; ENSG00000055917. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 23369. | ||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:23369. | ||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc002rds.1. human. | ||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||
| CTD | 23369. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC02M020448. | ||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:14958. PUM2. | ||||||||||||||||||||||||
| HPA | HPA030316. | ||||||||||||||||||||||||
| MIM | 607205. gene. | ||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_Q8TB72. | ||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA34043. | ||||||||||||||||||||||||
| HUGE | Search... | ||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | COG5099. | ||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000238461. | ||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG049462. | ||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | Q8TB72. | ||||||||||||||||||||||||
| OMA | HITSIPR. | ||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | Q8TB72. | ||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q8TB72. | ||||||||||||||||||||||||
| Bgee | Q8TB72. | ||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_PUM2. | ||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q8TB72. | ||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000055917. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | 1.25.10.10. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR011989. ARM-like. IPR016024. ARM-type_fold. IPR001313. Pumilio_RNA-bd_rpt. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00806. PUF. 8 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00025. Pumilio. 8 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| SUPFAM | SSF48371. ARM-type_fold. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50302. PUM. 8 hits. PS50303. PUM_HD. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||
| ChiTaRS | PUM2. human. | ||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | Q8TB72. | ||||||||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 23369. | ||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 45440. | ||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | PUM2_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q8TB72 Secondary accession number(s): B3KSL0 Q9HAN2 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
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