Skip Header

You are using a version of browser that may not display all the features of this website. Please consider upgrading your browser.
Basket 0
(max 400 entries)x

Your basket is currently empty.

Select item(s) and click on "Add to basket" to create your own collection here
(400 entries max)

Q8RQE9

- RPOB_THET8

UniProt

Q8RQE9 - RPOB_THET8

Protein

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Gene

rpoB

Organism
Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)
Status
Reviewed - Annotation score: 3 out of 5- Experimental evidence at protein leveli
    • BLAST
    • Align
    • Format
    • Add to basket
    • History
      Entry version 92 (01 Oct 2014)
      Sequence version 1 (01 Jun 2002)
      Previous versions | rss
    • Help video
    • Feedback
    • Comment

    Functioni

    DNA-dependent RNA polymerase catalyzes the transcription of DNA into RNA using the four ribonucleoside triphosphates as substrates.

    Catalytic activityi

    Nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1).UniRule annotation

    GO - Molecular functioni

    1. DNA binding Source: UniProtKB-HAMAP
    2. DNA-directed RNA polymerase activity Source: UniProtKB-HAMAP
    3. ribonucleoside binding Source: InterPro

    GO - Biological processi

    1. transcription, DNA-templated Source: UniProtKB-HAMAP

    Keywords - Molecular functioni

    Nucleotidyltransferase, Transferase

    Keywords - Biological processi

    Transcription

    Enzyme and pathway databases

    BioCyciTTHE300852:GH8R-1858-MONOMER.

    Names & Taxonomyi

    Protein namesi
    Recommended name:
    DNA-directed RNA polymerase subunit betaUniRule annotation (EC:2.7.7.6UniRule annotation)
    Short name:
    RNAP subunit betaUniRule annotation
    Alternative name(s):
    RNA polymerase subunit betaUniRule annotation
    Transcriptase subunit betaUniRule annotation
    Gene namesi
    Name:rpoBUniRule annotation
    Ordered Locus Names:TTHA1813
    OrganismiThermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)
    Taxonomic identifieri300852 [NCBI]
    Taxonomic lineageiBacteriaDeinococcus-ThermusDeinococciThermalesThermaceaeThermus
    ProteomesiUP000000532: Chromosome

    Subcellular locationi

    Keywords - Cellular componenti

    DNA-directed RNA polymerase

    PTM / Processingi

    Molecule processing

    Feature keyPosition(s)LengthDescriptionGraphical viewFeature identifierActions
    Chaini1 – 11191119DNA-directed RNA polymerase subunit betaPRO_0000047985Add
    BLAST

    Interactioni

    Subunit structurei

    The RNAP catalytic core consists of 2 alpha, 1 beta, 1 beta' and 1 omega subunit. When a sigma factor is associated with the core the holoenzyme is formed, which can initiate transcription.

    Protein-protein interaction databases

    DIPiDIP-47011N.
    IntActiQ8RQE9. 3 interactions.
    STRINGi300852.TTHA1813.

    Structurei

    Secondary structure

    1
    1119
    Legend: HelixTurnBeta strand
    Show more details
    Feature keyPosition(s)LengthDescriptionGraphical viewFeature identifierActions
    Beta strandi2 – 54
    Helixi20 – 2910
    Helixi31 – 333
    Helixi36 – 383
    Helixi43 – 519
    Beta strandi53 – 564
    Beta strandi59 – 613
    Beta strandi64 – 685
    Helixi80 – 856
    Beta strandi91 – 944
    Beta strandi98 – 1003
    Beta strandi103 – 1053
    Beta strandi107 – 1093
    Beta strandi117 – 1193
    Beta strandi123 – 1253
    Beta strandi129 – 1324
    Beta strandi134 – 1363
    Beta strandi138 – 1425
    Beta strandi146 – 1494
    Beta strandi152 – 1565
    Beta strandi159 – 1624
    Beta strandi166 – 1694
    Beta strandi172 – 1776
    Turni178 – 1803
    Beta strandi181 – 19111
    Helixi193 – 2008
    Helixi204 – 2129
    Beta strandi214 – 2163
    Helixi218 – 2214
    Helixi225 – 2284
    Helixi231 – 24111
    Beta strandi242 – 2443
    Turni250 – 2523
    Helixi253 – 2575
    Beta strandi259 – 2646
    Turni269 – 2713
    Helixi274 – 2785
    Beta strandi281 – 2833
    Turni287 – 2904
    Beta strandi294 – 2963
    Beta strandi297 – 3026
    Helixi303 – 31412
    Beta strandi325 – 3273
    Turni328 – 3303
    Beta strandi331 – 3344
    Helixi336 – 36126
    Beta strandi364 – 3663
    Turni370 – 3723
    Helixi376 – 38712
    Beta strandi390 – 3945
    Helixi401 – 4088
    Beta strandi409 – 41810
    Turni420 – 4223
    Helixi425 – 4284
    Helixi432 – 4343
    Turni435 – 4373
    Beta strandi440 – 4434
    Beta strandi445 – 4484
    Beta strandi450 – 4556
    Beta strandi456 – 4583
    Beta strandi460 – 4623
    Beta strandi463 – 4653
    Beta strandi467 – 4759
    Beta strandi478 – 4869
    Helixi488 – 4936
    Beta strandi494 – 4974
    Beta strandi499 – 5013
    Beta strandi503 – 5086
    Beta strandi511 – 52414
    Turni526 – 5283
    Beta strandi531 – 5333
    Turni536 – 5394
    Helixi542 – 5454
    Helixi550 – 5523
    Helixi555 – 56511
    Beta strandi571 – 5733
    Beta strandi578 – 5803
    Helixi584 – 5907
    Beta strandi594 – 5963
    Beta strandi598 – 6069
    Beta strandi608 – 6158
    Turni616 – 6183
    Beta strandi619 – 6213
    Beta strandi628 – 6303
    Beta strandi634 – 6374
    Beta strandi654 – 6574
    Beta strandi661 – 6666
    Beta strandi669 – 6757
    Turni680 – 6834
    Beta strandi684 – 6918
    Helixi693 – 6964
    Turni697 – 7004
    Beta strandi703 – 71311
    Beta strandi727 – 7293
    Helixi731 – 7344
    Helixi735 – 7373
    Turni738 – 7403
    Beta strandi741 – 7433
    Beta strandi754 – 7563
    Beta strandi758 – 7614
    Beta strandi762 – 7665
    Helixi769 – 77810
    Beta strandi785 – 7873
    Beta strandi798 – 80710
    Beta strandi808 – 8103
    Beta strandi819 – 82911
    Beta strandi838 – 8403
    Beta strandi842 – 8443
    Beta strandi846 – 8538
    Turni855 – 8573
    Beta strandi862 – 8643
    Beta strandi868 – 8703
    Turni874 – 8807
    Helixi883 – 89614
    Beta strandi899 – 9024
    Turni905 – 9073
    Helixi911 – 93222
    Helixi938 – 94811
    Turni949 – 9513
    Beta strandi955 – 9573
    Helixi959 – 96810
    Beta strandi977 – 9793
    Beta strandi980 – 9823
    Beta strandi987 – 99711
    Turni1001 – 10033
    Beta strandi1006 – 10105
    Beta strandi1015 – 10173
    Beta strandi1024 – 10263
    Beta strandi1030 – 10323
    Helixi1034 – 10429
    Helixi1047 – 10537
    Turni1054 – 10585
    Helixi1060 – 107112
    Helixi1083 – 109412
    Beta strandi1098 – 11025
    Beta strandi1104 – 11063
    Beta strandi1114 – 11174

    3D structure databases

    Select the link destinations:
    PDBe
    RCSB PDB
    PDBj
    Links Updated
    EntryMethodResolution (Å)ChainPositionsPDBsum
    1IW7X-ray2.60C/M1-1119[»]
    1SMYX-ray2.70C/M1-1119[»]
    1ZYRX-ray3.00C/M1-1119[»]
    2A68X-ray2.50C/M1-1119[»]
    2A69X-ray2.50C/M1-1119[»]
    2A6EX-ray2.80C/M1-1119[»]
    2A6HX-ray2.40C/M1-1119[»]
    2BE5X-ray2.40C/M1-1119[»]
    2CW0X-ray3.30C/M1-1119[»]
    2O5IX-ray2.50C/M1-1119[»]
    2O5JX-ray3.00C/M1-1119[»]
    2PPBX-ray3.00C/M1-1119[»]
    3AOHX-ray4.10C/H/M1-1119[»]
    3AOIX-ray4.30C/H/M1-1119[»]
    3DXJX-ray3.00C/M1-1119[»]
    3EQLX-ray2.70C/M1-1119[»]
    3WODX-ray3.60C1-1119[»]
    3WOEX-ray2.35A/C703-830[»]
    3WOFX-ray3.30A/C/E/G/I/K/M/O/Q/S/U/W703-830[»]
    4G7HX-ray2.90C/M1-1119[»]
    4G7OX-ray2.99C/M1-1119[»]
    4G7ZX-ray3.82C/M1-1119[»]
    4GZYX-ray3.51C1-1119[»]
    4GZZX-ray4.29C1-1119[»]
    4MQ9X-ray3.35C1-1119[»]
    4OINX-ray2.80C1-1119[»]
    4OIOX-ray3.10C1-1119[»]
    4OIPX-ray3.40C1-1119[»]
    4OIQX-ray3.62C1-1119[»]
    4OIRX-ray3.10C1-1119[»]
    ProteinModelPortaliQ8RQE9.
    SMRiQ8RQE9. Positions 1-1119.
    ModBaseiSearch...
    MobiDBiSearch...

    Miscellaneous databases

    EvolutionaryTraceiQ8RQE9.

    Family & Domainsi

    Sequence similaritiesi

    Belongs to the RNA polymerase beta chain family.UniRule annotation

    Phylogenomic databases

    eggNOGiCOG0085.
    HOGENOMiHOG000218611.
    KOiK03043.
    OMAiFPITDFS.
    OrthoDBiEOG6M9DS6.
    PhylomeDBiQ8RQE9.

    Family and domain databases

    Gene3Di2.30.150.10. 1 hit.
    2.40.270.10. 2 hits.
    2.40.50.150. 1 hit.
    3.90.1110.10. 1 hit.
    HAMAPiMF_01321. RNApol_bact_RpoB.
    InterProiIPR010243. DNA-dir_RNA_pol_bsu.
    IPR019462. DNA-dir_RNA_pol_bsu_external_1.
    IPR015712. DNA-dir_RNA_pol_su2.
    IPR007120. DNA-dir_RNA_pol_su2_6.
    IPR007121. RNA_pol_bsu_CS.
    IPR007644. RNA_pol_bsu_protrusion.
    IPR007642. RNA_pol_Rpb2_2.
    IPR007645. RNA_pol_Rpb2_3.
    IPR007641. RNA_pol_Rpb2_7.
    IPR014724. RNA_pol_RPB2_OB-fold.
    [Graphical view]
    PANTHERiPTHR20856. PTHR20856. 1 hit.
    PfamiPF04563. RNA_pol_Rpb2_1. 1 hit.
    PF04561. RNA_pol_Rpb2_2. 1 hit.
    PF04565. RNA_pol_Rpb2_3. 1 hit.
    PF10385. RNA_pol_Rpb2_45. 1 hit.
    PF00562. RNA_pol_Rpb2_6. 1 hit.
    PF04560. RNA_pol_Rpb2_7. 1 hit.
    [Graphical view]
    TIGRFAMsiTIGR02013. rpoB. 1 hit.
    PROSITEiPS01166. RNA_POL_BETA. 1 hit.
    [Graphical view]

    Sequencei

    Sequence statusi: Complete.

    Q8RQE9-1 [UniParc]FASTAAdd to Basket

    « Hide

    MEIKRFGRIR EVIPLPPLTE IQVESYRRAL QADVPPEKRE NVGIQAAFRE     50
    TFPIEEEDKG KGGLVLDFLE YRLGEPPFPQ DECREKDLTY QAPLYARLQL 100
    IHKDTGLIKE DEVFLGHIPL MTEDGSFIIN GADRVIVSQI HRSPGVYFTP 150
    DPARPGRYIA SIIPLPKRGP WIDLEVEPNG VVSMKVNKRK FPLVLLLRVL 200
    GYDQETLARE LGAYGELVQG LMDESVFAMR PEEALIRLFT LLRPGDPPKR 250
    DKAVAYVYGL IADPRRYDLG EAGRYKAEEK LGIRLSGRTL ARFEDGEFKD 300
    EVFLPTLRYL FALTAGVPGH EVDDIDHLGN RRIRTVGELM TDQFRVGLAR 350
    LARGVRERML MGSEDSLTPA KLVNSRPLEA AIREFFSRSQ LSQFKDETNP 400
    LSSLRHKRRI SALGPGGLTR ERAGFDVRDV HRTHYGRICP VETPEGANIG 450
    LITSLAAYAR VDELGFIRTP YRRVVGGVVT DEVVYMTATE EDRYTIAQAN 500
    TPLEGNRIAA ERVVARRKGE PVIVSPEEVE FMDVSPKQVF SVNTNLIPFL 550
    EHDDANRALM GSNMQTQAVP LIRAQAPVVM TGLEERVVRD SLAALYAEED 600
    GEVAKVDGNR IVVRYEDGRL VEYPLRRFYR SNQGTALDQR PRVVVGQRVR 650
    KGDLLADGPA SENGFLALGQ NVLVAIMPFD GYNFEDAIVI SEELLKRDFY 700
    TSIHIERYEI EARDTKLGPE RITRDIPHLS EAALRDLDEE GVVRIGAEVK 750
    PGDILVGRTS FKGESEPTPE ERLLRSIFGE KARDVKDTSL RVPPGEGGIV 800
    VRTVRLRRGD PGVELKPGVR EVVRVYVAQK RKLQVGDKLA NRHGNKGVVA 850
    KILPVEDMPH LPDGTPVDVI LNPLGVPSRM NLGQILETHL GLAGYFLGQR 900
    YISPIFDGAK EPEIKELLAQ AFEVYFGKRK GEGFGVDKRE VEVLRRAEKL 950
    GLVTPGKTPE EQLKELFLQG KVVLYDGRTG EPIEGPIVVG QMFIMKLYHM 1000
    VEDKMHARST GPYSLITQQP LGGKAQFGGQ RFGEMEVWAL EAYGAAHTLQ 1050
    EMLTLKSDDI EGRNAAYEAI IKGEDVPEPS VPESFRVLVK ELQALALDVQ 1100
    TLDEKDNPVD IFEGLASKR 1119
    Length:1,119
    Mass (Da):125,264
    Last modified:June 1, 2002 - v1
    Checksum:iC1260F31CEC6B40D
    GO

    Sequence databases

    Select the link destinations:
    EMBL
    GenBank
    DDBJ
    Links Updated
    AB083789 Genomic DNA. Translation: BAB89400.1.
    AP008226 Genomic DNA. Translation: BAD71636.1.
    RefSeqiWP_011228935.1. NC_006461.1.
    YP_145079.1. NC_006461.1.

    Genome annotation databases

    EnsemblBacteriaiBAD71636; BAD71636; BAD71636.
    GeneIDi3169736.
    KEGGittj:TTHA1813.
    PATRICi23958595. VBITheThe93045_1784.

    Cross-referencesi

    Sequence databases

    Select the link destinations:
    EMBL
    GenBank
    DDBJ
    Links Updated
    AB083789 Genomic DNA. Translation: BAB89400.1 .
    AP008226 Genomic DNA. Translation: BAD71636.1 .
    RefSeqi WP_011228935.1. NC_006461.1.
    YP_145079.1. NC_006461.1.

    3D structure databases

    Select the link destinations:
    PDBe
    RCSB PDB
    PDBj
    Links Updated
    Entry Method Resolution (Å) Chain Positions PDBsum
    1IW7 X-ray 2.60 C/M 1-1119 [» ]
    1SMY X-ray 2.70 C/M 1-1119 [» ]
    1ZYR X-ray 3.00 C/M 1-1119 [» ]
    2A68 X-ray 2.50 C/M 1-1119 [» ]
    2A69 X-ray 2.50 C/M 1-1119 [» ]
    2A6E X-ray 2.80 C/M 1-1119 [» ]
    2A6H X-ray 2.40 C/M 1-1119 [» ]
    2BE5 X-ray 2.40 C/M 1-1119 [» ]
    2CW0 X-ray 3.30 C/M 1-1119 [» ]
    2O5I X-ray 2.50 C/M 1-1119 [» ]
    2O5J X-ray 3.00 C/M 1-1119 [» ]
    2PPB X-ray 3.00 C/M 1-1119 [» ]
    3AOH X-ray 4.10 C/H/M 1-1119 [» ]
    3AOI X-ray 4.30 C/H/M 1-1119 [» ]
    3DXJ X-ray 3.00 C/M 1-1119 [» ]
    3EQL X-ray 2.70 C/M 1-1119 [» ]
    3WOD X-ray 3.60 C 1-1119 [» ]
    3WOE X-ray 2.35 A/C 703-830 [» ]
    3WOF X-ray 3.30 A/C/E/G/I/K/M/O/Q/S/U/W 703-830 [» ]
    4G7H X-ray 2.90 C/M 1-1119 [» ]
    4G7O X-ray 2.99 C/M 1-1119 [» ]
    4G7Z X-ray 3.82 C/M 1-1119 [» ]
    4GZY X-ray 3.51 C 1-1119 [» ]
    4GZZ X-ray 4.29 C 1-1119 [» ]
    4MQ9 X-ray 3.35 C 1-1119 [» ]
    4OIN X-ray 2.80 C 1-1119 [» ]
    4OIO X-ray 3.10 C 1-1119 [» ]
    4OIP X-ray 3.40 C 1-1119 [» ]
    4OIQ X-ray 3.62 C 1-1119 [» ]
    4OIR X-ray 3.10 C 1-1119 [» ]
    ProteinModelPortali Q8RQE9.
    SMRi Q8RQE9. Positions 1-1119.
    ModBasei Search...
    MobiDBi Search...

    Protein-protein interaction databases

    DIPi DIP-47011N.
    IntActi Q8RQE9. 3 interactions.
    STRINGi 300852.TTHA1813.

    Protocols and materials databases

    Structural Biology Knowledgebase Search...

    Genome annotation databases

    EnsemblBacteriai BAD71636 ; BAD71636 ; BAD71636 .
    GeneIDi 3169736.
    KEGGi ttj:TTHA1813.
    PATRICi 23958595. VBITheThe93045_1784.

    Phylogenomic databases

    eggNOGi COG0085.
    HOGENOMi HOG000218611.
    KOi K03043.
    OMAi FPITDFS.
    OrthoDBi EOG6M9DS6.
    PhylomeDBi Q8RQE9.

    Enzyme and pathway databases

    BioCyci TTHE300852:GH8R-1858-MONOMER.

    Miscellaneous databases

    EvolutionaryTracei Q8RQE9.

    Family and domain databases

    Gene3Di 2.30.150.10. 1 hit.
    2.40.270.10. 2 hits.
    2.40.50.150. 1 hit.
    3.90.1110.10. 1 hit.
    HAMAPi MF_01321. RNApol_bact_RpoB.
    InterProi IPR010243. DNA-dir_RNA_pol_bsu.
    IPR019462. DNA-dir_RNA_pol_bsu_external_1.
    IPR015712. DNA-dir_RNA_pol_su2.
    IPR007120. DNA-dir_RNA_pol_su2_6.
    IPR007121. RNA_pol_bsu_CS.
    IPR007644. RNA_pol_bsu_protrusion.
    IPR007642. RNA_pol_Rpb2_2.
    IPR007645. RNA_pol_Rpb2_3.
    IPR007641. RNA_pol_Rpb2_7.
    IPR014724. RNA_pol_RPB2_OB-fold.
    [Graphical view ]
    PANTHERi PTHR20856. PTHR20856. 1 hit.
    Pfami PF04563. RNA_pol_Rpb2_1. 1 hit.
    PF04561. RNA_pol_Rpb2_2. 1 hit.
    PF04565. RNA_pol_Rpb2_3. 1 hit.
    PF10385. RNA_pol_Rpb2_45. 1 hit.
    PF00562. RNA_pol_Rpb2_6. 1 hit.
    PF04560. RNA_pol_Rpb2_7. 1 hit.
    [Graphical view ]
    TIGRFAMsi TIGR02013. rpoB. 1 hit.
    PROSITEi PS01166. RNA_POL_BETA. 1 hit.
    [Graphical view ]
    ProtoNeti Search...

    Publicationsi

    1. "Purification, crystallization and initial crystallographic analysis of RNA polymerase holoenzyme from Thermus thermophilus."
      Vassylyeva M.N., Lee J., Sekine S.I., Laptenko O., Kuramitsu S., Shibata T., Inoue Y., Borukhov S., Vassylyev D.G., Yokoyama S.
      Acta Crystallogr. D 58:1497-1500(2002) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]
      Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA].
    2. "Complete genome sequence of Thermus thermophilus HB8."
      Masui R., Kurokawa K., Nakagawa N., Tokunaga F., Koyama Y., Shibata T., Oshima T., Yokoyama S., Yasunaga T., Kuramitsu S.
      Submitted (NOV-2004) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases
      Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA].
      Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579.

    Entry informationi

    Entry nameiRPOB_THET8
    AccessioniPrimary (citable) accession number: Q8RQE9
    Secondary accession number(s): Q5SHB7
    Entry historyi
    Integrated into UniProtKB/Swiss-Prot: January 16, 2004
    Last sequence update: June 1, 2002
    Last modified: October 1, 2014
    This is version 92 of the entry and version 1 of the sequence. [Complete history]
    Entry statusiReviewed (UniProtKB/Swiss-Prot)
    Annotation programProkaryotic Protein Annotation Program

    Miscellaneousi

    Keywords - Technical termi

    3D-structure, Complete proteome, Reference proteome

    Documents

    1. PDB cross-references
      Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references
    2. SIMILARITY comments
      Index of protein domains and families

    External Data

    Dasty 3