Skip Header

You are using a version of browser that may not display all the features of this website. Please consider upgrading your browser.
Basket 0
(max 400 entries)x

Your basket is currently empty.

Select item(s) and click on "Add to basket" to create your own collection here
(400 entries max)

Q8RQE8

- RPOC_THET8

UniProt

Q8RQE8 - RPOC_THET8

Protein

DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

Gene

rpoC

Organism
Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)
Status
Reviewed - Annotation score: 3 out of 5- Experimental evidence at protein leveli
    • BLAST
    • Align
    • Format
    • Add to basket
    • History
      Entry version 94 (01 Oct 2014)
      Sequence version 1 (01 Jun 2002)
      Previous versions | rss
    • Help video
    • Feedback
    • Comment

    Functioni

    DNA-dependent RNA polymerase catalyzes the transcription of DNA into RNA using the four ribonucleoside triphosphates as substrates.

    Catalytic activityi

    Nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1).UniRule annotation

    GO - Molecular functioni

    1. DNA binding Source: UniProtKB-HAMAP
    2. DNA-directed RNA polymerase activity Source: UniProtKB-HAMAP

    GO - Biological processi

    1. transcription, DNA-templated Source: UniProtKB-HAMAP

    Keywords - Molecular functioni

    Nucleotidyltransferase, Transferase

    Keywords - Biological processi

    Transcription

    Enzyme and pathway databases

    BioCyciTTHE300852:GH8R-1857-MONOMER.

    Names & Taxonomyi

    Protein namesi
    Recommended name:
    DNA-directed RNA polymerase subunit beta'UniRule annotation (EC:2.7.7.6UniRule annotation)
    Short name:
    RNAP subunit beta'UniRule annotation
    Alternative name(s):
    RNA polymerase subunit beta'UniRule annotation
    Transcriptase subunit beta'UniRule annotation
    Gene namesi
    Name:rpoCUniRule annotation
    Ordered Locus Names:TTHA1812
    OrganismiThermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)
    Taxonomic identifieri300852 [NCBI]
    Taxonomic lineageiBacteriaDeinococcus-ThermusDeinococciThermalesThermaceaeThermus
    ProteomesiUP000000532: Chromosome

    Subcellular locationi

    Keywords - Cellular componenti

    DNA-directed RNA polymerase

    PTM / Processingi

    Molecule processing

    Feature keyPosition(s)LengthDescriptionGraphical viewFeature identifierActions
    Chaini1 – 15241524DNA-directed RNA polymerase subunit beta'PRO_0000067820Add
    BLAST

    Interactioni

    Subunit structurei

    The RNAP catalytic core consists of 2 alpha, 1 beta, 1 beta' and 1 omega subunit. When a sigma factor is associated with the core the holoenzyme is formed, which can initiate transcription.

    Protein-protein interaction databases

    DIPiDIP-47007N.
    IntActiQ8RQE8. 1 interaction.
    STRINGi300852.TTHA1812.

    Structurei

    Secondary structure

    1
    1524
    Legend: HelixTurnBeta strand
    Show more details
    Feature keyPosition(s)LengthDescriptionGraphical viewFeature identifierActions
    Beta strandi7 – 115
    Helixi15 – 217
    Beta strandi22 – 254
    Beta strandi36 – 394
    Beta strandi41 – 433
    Turni47 – 504
    Beta strandi53 – 564
    Beta strandi59 – 635
    Turni67 – 704
    Beta strandi74 – 763
    Beta strandi81 – 833
    Helixi84 – 885
    Beta strandi90 – 10011
    Helixi102 – 1054
    Beta strandi106 – 1094
    Helixi111 – 1155
    Helixi122 – 1298
    Beta strandi133 – 1353
    Beta strandi143 – 1464
    Helixi155 – 1628
    Beta strandi167 – 1704
    Beta strandi173 – 1764
    Helixi177 – 18610
    Beta strandi187 – 1893
    Beta strandi191 – 1944
    Beta strandi195 – 1973
    Beta strandi199 – 2013
    Beta strandi204 – 2063
    Beta strandi207 – 2093
    Beta strandi211 – 2133
    Beta strandi217 – 2226
    Turni226 – 2316
    Helixi233 – 2364
    Beta strandi237 – 2393
    Helixi241 – 2444
    Beta strandi245 – 2473
    Helixi248 – 2503
    Beta strandi257 – 2637
    Beta strandi268 – 28417
    Beta strandi286 – 2905
    Beta strandi297 – 3004
    Beta strandi303 – 31210
    Beta strandi315 – 32713
    Beta strandi330 – 34617
    Beta strandi359 – 3613
    Beta strandi366 – 3694
    Helixi373 – 3753
    Turni378 – 3814
    Beta strandi383 – 3875
    Beta strandi391 – 3944
    Beta strandi396 – 4016
    Beta strandi407 – 4093
    Beta strandi415 – 4173
    Beta strandi420 – 4223
    Beta strandi423 – 4253
    Beta strandi426 – 4283
    Beta strandi434 – 4385
    Turni439 – 4424
    Beta strandi443 – 4475
    Beta strandi452 – 4554
    Helixi458 – 46710
    Helixi470 – 48213
    Helixi486 – 50419
    Turni509 – 5124
    Beta strandi513 – 5197
    Turni522 – 5243
    Beta strandi527 – 5293
    Beta strandi531 – 5333
    Beta strandi535 – 5373
    Helixi540 – 56021
    Helixi564 – 58219
    Beta strandi584 – 5885
    Beta strandi593 – 5953
    Beta strandi596 – 5994
    Helixi603 – 6075
    Turni609 – 6113
    Helixi613 – 6197
    Beta strandi621 – 63313
    Beta strandi635 – 6373
    Beta strandi641 – 6455
    Helixi646 – 6527
    Helixi654 – 66310
    Beta strandi664 – 6663
    Beta strandi667 – 6693
    Helixi670 – 6778
    Helixi680 – 6823
    Helixi685 – 69410
    Turni695 – 6973
    Beta strandi700 – 7034
    Helixi710 – 7123
    Beta strandi713 – 72412
    Beta strandi726 – 7283
    Helixi731 – 7333
    Turni734 – 7374
    Turni740 – 7423
    Beta strandi744 – 7485
    Helixi753 – 76210
    Turni765 – 7673
    Beta strandi772 – 7798
    Helixi783 – 79311
    Beta strandi799 – 8013
    Beta strandi805 – 8084
    Helixi810 – 82112
    Beta strandi823 – 8253
    Beta strandi826 – 8294
    Beta strandi832 – 8354
    Helixi836 – 8405
    Beta strandi842 – 8454
    Helixi846 – 8549
    Beta strandi860 – 8623
    Beta strandi865 – 8673
    Beta strandi871 – 8733
    Helixi877 – 88913
    Helixi893 – 8986
    Helixi908 – 92114
    Helixi924 – 94522
    Turni951 – 9533
    Helixi960 – 97920
    Beta strandi980 – 9834
    Helixi985 – 101329
    Helixi1019 – 10257
    Beta strandi1026 – 10294
    Helixi1032 – 10387
    Beta strandi1048 – 10503
    Beta strandi1061 – 10633
    Helixi1068 – 110235
    Beta strandi1106 – 11105
    Beta strandi1118 – 11236
    Beta strandi1127 – 11304
    Beta strandi1131 – 11344
    Helixi1137 – 11448
    Beta strandi1148 – 11514
    Beta strandi1153 – 11553
    Beta strandi1156 – 11605
    Turni1168 – 11725
    Helixi1173 – 11808
    Beta strandi1184 – 11885
    Helixi1191 – 11933
    Beta strandi1197 – 12004
    Helixi1202 – 12054
    Beta strandi1209 – 12146
    Helixi1221 – 123010
    Helixi1232 – 12343
    Helixi1240 – 12434
    Beta strandi1246 – 12483
    Helixi1256 – 12638
    Beta strandi1269 – 12713
    Beta strandi1279 – 12835
    Beta strandi1290 – 12956
    Beta strandi1300 – 13056
    Beta strandi1317 – 13193
    Beta strandi1324 – 13296
    Helixi1332 – 13398
    Helixi1341 – 135717
    Turni1358 – 13603
    Helixi1365 – 137410
    Beta strandi1377 – 13837
    Beta strandi1385 – 13873
    Beta strandi1392 – 13943
    Helixi1395 – 140612
    Turni1409 – 14113
    Beta strandi1416 – 14194
    Helixi1424 – 14296
    Helixi1434 – 14396
    Helixi1443 – 145210
    Beta strandi1455 – 14584
    Helixi1462 – 14676
    Beta strandi1473 – 14753
    Turni1479 – 14813
    Beta strandi1485 – 14873
    Helixi1489 – 150012

    3D structure databases

    Select the link destinations:
    PDBe
    RCSB PDB
    PDBj
    Links Updated
    EntryMethodResolution (Å)ChainPositionsPDBsum
    1IW7X-ray2.60D/N1-1524[»]
    1SMYX-ray2.70D/N1-1524[»]
    1ZYRX-ray3.00D/N1-1524[»]
    2A68X-ray2.50D/N1-1524[»]
    2A69X-ray2.50D/N1-1524[»]
    2A6EX-ray2.80D/N1-1524[»]
    2A6HX-ray2.40D/N1-1524[»]
    2BE5X-ray2.40D/N1-1524[»]
    2CW0X-ray3.30D/N1-1524[»]
    2O5IX-ray2.50D/N1-1524[»]
    2O5JX-ray3.00D/N1-1524[»]
    2PPBX-ray3.00D/N1-1524[»]
    3AOHX-ray4.10D/I/N1-1524[»]
    3AOIX-ray4.30D/I/N1-1524[»]
    3DXJX-ray3.00D/N1-1524[»]
    3EQLX-ray2.70D/N1-1524[»]
    3WODX-ray3.60D1-1524[»]
    4G7HX-ray2.90D/N1-1524[»]
    4G7OX-ray2.99D/N1-1524[»]
    4G7ZX-ray3.82D/N1-1524[»]
    4GZYX-ray3.51D1-1524[»]
    4GZZX-ray4.29D1-1524[»]
    4MQ9X-ray3.35D1-1524[»]
    4OINX-ray2.80D1-1524[»]
    4OIOX-ray3.10D1-1524[»]
    4OIPX-ray3.40D1-1524[»]
    4OIQX-ray3.62D1-1524[»]
    4OIRX-ray3.10D1-1524[»]
    ProteinModelPortaliQ8RQE8.
    SMRiQ8RQE8. Positions 2-207.
    ModBaseiSearch...
    MobiDBiSearch...

    Miscellaneous databases

    EvolutionaryTraceiQ8RQE8.

    Family & Domainsi

    Sequence similaritiesi

    Belongs to the RNA polymerase beta' chain family.UniRule annotation

    Phylogenomic databases

    eggNOGiCOG0086.
    HOGENOMiHOG000218387.
    KOiK03046.
    OMAiAYDSEFL.
    OrthoDBiEOG6M9DS6.
    PhylomeDBiQ8RQE8.

    Family and domain databases

    HAMAPiMF_01322. RNApol_bact_RpoC.
    InterProiIPR012754. DNA-dir_RpoC_beta_prime.
    IPR000722. RNA_pol_asu.
    IPR006592. RNA_pol_N.
    IPR007080. RNA_pol_Rpb1_1.
    IPR007066. RNA_pol_Rpb1_3.
    IPR007083. RNA_pol_Rpb1_4.
    IPR007081. RNA_pol_Rpb1_5.
    [Graphical view]
    PfamiPF04997. RNA_pol_Rpb1_1. 2 hits.
    PF00623. RNA_pol_Rpb1_2. 1 hit.
    PF04983. RNA_pol_Rpb1_3. 1 hit.
    PF05000. RNA_pol_Rpb1_4. 1 hit.
    PF04998. RNA_pol_Rpb1_5. 1 hit.
    [Graphical view]
    SMARTiSM00663. RPOLA_N. 1 hit.
    [Graphical view]

    Sequencei

    Sequence statusi: Complete.

    Q8RQE8-1 [UniParc]FASTAAdd to Basket

    « Hide

    MKKEVRKVRI ALASPEKIRS WSYGEVEKPE TINYRTLKPE RDGLFDERIF     50
    GPIKDYECAC GKYKRQRFEG KVCERCGVEV TKSIVRRYRM GHIELATPAA 100
    HIWFVKDVPS KIGTLLDLSA TELEQVLYFS KYIVLDPKGA ILNGVPVEKR 150
    QLLTDEEYRE LRYGKQETYP LPPGVDALVK DGEEVVKGQE LAPGVVSRLD 200
    GVALYRFPRR VRVEYVKKER AGLRLPLAAW VEKEAYKPGE ILAELPEPYL 250
    FRAEEEGVVE LKELEEGAFL VLRREDEPVA TYFLPVGMTP LVVHGEIVEK 300
    GQPLAEAKGL LRMPRQVRAA QVEAEEEGET VYLTLFLEWT EPKDYRVQPH 350
    MNVVVPEGAR VEAGDKIVAA IDPEEEVIAE AEGVVHLHEP ASILVVKARV 400
    YPFEDDVEVS TGDRVAPGDV LADGGKVKSD VYGRVEVDLV RNVVRVVESY 450
    DIDARMGAEA IQQLLKELDL EALEKELLEE MKHPSRARRA KARKRLEVVR 500
    AFLDSGNRPE WMILEAVPVL PPDLRPMVQV DGGRFATSDL NDLYRRLINR 550
    NNRLKKLLAQ GAPEIIIRNE KRMLQEAVDA LLDNGRRGAP VTNPGSDRPL 600
    RSLTDILSGK QGRFRQNLLG KRVDYSGRSV IVVGPQLKLH QCGLPKRMAL 650
    ELFKPFLLKK MEEKGIAPNV KAARRMLERQ RDIKDEVWDA LEEVIHGKVV 700
    LLNRAPTLHR LGIQAFQPVL VEGQSIQLHP LVCEAFNADF DGDQMAVHVP 750
    LSSFAQAEAR IQMLSAHNLL SPASGEPLAK PSRDIILGLY YITQVRKEKK 800
    GAGLEFATPE EALAAHERGE VALNAPIKVA GRETSVGRLK YVFANPDEAL 850
    LAVAHGIVDL QDVVTVRYMG KRLETSPGRI LFARIVAEAV EDEKVAWELI 900
    QLDVPQEKNS LKDLVYQAFL RLGMEKTARL LDALKYYGFT FSTTSGITIG 950
    IDDAVIPEEK KQYLEEADRK LLQIEQAYEM GFLTDRERYD QILQLWTETT 1000
    EKVTQAVFKN FEENYPFNPL YVMAQSGARG NPQQIRQLCG LRGLMQKPSG 1050
    ETFEVPVRSS FREGLTVLEY FISSHGARKG GADTALRTAD SGYLTRKLVD 1100
    VTHEIVVREA DCGTTNYISV PLFQPDEVTR SLRLRKRADI EAGLYGRVLA 1150
    REVEVLGVRL EEGRYLSMDD VHLLIKAAEA GEIQEVPVRS PLTCQTRYGV 1200
    CQKCYGYDLS MARPVSIGEA VGIVAAQSIG EPGTQLTMRT FHTGGVAGAA 1250
    DITQGLPRVI ELFEARRPKA KAVISEIDGV VRIEETEEKL SVFVESEGFS 1300
    KEYKLPKEAR LLVKDGDYVE AGQPLTRGAI DPHQLLEAKG PEAVERYLVE 1350
    EIQKVYRAQG VKLHDKHIEI VVRQMMKYVE VTDPGDSRLL EGQVLEKWDV 1400
    EALNERLIAE GKTPVAWKPL LMGVTKSALS TKSWLSAASF QNTTHVLTEA 1450
    AIAGKKDELI GLKENVILGR LIPAGTGSDF VRFTQVVDQK TLKAIEEARK 1500
    EAVEAKERPA ARRGVKREQP GKQA 1524
    Length:1,524
    Mass (Da):170,756
    Last modified:June 1, 2002 - v1
    Checksum:iA7B335945B08E3A7
    GO

    Sequence databases

    Select the link destinations:
    EMBL
    GenBank
    DDBJ
    Links Updated
    AB083790 Genomic DNA. Translation: BAB89401.1.
    AP008226 Genomic DNA. Translation: BAD71635.1.
    RefSeqiWP_011228934.1. NC_006461.1.
    YP_145078.1. NC_006461.1.

    Genome annotation databases

    EnsemblBacteriaiBAD71635; BAD71635; BAD71635.
    GeneIDi3169754.
    KEGGittj:TTHA1812.
    PATRICi23958593. VBITheThe93045_1783.

    Cross-referencesi

    Sequence databases

    Select the link destinations:
    EMBL
    GenBank
    DDBJ
    Links Updated
    AB083790 Genomic DNA. Translation: BAB89401.1 .
    AP008226 Genomic DNA. Translation: BAD71635.1 .
    RefSeqi WP_011228934.1. NC_006461.1.
    YP_145078.1. NC_006461.1.

    3D structure databases

    Select the link destinations:
    PDBe
    RCSB PDB
    PDBj
    Links Updated
    Entry Method Resolution (Å) Chain Positions PDBsum
    1IW7 X-ray 2.60 D/N 1-1524 [» ]
    1SMY X-ray 2.70 D/N 1-1524 [» ]
    1ZYR X-ray 3.00 D/N 1-1524 [» ]
    2A68 X-ray 2.50 D/N 1-1524 [» ]
    2A69 X-ray 2.50 D/N 1-1524 [» ]
    2A6E X-ray 2.80 D/N 1-1524 [» ]
    2A6H X-ray 2.40 D/N 1-1524 [» ]
    2BE5 X-ray 2.40 D/N 1-1524 [» ]
    2CW0 X-ray 3.30 D/N 1-1524 [» ]
    2O5I X-ray 2.50 D/N 1-1524 [» ]
    2O5J X-ray 3.00 D/N 1-1524 [» ]
    2PPB X-ray 3.00 D/N 1-1524 [» ]
    3AOH X-ray 4.10 D/I/N 1-1524 [» ]
    3AOI X-ray 4.30 D/I/N 1-1524 [» ]
    3DXJ X-ray 3.00 D/N 1-1524 [» ]
    3EQL X-ray 2.70 D/N 1-1524 [» ]
    3WOD X-ray 3.60 D 1-1524 [» ]
    4G7H X-ray 2.90 D/N 1-1524 [» ]
    4G7O X-ray 2.99 D/N 1-1524 [» ]
    4G7Z X-ray 3.82 D/N 1-1524 [» ]
    4GZY X-ray 3.51 D 1-1524 [» ]
    4GZZ X-ray 4.29 D 1-1524 [» ]
    4MQ9 X-ray 3.35 D 1-1524 [» ]
    4OIN X-ray 2.80 D 1-1524 [» ]
    4OIO X-ray 3.10 D 1-1524 [» ]
    4OIP X-ray 3.40 D 1-1524 [» ]
    4OIQ X-ray 3.62 D 1-1524 [» ]
    4OIR X-ray 3.10 D 1-1524 [» ]
    ProteinModelPortali Q8RQE8.
    SMRi Q8RQE8. Positions 2-207.
    ModBasei Search...
    MobiDBi Search...

    Protein-protein interaction databases

    DIPi DIP-47007N.
    IntActi Q8RQE8. 1 interaction.
    STRINGi 300852.TTHA1812.

    Protocols and materials databases

    Structural Biology Knowledgebase Search...

    Genome annotation databases

    EnsemblBacteriai BAD71635 ; BAD71635 ; BAD71635 .
    GeneIDi 3169754.
    KEGGi ttj:TTHA1812.
    PATRICi 23958593. VBITheThe93045_1783.

    Phylogenomic databases

    eggNOGi COG0086.
    HOGENOMi HOG000218387.
    KOi K03046.
    OMAi AYDSEFL.
    OrthoDBi EOG6M9DS6.
    PhylomeDBi Q8RQE8.

    Enzyme and pathway databases

    BioCyci TTHE300852:GH8R-1857-MONOMER.

    Miscellaneous databases

    EvolutionaryTracei Q8RQE8.

    Family and domain databases

    HAMAPi MF_01322. RNApol_bact_RpoC.
    InterProi IPR012754. DNA-dir_RpoC_beta_prime.
    IPR000722. RNA_pol_asu.
    IPR006592. RNA_pol_N.
    IPR007080. RNA_pol_Rpb1_1.
    IPR007066. RNA_pol_Rpb1_3.
    IPR007083. RNA_pol_Rpb1_4.
    IPR007081. RNA_pol_Rpb1_5.
    [Graphical view ]
    Pfami PF04997. RNA_pol_Rpb1_1. 2 hits.
    PF00623. RNA_pol_Rpb1_2. 1 hit.
    PF04983. RNA_pol_Rpb1_3. 1 hit.
    PF05000. RNA_pol_Rpb1_4. 1 hit.
    PF04998. RNA_pol_Rpb1_5. 1 hit.
    [Graphical view ]
    SMARTi SM00663. RPOLA_N. 1 hit.
    [Graphical view ]
    ProtoNeti Search...

    Publicationsi

    1. "Purification, crystallization and initial crystallographic analysis of RNA polymerase holoenzyme from Thermus thermophilus."
      Vassylyeva M.N., Lee J., Sekine S.I., Laptenko O., Kuramitsu S., Shibata T., Inoue Y., Borukhov S., Vassylyev D.G., Yokoyama S.
      Acta Crystallogr. D 58:1497-1500(2002) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]
      Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA].
    2. "Complete genome sequence of Thermus thermophilus HB8."
      Masui R., Kurokawa K., Nakagawa N., Tokunaga F., Koyama Y., Shibata T., Oshima T., Yokoyama S., Yasunaga T., Kuramitsu S.
      Submitted (NOV-2004) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases
      Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA].
      Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579.

    Entry informationi

    Entry nameiRPOC_THET8
    AccessioniPrimary (citable) accession number: Q8RQE8
    Secondary accession number(s): Q5SHB8
    Entry historyi
    Integrated into UniProtKB/Swiss-Prot: January 16, 2004
    Last sequence update: June 1, 2002
    Last modified: October 1, 2014
    This is version 94 of the entry and version 1 of the sequence. [Complete history]
    Entry statusiReviewed (UniProtKB/Swiss-Prot)
    Annotation programProkaryotic Protein Annotation Program

    Miscellaneousi

    Keywords - Technical termi

    3D-structure, Complete proteome, Reference proteome

    Documents

    1. PDB cross-references
      Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references
    2. SIMILARITY comments
      Index of protein domains and families

    External Data

    Dasty 3