Skip Header

You are using a version of browser that may not display all the features of this website. Please consider upgrading your browser.

Q8RQE8

- RPOC_THET8

UniProt

Q8RQE8 - RPOC_THET8

(max 400 entries)x

Your basket is currently empty.

Select item(s) and click on "Add to basket" to create your own collection here
(400 entries max)

Protein

DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

Gene

rpoC

Organism
Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)
Status
Reviewed - Annotation score: 3 out of 5- Experimental evidence at protein leveli

Functioni

DNA-dependent RNA polymerase catalyzes the transcription of DNA into RNA using the four ribonucleoside triphosphates as substrates.

Catalytic activityi

Nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1).UniRule annotation

GO - Molecular functioni

  1. DNA binding Source: UniProtKB-HAMAP
  2. DNA-directed RNA polymerase activity Source: UniProtKB-HAMAP

GO - Biological processi

  1. transcription, DNA-templated Source: UniProtKB-HAMAP
Complete GO annotation...

Keywords - Molecular functioni

Nucleotidyltransferase, Transferase

Keywords - Biological processi

Transcription

Enzyme and pathway databases

BioCyciTTHE300852:GH8R-1857-MONOMER.

Names & Taxonomyi

Protein namesi
Recommended name:
DNA-directed RNA polymerase subunit beta'UniRule annotation (EC:2.7.7.6UniRule annotation)
Short name:
RNAP subunit beta'UniRule annotation
Alternative name(s):
RNA polymerase subunit beta'UniRule annotation
Transcriptase subunit beta'UniRule annotation
Gene namesi
Name:rpoCUniRule annotation
Ordered Locus Names:TTHA1812
OrganismiThermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)
Taxonomic identifieri300852 [NCBI]
Taxonomic lineageiBacteriaDeinococcus-ThermusDeinococciThermalesThermaceaeThermus
ProteomesiUP000000532: Chromosome

Subcellular locationi

Keywords - Cellular componenti

DNA-directed RNA polymerase

PTM / Processingi

Molecule processing

Feature keyPosition(s)LengthDescriptionGraphical viewFeature identifierActions
Chaini1 – 15241524DNA-directed RNA polymerase subunit beta'PRO_0000067820Add
BLAST

Interactioni

Subunit structurei

The RNAP catalytic core consists of 2 alpha, 1 beta, 1 beta' and 1 omega subunit. When a sigma factor is associated with the core the holoenzyme is formed, which can initiate transcription.

Protein-protein interaction databases

DIPiDIP-47007N.
IntActiQ8RQE8. 1 interaction.
STRINGi300852.TTHA1812.

Structurei

Secondary structure

1
1524
Legend: HelixTurnBeta strand
Show more details
Feature keyPosition(s)LengthDescriptionGraphical viewFeature identifierActions
Beta strandi7 – 115
Helixi15 – 217
Beta strandi22 – 254
Beta strandi36 – 394
Beta strandi41 – 433
Turni47 – 504
Beta strandi53 – 564
Beta strandi59 – 635
Turni67 – 704
Beta strandi74 – 763
Beta strandi81 – 833
Helixi84 – 885
Beta strandi90 – 10011
Helixi102 – 1054
Beta strandi106 – 1094
Helixi111 – 1155
Helixi122 – 1298
Beta strandi133 – 1353
Beta strandi143 – 1464
Helixi155 – 1628
Beta strandi167 – 1704
Beta strandi173 – 1764
Helixi177 – 18610
Beta strandi187 – 1893
Beta strandi191 – 1944
Beta strandi195 – 1973
Beta strandi199 – 2013
Beta strandi204 – 2063
Beta strandi207 – 2093
Beta strandi211 – 2133
Beta strandi217 – 2226
Turni226 – 2316
Helixi233 – 2364
Beta strandi237 – 2393
Helixi241 – 2444
Beta strandi245 – 2473
Helixi248 – 2503
Beta strandi257 – 2637
Beta strandi268 – 28417
Beta strandi286 – 2905
Beta strandi297 – 3004
Beta strandi303 – 31210
Beta strandi315 – 32713
Beta strandi330 – 34617
Beta strandi359 – 3613
Beta strandi366 – 3694
Helixi373 – 3753
Turni378 – 3814
Beta strandi383 – 3875
Beta strandi391 – 3944
Beta strandi396 – 4016
Beta strandi407 – 4093
Beta strandi415 – 4173
Beta strandi420 – 4223
Beta strandi423 – 4253
Beta strandi426 – 4283
Beta strandi434 – 4385
Turni439 – 4424
Beta strandi443 – 4475
Beta strandi452 – 4554
Helixi458 – 46710
Helixi470 – 48213
Helixi486 – 50419
Turni509 – 5124
Beta strandi513 – 5197
Turni522 – 5243
Beta strandi527 – 5293
Beta strandi531 – 5333
Beta strandi535 – 5373
Helixi540 – 56021
Helixi564 – 58219
Beta strandi584 – 5885
Beta strandi593 – 5953
Beta strandi596 – 5994
Helixi603 – 6075
Turni609 – 6113
Helixi613 – 6197
Beta strandi621 – 63313
Beta strandi635 – 6373
Beta strandi641 – 6455
Helixi646 – 6527
Helixi654 – 66310
Beta strandi664 – 6663
Beta strandi667 – 6693
Helixi670 – 6778
Helixi680 – 6823
Helixi685 – 69410
Turni695 – 6973
Beta strandi700 – 7034
Helixi710 – 7123
Beta strandi713 – 72412
Beta strandi726 – 7283
Helixi731 – 7333
Turni734 – 7374
Turni740 – 7423
Beta strandi744 – 7485
Helixi753 – 76210
Turni765 – 7673
Beta strandi772 – 7798
Helixi783 – 79311
Beta strandi799 – 8013
Beta strandi805 – 8084
Helixi810 – 82112
Beta strandi823 – 8253
Beta strandi826 – 8294
Beta strandi832 – 8354
Helixi836 – 8405
Beta strandi842 – 8454
Helixi846 – 8549
Beta strandi860 – 8623
Beta strandi865 – 8673
Beta strandi871 – 8733
Helixi877 – 88913
Helixi893 – 8986
Helixi908 – 92114
Helixi924 – 94522
Turni951 – 9533
Helixi960 – 97920
Beta strandi980 – 9834
Helixi985 – 101329
Helixi1019 – 10257
Beta strandi1026 – 10294
Helixi1032 – 10387
Beta strandi1048 – 10503
Beta strandi1061 – 10633
Helixi1068 – 110235
Beta strandi1106 – 11105
Beta strandi1118 – 11236
Beta strandi1127 – 11304
Beta strandi1131 – 11344
Helixi1137 – 11448
Beta strandi1148 – 11514
Beta strandi1153 – 11553
Beta strandi1156 – 11605
Turni1168 – 11725
Helixi1173 – 11808
Beta strandi1184 – 11885
Helixi1191 – 11933
Beta strandi1197 – 12004
Helixi1202 – 12054
Beta strandi1209 – 12146
Helixi1221 – 123010
Helixi1232 – 12343
Helixi1240 – 12434
Beta strandi1246 – 12483
Helixi1256 – 12638
Beta strandi1269 – 12713
Beta strandi1279 – 12835
Beta strandi1290 – 12956
Beta strandi1300 – 13056
Beta strandi1317 – 13193
Beta strandi1324 – 13296
Helixi1332 – 13398
Helixi1341 – 135717
Turni1358 – 13603
Helixi1365 – 137410
Beta strandi1377 – 13837
Beta strandi1385 – 13873
Beta strandi1392 – 13943
Helixi1395 – 140612
Turni1409 – 14113
Beta strandi1416 – 14194
Helixi1424 – 14296
Helixi1434 – 14396
Helixi1443 – 145210
Beta strandi1455 – 14584
Helixi1462 – 14676
Beta strandi1473 – 14753
Turni1479 – 14813
Beta strandi1485 – 14873
Helixi1489 – 150012

3D structure databases

Select the link destinations:
PDBe
RCSB PDB
PDBj
Links Updated
EntryMethodResolution (Å)ChainPositionsPDBsum
1IW7X-ray2.60D/N1-1524[»]
1SMYX-ray2.70D/N1-1524[»]
1ZYRX-ray3.00D/N1-1524[»]
2A68X-ray2.50D/N1-1524[»]
2A69X-ray2.50D/N1-1524[»]
2A6EX-ray2.80D/N1-1524[»]
2A6HX-ray2.40D/N1-1524[»]
2BE5X-ray2.40D/N1-1524[»]
2CW0X-ray3.30D/N1-1524[»]
2O5IX-ray2.50D/N1-1524[»]
2O5JX-ray3.00D/N1-1524[»]
2PPBX-ray3.00D/N1-1524[»]
3AOHX-ray4.10D/I/N1-1524[»]
3AOIX-ray4.30D/I/N1-1524[»]
3DXJX-ray3.00D/N1-1524[»]
3EQLX-ray2.70D/N1-1524[»]
3WODX-ray3.60D1-1524[»]
4G7HX-ray2.90D/N1-1524[»]
4G7OX-ray2.99D/N1-1524[»]
4G7ZX-ray3.82D/N1-1524[»]
4GZYX-ray3.51D1-1524[»]
4GZZX-ray4.29D1-1524[»]
4MQ9X-ray3.35D1-1524[»]
4OINX-ray2.80D1-1524[»]
4OIOX-ray3.10D1-1524[»]
4OIPX-ray3.40D1-1524[»]
4OIQX-ray3.62D1-1524[»]
4OIRX-ray3.10D1-1524[»]
4Q4ZX-ray2.90D1-1524[»]
4Q5SX-ray3.00D1-1524[»]
ProteinModelPortaliQ8RQE8.
SMRiQ8RQE8. Positions 2-207.
ModBaseiSearch...
MobiDBiSearch...

Miscellaneous databases

EvolutionaryTraceiQ8RQE8.

Family & Domainsi

Sequence similaritiesi

Belongs to the RNA polymerase beta' chain family.UniRule annotation

Phylogenomic databases

eggNOGiCOG0086.
HOGENOMiHOG000218387.
KOiK03046.
OMAiAYDSEFL.
OrthoDBiEOG6M9DS6.
PhylomeDBiQ8RQE8.

Family and domain databases

HAMAPiMF_01322. RNApol_bact_RpoC.
InterProiIPR012754. DNA-dir_RpoC_beta_prime.
IPR000722. RNA_pol_asu.
IPR006592. RNA_pol_N.
IPR007080. RNA_pol_Rpb1_1.
IPR007066. RNA_pol_Rpb1_3.
IPR007083. RNA_pol_Rpb1_4.
IPR007081. RNA_pol_Rpb1_5.
[Graphical view]
PfamiPF04997. RNA_pol_Rpb1_1. 2 hits.
PF00623. RNA_pol_Rpb1_2. 1 hit.
PF04983. RNA_pol_Rpb1_3. 1 hit.
PF05000. RNA_pol_Rpb1_4. 1 hit.
PF04998. RNA_pol_Rpb1_5. 1 hit.
[Graphical view]
SMARTiSM00663. RPOLA_N. 1 hit.
[Graphical view]

Sequencei

Sequence statusi: Complete.

Q8RQE8-1 [UniParc]FASTAAdd to Basket

« Hide

        10         20         30         40         50
MKKEVRKVRI ALASPEKIRS WSYGEVEKPE TINYRTLKPE RDGLFDERIF
60 70 80 90 100
GPIKDYECAC GKYKRQRFEG KVCERCGVEV TKSIVRRYRM GHIELATPAA
110 120 130 140 150
HIWFVKDVPS KIGTLLDLSA TELEQVLYFS KYIVLDPKGA ILNGVPVEKR
160 170 180 190 200
QLLTDEEYRE LRYGKQETYP LPPGVDALVK DGEEVVKGQE LAPGVVSRLD
210 220 230 240 250
GVALYRFPRR VRVEYVKKER AGLRLPLAAW VEKEAYKPGE ILAELPEPYL
260 270 280 290 300
FRAEEEGVVE LKELEEGAFL VLRREDEPVA TYFLPVGMTP LVVHGEIVEK
310 320 330 340 350
GQPLAEAKGL LRMPRQVRAA QVEAEEEGET VYLTLFLEWT EPKDYRVQPH
360 370 380 390 400
MNVVVPEGAR VEAGDKIVAA IDPEEEVIAE AEGVVHLHEP ASILVVKARV
410 420 430 440 450
YPFEDDVEVS TGDRVAPGDV LADGGKVKSD VYGRVEVDLV RNVVRVVESY
460 470 480 490 500
DIDARMGAEA IQQLLKELDL EALEKELLEE MKHPSRARRA KARKRLEVVR
510 520 530 540 550
AFLDSGNRPE WMILEAVPVL PPDLRPMVQV DGGRFATSDL NDLYRRLINR
560 570 580 590 600
NNRLKKLLAQ GAPEIIIRNE KRMLQEAVDA LLDNGRRGAP VTNPGSDRPL
610 620 630 640 650
RSLTDILSGK QGRFRQNLLG KRVDYSGRSV IVVGPQLKLH QCGLPKRMAL
660 670 680 690 700
ELFKPFLLKK MEEKGIAPNV KAARRMLERQ RDIKDEVWDA LEEVIHGKVV
710 720 730 740 750
LLNRAPTLHR LGIQAFQPVL VEGQSIQLHP LVCEAFNADF DGDQMAVHVP
760 770 780 790 800
LSSFAQAEAR IQMLSAHNLL SPASGEPLAK PSRDIILGLY YITQVRKEKK
810 820 830 840 850
GAGLEFATPE EALAAHERGE VALNAPIKVA GRETSVGRLK YVFANPDEAL
860 870 880 890 900
LAVAHGIVDL QDVVTVRYMG KRLETSPGRI LFARIVAEAV EDEKVAWELI
910 920 930 940 950
QLDVPQEKNS LKDLVYQAFL RLGMEKTARL LDALKYYGFT FSTTSGITIG
960 970 980 990 1000
IDDAVIPEEK KQYLEEADRK LLQIEQAYEM GFLTDRERYD QILQLWTETT
1010 1020 1030 1040 1050
EKVTQAVFKN FEENYPFNPL YVMAQSGARG NPQQIRQLCG LRGLMQKPSG
1060 1070 1080 1090 1100
ETFEVPVRSS FREGLTVLEY FISSHGARKG GADTALRTAD SGYLTRKLVD
1110 1120 1130 1140 1150
VTHEIVVREA DCGTTNYISV PLFQPDEVTR SLRLRKRADI EAGLYGRVLA
1160 1170 1180 1190 1200
REVEVLGVRL EEGRYLSMDD VHLLIKAAEA GEIQEVPVRS PLTCQTRYGV
1210 1220 1230 1240 1250
CQKCYGYDLS MARPVSIGEA VGIVAAQSIG EPGTQLTMRT FHTGGVAGAA
1260 1270 1280 1290 1300
DITQGLPRVI ELFEARRPKA KAVISEIDGV VRIEETEEKL SVFVESEGFS
1310 1320 1330 1340 1350
KEYKLPKEAR LLVKDGDYVE AGQPLTRGAI DPHQLLEAKG PEAVERYLVE
1360 1370 1380 1390 1400
EIQKVYRAQG VKLHDKHIEI VVRQMMKYVE VTDPGDSRLL EGQVLEKWDV
1410 1420 1430 1440 1450
EALNERLIAE GKTPVAWKPL LMGVTKSALS TKSWLSAASF QNTTHVLTEA
1460 1470 1480 1490 1500
AIAGKKDELI GLKENVILGR LIPAGTGSDF VRFTQVVDQK TLKAIEEARK
1510 1520
EAVEAKERPA ARRGVKREQP GKQA
Length:1,524
Mass (Da):170,756
Last modified:June 1, 2002 - v1
Checksum:iA7B335945B08E3A7
GO

Sequence databases

Select the link destinations:
EMBL
GenBank
DDBJ
Links Updated
AB083790 Genomic DNA. Translation: BAB89401.1.
AP008226 Genomic DNA. Translation: BAD71635.1.
RefSeqiWP_011228934.1. NC_006461.1.
YP_145078.1. NC_006461.1.

Genome annotation databases

EnsemblBacteriaiBAD71635; BAD71635; BAD71635.
GeneIDi3169754.
KEGGittj:TTHA1812.
PATRICi23958593. VBITheThe93045_1783.

Cross-referencesi

Sequence databases

Select the link destinations:
EMBL
GenBank
DDBJ
Links Updated
AB083790 Genomic DNA. Translation: BAB89401.1 .
AP008226 Genomic DNA. Translation: BAD71635.1 .
RefSeqi WP_011228934.1. NC_006461.1.
YP_145078.1. NC_006461.1.

3D structure databases

Select the link destinations:
PDBe
RCSB PDB
PDBj
Links Updated
Entry Method Resolution (Å) Chain Positions PDBsum
1IW7 X-ray 2.60 D/N 1-1524 [» ]
1SMY X-ray 2.70 D/N 1-1524 [» ]
1ZYR X-ray 3.00 D/N 1-1524 [» ]
2A68 X-ray 2.50 D/N 1-1524 [» ]
2A69 X-ray 2.50 D/N 1-1524 [» ]
2A6E X-ray 2.80 D/N 1-1524 [» ]
2A6H X-ray 2.40 D/N 1-1524 [» ]
2BE5 X-ray 2.40 D/N 1-1524 [» ]
2CW0 X-ray 3.30 D/N 1-1524 [» ]
2O5I X-ray 2.50 D/N 1-1524 [» ]
2O5J X-ray 3.00 D/N 1-1524 [» ]
2PPB X-ray 3.00 D/N 1-1524 [» ]
3AOH X-ray 4.10 D/I/N 1-1524 [» ]
3AOI X-ray 4.30 D/I/N 1-1524 [» ]
3DXJ X-ray 3.00 D/N 1-1524 [» ]
3EQL X-ray 2.70 D/N 1-1524 [» ]
3WOD X-ray 3.60 D 1-1524 [» ]
4G7H X-ray 2.90 D/N 1-1524 [» ]
4G7O X-ray 2.99 D/N 1-1524 [» ]
4G7Z X-ray 3.82 D/N 1-1524 [» ]
4GZY X-ray 3.51 D 1-1524 [» ]
4GZZ X-ray 4.29 D 1-1524 [» ]
4MQ9 X-ray 3.35 D 1-1524 [» ]
4OIN X-ray 2.80 D 1-1524 [» ]
4OIO X-ray 3.10 D 1-1524 [» ]
4OIP X-ray 3.40 D 1-1524 [» ]
4OIQ X-ray 3.62 D 1-1524 [» ]
4OIR X-ray 3.10 D 1-1524 [» ]
4Q4Z X-ray 2.90 D 1-1524 [» ]
4Q5S X-ray 3.00 D 1-1524 [» ]
ProteinModelPortali Q8RQE8.
SMRi Q8RQE8. Positions 2-207.
ModBasei Search...
MobiDBi Search...

Protein-protein interaction databases

DIPi DIP-47007N.
IntActi Q8RQE8. 1 interaction.
STRINGi 300852.TTHA1812.

Protocols and materials databases

Structural Biology Knowledgebase Search...

Genome annotation databases

EnsemblBacteriai BAD71635 ; BAD71635 ; BAD71635 .
GeneIDi 3169754.
KEGGi ttj:TTHA1812.
PATRICi 23958593. VBITheThe93045_1783.

Phylogenomic databases

eggNOGi COG0086.
HOGENOMi HOG000218387.
KOi K03046.
OMAi AYDSEFL.
OrthoDBi EOG6M9DS6.
PhylomeDBi Q8RQE8.

Enzyme and pathway databases

BioCyci TTHE300852:GH8R-1857-MONOMER.

Miscellaneous databases

EvolutionaryTracei Q8RQE8.

Family and domain databases

HAMAPi MF_01322. RNApol_bact_RpoC.
InterProi IPR012754. DNA-dir_RpoC_beta_prime.
IPR000722. RNA_pol_asu.
IPR006592. RNA_pol_N.
IPR007080. RNA_pol_Rpb1_1.
IPR007066. RNA_pol_Rpb1_3.
IPR007083. RNA_pol_Rpb1_4.
IPR007081. RNA_pol_Rpb1_5.
[Graphical view ]
Pfami PF04997. RNA_pol_Rpb1_1. 2 hits.
PF00623. RNA_pol_Rpb1_2. 1 hit.
PF04983. RNA_pol_Rpb1_3. 1 hit.
PF05000. RNA_pol_Rpb1_4. 1 hit.
PF04998. RNA_pol_Rpb1_5. 1 hit.
[Graphical view ]
SMARTi SM00663. RPOLA_N. 1 hit.
[Graphical view ]
ProtoNeti Search...

Publicationsi

« Hide 'large scale' publications
  1. "Purification, crystallization and initial crystallographic analysis of RNA polymerase holoenzyme from Thermus thermophilus."
    Vassylyeva M.N., Lee J., Sekine S.I., Laptenko O., Kuramitsu S., Shibata T., Inoue Y., Borukhov S., Vassylyev D.G., Yokoyama S.
    Acta Crystallogr. D 58:1497-1500(2002) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]
    Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA].
  2. "Complete genome sequence of Thermus thermophilus HB8."
    Masui R., Kurokawa K., Nakagawa N., Tokunaga F., Koyama Y., Shibata T., Oshima T., Yokoyama S., Yasunaga T., Kuramitsu S.
    Submitted (NOV-2004) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases
    Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA].
    Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579.

Entry informationi

Entry nameiRPOC_THET8
AccessioniPrimary (citable) accession number: Q8RQE8
Secondary accession number(s): Q5SHB8
Entry historyi
Integrated into UniProtKB/Swiss-Prot: January 16, 2004
Last sequence update: June 1, 2002
Last modified: October 29, 2014
This is version 95 of the entry and version 1 of the sequence. [Complete history]
Entry statusiReviewed (UniProtKB/Swiss-Prot)
Annotation programProkaryotic Protein Annotation Program

Miscellaneousi

Keywords - Technical termi

3D-structure, Complete proteome, Reference proteome

Documents

  1. PDB cross-references
    Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references
  2. SIMILARITY comments
    Index of protein domains and families

External Data

Dasty 3