Q86VN1 (VPS36_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Vacuolar protein-sorting-associated protein 36 Alternative name(s): ELL-associated protein of 45 kDa ESCRT-II complex subunit VPS36 | ||||||
| Gene names |
| ||||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 386 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Component of the ESCRT-II complex (endosomal sorting complex required for transport II), which is required for multivesicular bodies (MVBs) formation and sorting of endosomal cargo proteins into MVBs. The MVB pathway mediates delivery of transmembrane proteins into the lumen of the lysosome for degradation. The ESCRT-II complex is probably involved in the recruitment of the ESCRT-III complex. Its ability to bind ubiquitin probably plays a role in endosomal sorting of ubiquitinated cargo proteins by ESCRT complexes. The ESCRT-II complex may also play a role in transcription regulation, possibly via its interaction with ELL. Binds phosphoinosides such as PtdIns(3,4,5)P3. Ref.10 |
| Subunit structure | Component of a complex at least composed of ELL, SNF8/EAP30, VPS25/EAP20 and VPS36/EAP45 By similarity. Component of the endosomal sorting complex required for transport II (ESCRT-II), composed of SNF8, VPS36 and two copies of VPS25. Interacts with VPS25, SNF8, TSG101 and VPS36. Interacts (via GLUE domain) with ubiquitin. Interacts with RILPL1 (via the C-terminal domain); which recruits ESCRT-II to the endosome membranes. Interacts with ECM29. Ref.7 Ref.8 Ref.10 Ref.11 Ref.12 Ref.14 |
| Subcellular location | Cytoplasm. Endosome. Late endosome. Membrane. Nucleus Probable. Note: Colocalizes with ubiquitinated proteins on late endosomes. Recruited to the endosome membrane to participate in vesicle formation. Ref.10 Ref.11 Ref.12 Ref.13 Ref.14 |
| Domain | The GLUE domain (GRAM-like ubiquitin-binding in EAP45) mediates the binding to ubiquitin and phosphoinosides. Ref.10 |
| Sequence similarities | Belongs to the VPS36 family. Contains 1 GLUE C-terminal domain. Contains 1 GLUE N-terminal domain. |
| Sequence caution | The sequence BAB14451.1 differs from that shown. Reason: Erroneous initiation. Translation N-terminally extended. |
Ontologies
Alternative products
| This entry describes 2 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: Q86VN1-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: Q86VN1-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-58: Missing. | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 386 | 386 | Vacuolar protein-sorting-associated protein 36 | PRO_0000215222 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 1 – 88 | 88 | GLUE N-terminal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 105 – 138 | 34 | GLUE C-terminal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coiled coil | 160 – 185 | 26 | Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 58 | 58 | Missing in isoform 2. | VSP_015342 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 10 | 1 | L → D: No effect on interaction with ubiquitin. Ref.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 67 | 1 | V → A: Reduces affinity for ubiquitin up to 10-fold. Ref.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 68 | 1 | F → A: Reduces affinity for ubiquitin up to 10-fold. Ref.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 70 | 1 | E → A: Reduces affinity for ubiquitin up to 10-fold. Ref.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 185 | 1 | M → V in CAI45953. Ref.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 223 | 1 | S → R in AAD34140. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 17 – 28 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 38 – 51 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 59 – 62 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 63 – 65 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 66 – 72 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 81 – 86 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 93 – 95 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 105 – 110 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 115 – 128 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 175 – 193 | 19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 197 – 199 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 215 – 224 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 229 – 232 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 233 – 235 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 240 – 259 | 20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 262 – 265 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 266 – 275 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 278 – 280 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 284 – 292 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 293 – 298 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 300 – 305 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 309 – 315 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 320 – 323 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 324 – 333 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 339 – 346 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 350 – 362 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 365 – 373 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 375 – 379 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 381 – 383 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AF151903 mRNA. Translation: AAD34140.1. AK023182 mRNA. Translation: BAB14451.1. Different initiation. AK289740 mRNA. Translation: BAF82429.1. CR933653 mRNA. Translation: CAI45953.1. AL359513 Genomic DNA. Translation: CAH71658.1. CH471274 Genomic DNA. Translation: EAW55895.1. BC037279 mRNA. Translation: AAH37279.1. BC050439 mRNA. Translation: AAH50439.1. | ||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00328932. IPI00646971. | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_057159.2. NM_016075.2. | ||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.109520. | ||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q86VN1. | ||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-29249N. | ||||||||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000367299. | ||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | Q86VN1. | ||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 73920464. | ||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | Q86VN1. | ||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | Q86VN1. | ||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||
| DNASU | 51028. | ||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000378060; ENSP00000367299; ENSG00000136100. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 51028. | ||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:51028. | ||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc001vgq.3. human. | ||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||
| CTD | 51028. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC13M052986. | ||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:20312. VPS36. | ||||||||||||||||||||||||
| HPA | HPA039734. HPA043947. | ||||||||||||||||||||||||
| MIM | 610903. gene. | ||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_Q86VN1. | ||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA134990943. | ||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | NOG262969. | ||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG083632. | ||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | Q86VN1. | ||||||||||||||||||||||||
| KO | K12190. | ||||||||||||||||||||||||
| OMA | CCIAIPL. | ||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4XPQG2. | ||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | Q86VN1. | ||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_11123. Membrane Trafficking. | ||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||
| Bgee | Q86VN1. | ||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_VPS36. | ||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q86VN1. | ||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000136100. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | 1.10.10.10. 2 hits. | ||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR007286. EAP30. IPR021648. VPS36_GLUE. IPR011991. WHTH_DNA-bd_dom. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF04157. EAP30. 1 hit. PF11605. Vps36_ESCRT-II. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS51495. GLUE. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||
| ChiTaRS | VPS36. human. | ||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | Q86VN1. | ||||||||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 51028. | ||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 53573. | ||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | VPS36_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q86VN1 Secondary accession number(s): A8K125 Q9Y3E3 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 13 Human chromosome 13: entries, gene names and cross-references to MIM |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
