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UniProtKB/Swiss-Prot Q5SHP6 (RL29_THET8)
Last modified
February 9, 2010.
Version 42.
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Names and origin · Protein attributes · General annotation (Comments) · Ontologies · Sequence annotation (Features) · Sequences · References · Cross-references · Entry information · Relevant documents
Names and origin
| Protein names | Recommended name: 50S ribosomal protein L29 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) [Complete proteome] [HAMAP] | ||||
| Taxonomic identifier | 300852 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Bacteria › Deinococcus-Thermus › Deinococci › Thermales › Thermaceae › Thermus |
Protein attributes
| Sequence length | 72 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | One of the proteins that surrounds the polypeptide exit tunnel on the outside of the subunit. HAMAP MF_00374 |
| Subunit structure | Part of the 50S ribosomal subunit. HAMAP MF_00374 |
| Sequence similarities | Belongs to the ribosomal protein L29P family. |
| Mass spectrometry | Molecular mass is 8652 Da from positions 1 - 72. Determined by MALDI. Ref.4 |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Molecular function | Ribonucleoprotein Ribosomal protein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | translation Inferred from electronic annotation. Source: HAMAP |
| Cellular component | ribosome Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Molecular function | structural constituent of ribosome Inferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 72 | 72 | 50S ribosomal protein L29 HAMAP MF_00374 | PRO_0000130483 | |||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||
| Sequence conflict | 6 | 1 | V → M AA sequence Ref.2 | ||||||||||||||
| Sequence conflict | 19 | 1 | V → M AA sequence Ref.2 | ||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||
| Turn | 14 – 16 | 3 | |||||||||||||||
| Helix | 17 – 31 | 15 | |||||||||||||||
| Beta strand | 32 – 35 | 4 | |||||||||||||||
| Helix | 45 – 47 | 3 | |||||||||||||||
| Beta strand | 50 – 54 | 5 | |||||||||||||||
Sequences
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Complete genome sequence of Thermus thermophilus HB8." Masui R., Kurokawa K., Nakagawa N., Tokunaga F., Koyama Y., Shibata T., Oshima T., Yokoyama S., Yasunaga T., Kuramitsu S. Submitted (NOV-2004) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [2] | "Systematic, computer-assisted optimisation of the isolation of Thermus thermophilus 50S ribosomal proteins by reversed-phase high-performance liquid chromatography." Boysen R.I., Erdmann V.A., Hearn M.T. J. Biochem. Biophys. Methods 37:69-89(1998) [PubMed: 9825301] [Abstract] Cited for: PROTEIN SEQUENCE OF 1-59. |
| [3] | "Identification of the 50S ribosomal proteins from the eubacterium Thermus thermophilus." Katsani K.R., Tsiboli P., Anagnostopoulos K., Urlaub H., Choli-Papadopoulou T. Biol. Chem. 381:1079-1087(2000) [PubMed: 11154066] [Abstract] Cited for: PROTEIN SEQUENCE OF 1-20. |
| [4] | "Extending ribosomal protein identifications to unsequenced bacterial strains using matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry." Suh M.-J., Hamburg D.M., Gregory S.T., Dahlberg A.E., Limbach P.A. Proteomics 5:4818-4831(2005) [PubMed: 16287167] [Abstract] Cited for: MASS SPECTROMETRY. |
| [5] | "The path of messenger RNA through the ribosome." Yusupova G.Z., Yusupov M.M., Cate J.H.D., Noller H.F. Cell 106:233-241(2001) [PubMed: 11511350] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (5.0 ANGSTROMS) OF THE RIBOSOME. |
| [6] | "Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution." Yusupov M.M., Yusupova G.Z., Baucom A., Lieberman K., Earnest T.N., Cate J.H.D., Noller H.F. Science 292:883-896(2001) [PubMed: 11283358] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (5.5 ANGSTROMS) OF THE RIBOSOME. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AP008226 Genomic DNA. Translation: BAD71507.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | YP_144950.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | Q5SHP6. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 3169832. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeReviews | Gene locus TTHA1684 in contig AP008226_GR. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | ttj:TTHA1684. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CMR | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG244712. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BioCyc | TTHE300852:TTHA1684-MONOMER. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HAMAP | MF_00374_B. Ribosomal_L29_B. [Tree] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR001854. Ribosomal_L29. IPR018254. Ribosomal_L29_CS. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:1.10.287.310. Ribosomal_L29. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00831. Ribosomal_L29. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR00012. L29. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00579. RIBOSOMAL_L29. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | RL29_THET8 | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q5SHP6 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HAMAP (High-quality Automated and Manual Annotation of microbial Proteomes) | ||||||||
Relevant documents
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| Ribosomal proteins Ribosomal proteins families and list of entries |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


