Reviewed,
UniProtKB/Swiss-Prot Q5S007 (LRRK2_HUMAN)
Last modified
November 25, 2008.
Version 45.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (7) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2 EC=2.7.11.1 Alternative name(s): Dardarin | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 2527 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Probable protein kinase whose role is not yet known. May play a role in the phosphorylation of proteins central to Parkinson disease. May also have GTPase activity. |
| Catalytic activity | ATP + a protein = ADP + a phosphoprotein. |
| Subunit structure | Interacts with PARK2. |
| Subcellular location | Cytoplasm. Membrane; Peripheral membrane protein. Note= Localized in the cytoplasm and associated with cellular membrane structures. Associates with the mitochondrial outer membrane. |
| Tissue specificity | Expressed throughout the adult brain, but at a lower level than in heart and liver. Also expressed in placenta, lung, skeletal muscle, kidney and pancreas. In the brain, expressed in the cerebellum, cerebral cortex, medulla, spinal cord occipital pole, frontal lobe, temporal lobe and putamen. Expression is particularly high in brain dopaminoceptive areas. |
| Involvement in disease | Defects in LRRK2 are the cause of Parkinson disease 8 (PARK8) [MIM:607060, 168600]. Parkinson disease (PD) is a complex, multifactorial disorder that typically manifests after the age of 50 years, although early-onset cases (before 50 years) are known. PD generally arises as a sporadic condition but is occasionally inherited as a simple mendelian trait. Although sporadic and familial PD are very similar, inherited forms of the disease usually begin at earlier ages and are associated with atypical clinical features. PD is characterized by bradykinesia, resting tremor, muscular rigidity and postural instability, as well as by a clinically significant response to treatment with levodopa. The pathology involves the loss of dopaminergic neurons in the substantia nigra and the presence of Lewy bodies (intraneuronal accumulations of aggregated proteins), in surviving neurons in various areas of the brain. PARK8 is an autosomal-dominant late-onset parkinsonism, characterized by onset from 50 to 65 years, with slow progression and relatively benign course. |
| Sequence similarities | Belongs to the protein kinase superfamily. TKL Ser/Thr protein kinase family. Contains 16 LRR (leucine-rich) repeats. Contains 1 Miro domain. Contains 1 protein kinase domain. |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 2527 | 2527 | Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2 | PRO_0000086238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 226 – 249 | 24 | LRR 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 791 – 815 | 25 | LRR 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 981 – 1004 | 24 | LRR 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1010 – 1033 | 24 | LRR 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1035 – 1057 | 23 | LRR 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1059 – 1081 | 23 | LRR 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1082 – 1105 | 24 | LRR 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1107 – 1127 | 21 | LRR 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1128 – 1151 | 24 | LRR 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1172 – 1194 | 23 | LRR 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1195 – 1219 | 25 | LRR 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1221 – 1243 | 23 | LRR 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1244 – 1268 | 25 | LRR 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1270 – 1291 | 22 | LRR 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 1335 – 1455 | 121 | Miro | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1556 – 1579 | 24 | LRR 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1861 – 1887 | 27 | LRR 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 1879 – 2138 | 260 | Protein kinase | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 1341 – 1348 | 8 | GTP Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 1885 – 1893 | 9 | ATP By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 2098 – 2121 | 24 | GTP Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 2295 – 2298 | 4 | GTP Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coiled coil | 319 – 348 | 30 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 728 – 731 | 4 | Poly-Leu | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 1994 | 1 | Proton acceptor By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 1906 | 1 | ATP By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 50 | 1 | H → R: dbSNP rs2256408. | VAR_024931 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 119 | 1 | L → P: dbSNP rs33995463. | VAR_024932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 419 | 1 | A → V: dbSNP rs34594498. | VAR_033903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 551 | 1 | N → K: dbSNP rs7308720. | VAR_024933 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 723 | 1 | I → V: dbSNP rs10878307. | VAR_024934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 755 | 1 | P → L: dbSNP rs34410987. | VAR_033904 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 793 | 1 | R → M in PARK8 and PD; idiopathic and late onset sporadic; could be a polymorphism. dbSNP rs35173587. | VAR_024935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 930 | 1 | Q → R in PARK8; could be a poymorphism. | VAR_024936 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 944 | 1 | D → Y: dbSNP rs17519916. | VAR_024937 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1067 | 1 | R → Q in PD; familial nondominant. | VAR_024938 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1096 | 1 | S → C in PARK8; could be a polymorphism. | VAR_024939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1122 | 1 | I → V in PARK8. dbSNP rs34805604. | VAR_024940 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1228 | 1 | S → T in PARK8. | VAR_024941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1262 | 1 | P → A: dbSNP rs4640000. | VAR_024942 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1371 | 1 | I → V in PARK8 and PD; could be a polymorphism. dbSNP rs17466213. | VAR_024943 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1375 | 1 | D → E: dbSNP rs28365226. | VAR_047022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1398 | 1 | R → H: dbSNP rs7133914. | VAR_024944 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1441 | 1 | R → C in PARK8 and PD; autosomal dominant inheritance; show an increase in activity in both autophosphorylation and phosphorylation of a generic substrate. dbSNP rs34995376. | VAR_024945 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1441 | 1 | R → G in PARK8 and PD; sporadic late-onset patients. | VAR_024946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1441 | 1 | R → H in PARK8 and PD; sporadic; pathogenicity has yet to be confirmed. | VAR_024947 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1514 | 1 | R → Q in PARK8; pathogenicity has yet to be confirmed; might have an effect on protein structure. dbSNP rs35507033. | VAR_024948 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1542 | 1 | P → S in PARK8; pathogenicity has yet to be confirmed; might have an effect on protein structure. dbSNP rs33958906. | VAR_024949 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1550 | 1 | R → Q in an ovarian mucinous carcinoma sample; somatic mutation. | VAR_040678 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1598 | 1 | V → E in PARK8; pathogenicity has yet to be confirmed; might have an effect on protein structure. dbSNP rs721710. | VAR_024950 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1628 | 1 | R → P: dbSNP rs33949390. | VAR_024951 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1646 | 1 | M → T | VAR_024952 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1647 | 1 | S → T: dbSNP rs11564148. | VAR_024953 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1699 | 1 | Y → C in PARK8. dbSNP rs35801418. | VAR_024954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1723 | 1 | R → P in an ovarian serous carcinoma sample; somatic mutation. | VAR_040679 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1869 | 1 | M → T in PARK8 and PD; pathogenicity has yet to be confirmed. | VAR_024955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1941 | 1 | R → H in PARK8. | VAR_024956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 2012 | 1 | I → T in PARK8; pathogenicity uncertain. | VAR_024957 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 2019 | 1 | G → S in PARK8 and PD; idiopathic or sporadic; the most common genetic determinant of PD identified so far; show an increase in activity in both autophosphorylation and phosphorylation of a generic substrate. | VAR_024958 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 2020 | 1 | I → T in PARK8; significant increase in autophosphorylation of about 40% in comparison to wild-type protein in vitro. | VAR_024959 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 2081 | 1 | N → D | VAR_024960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 2119 | 1 | P → L: dbSNP rs12423862. | VAR_024961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 2261 | 1 | N → I: dbSNP rs12581902. | VAR_024962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 2356 | 1 | T → I in PARK8. | VAR_024963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 2385 | 1 | G → R in PARK8; pathogenicity has yet to be confirmed. | VAR_024964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 2397 | 1 | M → T: dbSNP rs3761863. | VAR_024965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 1260 – 1271 | 12 | IPPEI…LENLT → VRRLLPLKKYTL Ref.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1336 – 1341 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1347 – 1354 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1370 – 1377 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1389 – 1395 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1398 – 1402 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1406 – 1411 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1412 – 1420 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1421 – 1423 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1425 – 1429 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1431 – 1441 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1446 – 1452 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Clusters with