Reviewed,
UniProtKB/Swiss-Prot Q58484 (AROE_METJA)
Last modified
February 9, 2010.
Version 74.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (4) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Shikimate dehydrogenase EC=1.1.1.25 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Methanocaldococcus jannaschii (Methanococcus jannaschii) [Complete proteome] [HAMAP] | ||||
| Taxonomic identifier | 2190 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Archaea › Euryarchaeota › Methanococci › Methanococcales › Methanocaldococcaceae › Methanocaldococcus |
Protein attributes
| Sequence length | 282 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Catalytic activity | Shikimate + NADP+ = 3-dehydroshikimate + NADPH. HAMAP MF_00222 |
| Pathway | Metabolic intermediate biosynthesis; chorismate biosynthesis; chorismate from D-erythrose 4-phosphate and phosphoenolpyruvate: step 4/7. HAMAP MF_00222 |
| Subunit structure | Homodimer. Ref.2 |
| Sequence similarities | Belongs to the shikimate dehydrogenase family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Amino-acid biosynthesis Aromatic amino acid biosynthesis |
| Ligand | NADP |
| Molecular function | Oxidoreductase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | aromatic amino acid family biosynthetic process Inferred from electronic annotation. Source: HAMAP oxidation reductionInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Cellular component | cytoplasm Inferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Molecular function | NADP or NADPH binding Inferred from electronic annotation. Source: InterPro shikimate 5-dehydrogenase activityInferred from electronic annotation. Source: HAMAP |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 282 | 282 | Shikimate dehydrogenase HAMAP MF_00222 | PRO_0000136060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 130 – 134 | 5 | NADP HAMAP MF_00222 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 152 – 157 | 6 | NADP HAMAP MF_00222 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 247 – 251 | 5 | NADP By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 70 | 1 | Proton acceptor Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 106 | 1 | Substrate By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 196 | 1 | NADP; via carbonyl oxygen HAMAP MF_00222 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 200 | 1 | NADP HAMAP MF_00222 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 224 | 1 | NADP; via carbonyl oxygen HAMAP MF_00222 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 7 – 15 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 21 – 31 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 36 – 42 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 45 – 50 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 51 – 58 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 62 – 65 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 72 – 76 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 78 – 80 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 82 – 87 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 92 – 96 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 99 – 103 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 106 – 118 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 125 – 129 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 133 – 142 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 144 – 151 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 155 – 169 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 173 – 176 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 177 – 180 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 191 – 194 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 217 – 223 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 227 – 230 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 232 – 238 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 239 – 241 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 243 – 245 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 248 – 263 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 269 – 280 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Complete genome sequence of the methanogenic archaeon, Methanococcus jannaschii." Bult C.J., White O., Olsen G.J., Zhou L., Fleischmann R.D., Sutton G.G., Blake J.A., FitzGerald L.M., Clayton R.A., Gocayne J.D., Kerlavage A.R., Dougherty B.A., Tomb J.-F., Adams M.D., Reich C.I., Overbeek R., Kirkness E.F., Weinstock K.G. Venter J.C.Science 273:1058-1073(1996) [PubMed: 8688087] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. Strain: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440. |
| [2] | "Crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (SDH) bound to NADP: insights into function and evolution." Padyana A.K., Burley S.K. Structure 11:1005-1013(2003) [PubMed: 12906831] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.35 ANGSTROMS) IN COMPLEX WITH NADP, SUBUNIT. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | L77117 Genomic DNA. Translation: AAB99086.1. | ||||||||||||
| PIR | C64435. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_248077.1. | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| GeneID | 1451980. | ||||||||||||
| GenomeReviews | Gene locus MJ1084 in contig L77117_GR. | ||||||||||||
| KEGG | mja:MJ1084. | ||||||||||||
| NMPDR | fig|243232.1.peg.1114. | ||||||||||||
| TIGR | MJ1084. | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| HOGENOM | HBG553408. | ||||||||||||
| OMA | FRLWTGV. | ||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||
| BRENDA | 1.1.1.25. 256362. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| HAMAP | MF_00222. Shikimate_DH_AroE. [Tree] | ||||||||||||
| InterPro | IPR016040. NAD(P)-bd_dom. IPR011342. Quinate/shikimate_5-DH. IPR013708. Shikimate_DH-bd_N. IPR006151. Shikm_DH/Glu-tRNA_Rdtase. [Graphical view] | ||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:3.40.50.720. NAD(P)-bd. 1 hit. | ||||||||||||
| Pfam | PF01488. Shikimate_DH. 1 hit. PF08501. Shikimate_dh_N. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR00507. aroE. 1 hit. | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | AROE_METJA | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q58484 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HAMAP (High-quality Automated and Manual Annotation of microbial Proteomes) | ||||||||
Relevant documents
| Methanococcus jannaschii Methanococcus jannaschii: entries and gene names |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


