Reviewed,
UniProtKB/Swiss-Prot Q55891 (PCYA_SYNY3)
Last modified
January 19, 2010.
Version 54.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (3) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase EC=1.3.7.5 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Synechocystis sp. (strain PCC 6803) [Complete proteome] [HAMAP] | ||||
| Taxonomic identifier | 1148 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Bacteria › Cyanobacteria › Chroococcales › Synechocystis |
Protein attributes
| Sequence length | 248 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Catalyzes the four-electron reduction of biliverdin IX-alpha (2-electron reduction at both the A and D rings); the reaction proceeds via an isolatable 2-electron intermediate, 181,182-dihydrobiliverdin By similarity. HAMAP MF_00618 |
| Catalytic activity | (3Z)-phycocyanobilin + oxidized ferredoxin = biliverdin IX-alpha + reduced ferredoxin. HAMAP MF_00618 |
| Sequence similarities | Belongs to the HY2 family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Molecular function | Oxidoreductase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | oxidation reduction Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW phytochromobilin biosynthetic processInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Molecular function | cobalt ion binding Inferred from electronic annotation. Source: InterPro phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase activityInferred from electronic annotation. Source: HAMAP |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 248 | 248 | Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase HAMAP MF_00618 | PRO_0000216747 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 8 – 10 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 14 – 16 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 19 – 32 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 43 – 45 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 48 – 55 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 58 – 66 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 68 – 80 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 81 – 83 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 84 – 93 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 95 – 97 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 101 – 109 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 112 – 121 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 131 – 138 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 146 – 148 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 153 – 157 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 163 – 165 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 170 – 192 | 23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 199 – 216 | 18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 220 – 230 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 232 – 241 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| [1] | "Sequence analysis of the genome of the unicellular cyanobacterium Synechocystis sp. strain PCC6803. I. Sequence features in the 1 Mb region from map positions 64% to 92% of the genome." Kaneko T., Tanaka A., Sato S., Kotani H., Sazuka T., Miyajima N., Sugiura M., Tabata S. DNA Res. 2:153-166(1995) [PubMed: 8590279] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [2] | "Sequence analysis of the genome of the unicellular cyanobacterium Synechocystis sp. strain PCC6803. II. Sequence determination of the entire genome and assignment of potential protein-coding regions." Kaneko T., Sato S., Kotani H., Tanaka A., Asamizu E., Nakamura Y., Miyajima N., Hirosawa M., Sugiura M., Sasamoto S., Kimura T., Hosouchi T., Matsuno A., Muraki A., Nakazaki N., Naruo K., Okumura S., Shimpo S. Tabata S.DNA Res. 3:109-136(1996) [PubMed: 8905231] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | BA000022 Genomic DNA. Translation: BAA10653.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | S76709. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_442583.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | Q55891. 1 interaction. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | Q55891. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 952260. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeReviews | Gene locus slr0116 in contig BA000022_GR. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | syn:slr0116. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NMPDR | fig|1148.1.peg.2684. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CMR | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | NOG27460. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG561233. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | NDKTRRV. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BioCyc | MetaCyc:MONOMER-13954. SSP1148:SLR0116-MONOMER. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HAMAP | MF_00618. Ferredoxin_bilin_red. [Tree] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR009249. Ferredoxin-dep_bilin_Rdtase. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF05996. Fe_bilin_red. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | PCYA_SYNY3 | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q55891 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HAMAP (High-quality Automated and Manual Annotation of microbial Proteomes) | ||||||||
Relevant documents
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |
| Synechocystis PCC 6803 Synechocystis (strain PCC 6803): entries and gene names |

Clusters with


