Q46891 (YGBM_ECOLI) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
Last modified
January 25, 2012.
Version 81.
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| Protein names | Recommended name: Protein ygbM | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Escherichia coli (strain K12) | ||||
| Taxonomic identifier | 83333 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Bacteria › Proteobacteria › Gammaproteobacteria › Enterobacteriales › Enterobacteriaceae › Escherichia |
Protein attributes
| Sequence length | 258 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Sequence similarities | Belongs to the hyi family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Ligand | Metal-binding |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Molecular function | metal ion binding Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| groL | P0A6F5 | 1 | EBI-1130107,EBI-543750 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 258 | 258 | Protein ygbM | PRO_0000209109 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 143 | 1 | Divalent metal cation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 178 | 1 | Divalent metal cation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 204 | 1 | Divalent metal cation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 240 | 1 | Divalent metal cation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 4 – 7 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 8 – 10 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 17 – 19 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 20 – 27 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 30 – 33 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 42 – 51 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 55 – 60 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 66 – 68 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 80 – 96 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 100 – 103 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 115 – 133 | 19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 134 – 136 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 139 – 142 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 147 – 149 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 158 – 168 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 173 – 178 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 179 – 185 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 189 – 195 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 196 – 198 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 199 – 205 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 208 – 210 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 214 – 219 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 221 – 230 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 237 – 239 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 248 – 251 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | U29579 Genomic DNA. Translation: AAA69249.1. U00096 Genomic DNA. Translation: AAC75781.1. AP009048 Genomic DNA. Translation: BAE76816.1. | ||||||||||||
| PIR | G65054. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_417219.1. NC_000913.2. | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q46891. | ||||||||||||
| SMR | Q46891. Positions 1-258. | ||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||
| DIP | DIP-12114N. | ||||||||||||
| IntAct | Q46891. 1 interaction. | ||||||||||||
| MINT | MINT-1286505. | ||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| EnsemblBacteria | EBESCT00000002194; EBESCP00000002194; EBESCG00000001798. EBESCT00000017563; EBESCP00000016854; EBESCG00000016619. | ||||||||||||
| GeneID | 947207. | ||||||||||||
| GenomeReviews | Gene locus JW2709 in contig AP009048_GR. Gene locus b2739 in contig U00096_GR. | ||||||||||||
| KEGG | ecj:JW2709. eco:b2739. | ||||||||||||
| PATRIC | 32120882. VBIEscCol129921_2833. | ||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||
| EchoBASE | EB2910. | ||||||||||||
| EcoGene | EG13107. ygbM. | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| eggNOG | COG3622. | ||||||||||||
| GeneTree | EBGT00050000008290. | ||||||||||||
| HOGENOM | HBG582536. | ||||||||||||
| OMA | GEWGVSA. | ||||||||||||
| PhylomeDB | Q46891. | ||||||||||||
| ProtClustDB | PRK09989. | ||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||
| BioCyc | EcoCyc:G7420-MONOMER. | ||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||
| Genevestigator | Q46891. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| InterPro | IPR013022. Xyl_isomerase-like_TIM-brl. IPR012307. Xyl_isomerase_TIM-brl. [Graphical view] | ||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:3.20.20.150. Xyl_isomerase-like_TIM-brl. 1 hit. | ||||||||||||
| Pfam | PF01261. AP_endonuc_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| SUPFAM | SSF51658. Xyl_isomerase-like_TIM-brl. 1 hit. | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | YGBM_ECOLI | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q46891 Secondary accession number(s): Q2MA90 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Prokaryotic Protein Annotation Program | ||||||||
Relevant documents
| Escherichia coli Escherichia coli (strain K12): entries and cross-references to EcoGene |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with