Q43725 (CYSKM_ARATH) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
Last modified
May 1, 2013.
Version 116.
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Names·Attributes·General annotation·Ontologies·Interactions·Alt products·Sequence annotation·Sequences·References·Cross-refs·Entry info·DocumentsCustomize orderNames and origin
| Protein names | Recommended name: Cysteine synthase, mitochondrial EC=2.5.1.47 Alternative name(s): CSase C Short name=AtCS-C Short name=CS-C O-acetylserine (thiol)-lyase O-acetylserine sulfhydrylase OAS-TL C | ||||||||
| Gene names |
| ||||||||
| Organism | Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) [Reference proteome] | ||||||||
| Taxonomic identifier | 3702 [NCBI] | ||||||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Viridiplantae › Streptophyta › Embryophyta › Tracheophyta › Spermatophyta › Magnoliophyta › eudicotyledons › core eudicotyledons › rosids › malvids › Brassicales › Brassicaceae › Camelineae › Arabidopsis![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 430 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Catalytic activity | O(3)-acetyl-L-serine + H2S = L-cysteine + acetate. |
| Cofactor | Pyridoxal phosphate. |
| Pathway | Amino-acid biosynthesis; L-cysteine biosynthesis; L-cysteine from L-serine: step 2/2. |
| Subcellular location | |
| Sequence similarities | Belongs to the cysteine synthase/cystathionine beta-synthase family. |
| Sequence caution | The sequence CAA57498.1 differs from that shown. Reason: Frameshift at positions 5, 424 and 426. The sequence CAB75795.1 differs from that shown. Reason: Erroneous gene model prediction. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Amino-acid biosynthesis Cysteine biosynthesis |
| Cellular component | Mitochondrion |
| Coding sequence diversity | Alternative splicing |
| Domain | Transit peptide |
| Ligand | Pyridoxal phosphate |
| Molecular function | Transferase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological_process | cysteine biosynthetic process from serine Inferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Cellular_component | mitochondrion Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell |
| Molecular_function | cysteine synthase activity Inferred from electronic annotation. Source: EC transferase activityInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| SAT3 | Q39218 | 4 | EBI-1633616,EBI-1633440 |
Alternative products
| This entry describes 1 isoform produced by alternative splicing. [Select] Note: A number of isoforms are produced. According to EST sequences. | ||||||
| Isoform 1 (identifier: Q43725-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Transit peptide | 1 – ? | Mitochondrion Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | ? – 430 | Cysteine synthase, mitochondrial | PRO_0000006353 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 289 – 293 | 5 | Pyridoxal phosphate binding By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 49 – 54 | 6 | Poly-Ser | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 380 – 385 | 6 | Poly-Ala | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 185 | 1 | Pyridoxal phosphate By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 377 | 1 | Pyridoxal phosphate By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 154 | 1 | N6-(pyridoxal phosphate)lysine By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 49 | 1 | Missing in CAA57498. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 49 | 1 | Missing in CAB71290. Ref.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 73 | 1 | A → G in CAA57498. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 195 | 1 | Missing Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 314 | 1 | E → R in CAA57498. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 356 – 357 | 2 | SE → ISKL in CAA57498. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 385 | 1 | Missing in CAA57498. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 409 | 1 | Missing in CAA57498. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 114 – 116 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 117 – 120 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 126 – 128 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 131 – 133 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 137 – 144 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 145 – 147 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 155 – 167 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 173 – 175 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 177 – 181 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 185 – 197 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 200 – 206 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 211 – 219 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 223 – 227 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 229 – 231 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 232 – 246 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 250 – 252 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 255 – 257 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 260 – 267 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 269 – 276 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 281 – 287 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 289 – 291 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 292 – 304 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 308 – 315 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 316 – 318 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 320 – 322 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 345 – 347 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 349 – 354 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 356 – 370 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 376 – 388 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 392 – 394 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 398 – 403 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 407 – 410 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 414 – 422 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Molecular cloning and expression analyses of mitochondrial and plastidic isoforms of cysteine synthase (O-acetylserine(thiol)lyase) from Arabidopsis thaliana." Hesse H., Lipke J., Altmann T., Hofgen R. Amino Acids 16:113-131(1999) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. Strain: cv. Columbia. Tissue: Flower. |
| [2] | "Sequence and analysis of chromosome 3 of the plant Arabidopsis thaliana." Salanoubat M., Lemcke K., Rieger M., Ansorge W., Unseld M., Fartmann B., Valle G., Bloecker H., Perez-Alonso M., Obermaier B., Delseny M., Boutry M., Grivell L.A., Mache R., Puigdomenech P., De Simone V., Choisne N., Artiguenave F. Tabata S.Nature 408:820-822(2000) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. Strain: cv. Columbia. |
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| [6] | "Experimental analysis of the Arabidopsis mitochondrial proteome highlights signaling and regulatory components, provides assessment of targeting prediction programs, and indicates plant-specific mitochondrial proteins." Heazlewood J.L., Tonti-Filippini J.S., Gout A.M., Day D.A., Whelan J., Millar A.H. Plant Cell 16:241-256(2004) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: IDENTIFICATION BY MASS SPECTROMETRY [LARGE SCALE ANALYSIS], SUBCELLULAR LOCATION [LARGE SCALE ANALYSIS]. Strain: cv. Landsberg erecta. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | X81973 mRNA. Translation: CAA57498.1. Frameshift. AL138647 Genomic DNA. Translation: CAB75795.1. Sequence problems. CP002686 Genomic DNA. Translation: AEE79963.1. AY099721 mRNA. Translation: AAM20572.1. AY128885 mRNA. Translation: AAM91285.1. AJ271727 mRNA. Translation: CAB71290.1. | ||||||||||||
| IPI | IPI00530032. | ||||||||||||
| PIR | T47800. T52650. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_191535.2. NM_115838.5. | ||||||||||||
| UniGene | At.25336. | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q43725. | ||||||||||||
| SMR | Q43725. Positions 102-423. | ||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||
| DIP | DIP-40500N. | ||||||||||||
| IntAct | Q43725. 3 interactions. | ||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||
| PaxDb | Q43725. | ||||||||||||
| PRIDE | Q43725. | ||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| EnsemblPlants | AT3G59760.3; AT3G59760.3; AT3G59760. | ||||||||||||
| GeneID | 825145. | ||||||||||||
| KEGG | ath:AT3G59760. | ||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||
| TAIR | At3g59760. | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| eggNOG | COG0031. | ||||||||||||
| HOGENOM | HOG000217394. | ||||||||||||
| InParanoid | Q43725. | ||||||||||||
| KO | K01738. | ||||||||||||
| PhylomeDB | Q43725. | ||||||||||||
| ProtClustDB | PLN03013. | ||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||
| BioCyc | MetaCyc:AT3G59760-MONOMER. | ||||||||||||
| UniPathway | UPA00136; UER00200. | ||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||
| ArrayExpress | Q43725. | ||||||||||||
| Genevestigator | Q43725. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| InterPro | IPR001216. Cys_synth_BS. IPR005856. Cys_synthKM. IPR005859. CysK. IPR001926. Trp_syn_b_sub_like_PLP_eny_SF. [Graphical view] | ||||||||||||
| Pfam | PF00291. PALP. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| SUPFAM | SSF53686. PyrdxlP-dep_enz_bsu. 1 hit. | ||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR01139. cysK. 1 hit. TIGR01136. cysKM. 1 hit. | ||||||||||||
| PROSITE | PS00901. CYS_SYNTHASE. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | CYSKM_ARATH | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q43725 Secondary accession number(s): Q8L4A2, Q9M1Z8, Q9M440 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Plant Protein Annotation Program | ||||||||
Relevant documents
| Arabidopsis thaliana Arabidopsis thaliana: entries and gene names |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
