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UniProtKB/Swiss-Prot Q43125 (CRY1_ARATH)
Last modified
June 16, 2009.
Version 88.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (3) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Cryptochrome-1 Alternative name(s): Blue light photoreceptor Protein OUT OF PHASE 2 Short name=OOP2 Protein BLUE LIGHT UNINHIBITED 1 Protein ELONGATED HYPOCOTYL 4 | ||||||||
| Gene names |
| ||||||||
| Organism | Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) [Complete proteome] | ||||||||
| Taxonomic identifier | 3702 [NCBI] | ||||||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Viridiplantae › Streptophyta › Embryophyta › Tracheophyta › Spermatophyta › Magnoliophyta › eudicotyledons › core eudicotyledons › rosids › eurosids II › Brassicales › Brassicaceae › Arabidopsis |
Protein attributes
| Sequence length | 681 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Mediates blue light-induced gene expression through the inhibition of COP1-mediated degradation of the transcription factor BIT1. Involved in blue light-dependent stomatal opening, CHS gene expression, inhibition of stem growth and increase of root growth. Ref.4 Ref.6 Ref.13 Ref.16 Ref.18 |
| Cofactor | Binds 1 FAD per subunit. Ref.4 Binds 1 5,10-methenyltetrahydrofolate (MTHF) per subunit. Ref.4 |
| Enzyme regulation | Light exposure induces a conformational change in the C-terminal domain CCT1 required for activity. Ref.14 |
| Subunit structure | Homodimer. Interacts with ADO1, COP1 and PHYA. Ref.7 Ref.8 Ref.9 Ref.10 Ref.15 |
| Subcellular location | Cytoplasm. Nucleus. Note: The nuclear pool is involved in hypocotyl and petiole growth inhibition and anthocyanin production, while the cytoplasmic pool is involved in root growth and cotyledon expansion. Ref.17 |
| Tissue specificity | Widely expressed. |
| Domain | The N-terminal domain CNT1 (1-489) is sufficient for autophosphorylation and is required for dimerization. The C-terminal domain CCT1 (490-681) of the homodimer binds to COP1. |
| Post-translational modification | Autophosphorylated; in response to blue light. Ref.7 Ref.11 Ref.12 |
| Disruption phenotype | Plants show reduced root elongation in blue light. Ref.16 |
| Sequence similarities | Belongs to the DNA photolyase class-1 family. Contains 1 DNA photolyase domain. |
| Caution | Was originally (Ref.1) thought to be a DNA photolyase. |
| Sequence caution | The sequence AAB28725.2 differs from that shown. Reason: Frameshift at position 546. The sequence AAD17364.1 differs from that shown. Reason: Erroneous gene model prediction. The sequence CAB78016.1 differs from that shown. Reason: Erroneous gene model prediction. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| itself | 3 | EBI-300703,EBI-300703 | ||
| ADO1 | Q94BT6 | 1 | EBI-300703,EBI-300691 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 681 | 681 | Cryptochrome-1 | PRO_0000085121 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 247 – 251 | 5 | FAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 235 | 1 | FAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 359 | 1 | ATP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 359 | 1 | FAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 360 | 1 | ATP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 390 | 1 | FAD; via carbonyl oxygen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 392 | 1 | FAD; via amide nitrogen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 409 | 1 | ATP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 80 ↔ 190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 66 | 1 | S → N: Loss of dimerization and activity. Ref.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 340 | 1 | G → E: Loss of activity. Ref.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 347 | 1 | G → R: Loss of dimerization and activity. Ref.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 462 | 1 | A → V: Loss of dimerization and activity. Ref.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 40 | 1 | I → N in AAK32756. Ref.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 654 | 1 | R → G in AAM70572. Ref.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 14 – 20 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 28 – 36 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 39 – 45 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 47 – 50 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 57 – 76 | 20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 81 – 85 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 89 – 100 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 104 – 108 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 113 – 127 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 128 – 130 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 132 – 136 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 144 – 146 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 150 – 152 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 158 – 166 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 187 – 189 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 200 – 206 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 209 – 212 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 217 – 228 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 231 – 234 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 235 – 240 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 242 – 244 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 251 – 255 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 261 – 278 | 18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 281 – 305 | 25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 308 – 312 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 318 – 321 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 328 – 336 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 342 – 354 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 359 – 371 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 377 – 387 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 393 – 404 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 419 – 426 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 431 – 436 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 438 – 440 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 445 – 448 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 451 – 453 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 456 – 462 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 467 – 469 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 477 – 495 | 19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| S66907 mRNA. Translation: AAB28724.1. S66909 mRNA. Translation: AAB28725.2. Frameshift. AF128396 Genomic DNA. Translation: AAD17364.1. Sequence problems. AL161513 Genomic DNA. Translation: CAB78016.1. Sequence problems. AF361588 mRNA. Translation: AAK32756.1. AY124863 mRNA. Translation: AAM70572.1. | |||||||||||||||||||
| IPI | IPI00529765. | ||||||||||||||||||
| PIR | H85089. S39058. | ||||||||||||||||||
| UniGene | At.27730 At.71242 | ||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||
| DisProt | DP00474. | ||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||
| IntAct | Q43125. 3 interactions. | ||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||
| PRIDE | Q43125. | ||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||
| GenomeReviews | Gene locus AT4G08920 in contig CT486007_GR. | ||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||
| TAIR | At4g08920. | ||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q43125. | ||||||||||||||||||
| GermOnline | AT4G08920. Arabidopsis thaliana. | ||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||
| InterPro | IPR002081. Cryptochrome/DNA_photolyase_1. IPR014134. Cryptochrome_pln. IPR018394. DNA_photolyase_1_CS_C. IPR006050. DNA_photolyase_N. IPR005101. Photolyase_FAD-bd/Cryptochr_C. IPR014729. Rossmann-like_a/b/a_fold. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:3.40.50.620. Rossmann-like_a/b/a_fold. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| Pfam | PF00875. DNA_photolyase. 1 hit. PF03441. FAD_binding_7. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| PRINTS | PR00147. DNAPHOTLYASE. | ||||||||||||||||||
| ProDom | PD004390. FAD_binding_N. 1 hit. [Graphical view] [Entries sharing at least one domain] | ||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR02766. crypt_chrom_pln. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00394. DNA_PHOTOLYASES_1_1. 1 hit. PS00691. DNA_PHOTOLYASES_1_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | CRY1_ARATH | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q43125 Secondary accession number(s): Q43126 Q9ZPF0 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | PPAP (Plant Proteome Annotation Project) | ||||||||
Relevant documents
| Arabidopsis thaliana Arabidopsis thaliana: entries and gene names |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


