Reviewed,
UniProtKB/Swiss-Prot Q20728 (TBCB_CAEEL)
Last modified
July 22, 2008.
Version 53.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (4) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Tubulin-specific chaperone B Alternative name(s): Tubulin folding cofactor B Short name=CoB | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Caenorhabditis elegans [Complete proteome] | ||
| Taxonomic identifier | 6239 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Nematoda › Chromadorea › Rhabditida › Rhabditoidea › Rhabditidae › Peloderinae › Caenorhabditis |
Protein attributes
| Sequence length | 229 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Binds to alpha-tubulin folding intermediates after their interaction with cytosolic chaperonin in the pathway leading from newly synthesized tubulin to properly folded heterodimer By similarity. |
| Subunit structure | Supercomplex made of cofactors A to E. Cofactors A and D function by capturing and stabilizing tubulin in a quasi-native conformation. Cofactor E binds to the cofactor D-tubulin complex; interaction with cofactor C then causes the release of tubulin polypeptides that are committed to the native state By similarity. |
| Subcellular location | CytoplasmBy similarity. Cytoplasm › cytoskeletonBy similarity. |
| Sequence similarities | Belongs to the TBCB family. Contains 1 CAP-Gly domain. |
Ontologies
Keywords | |
|---|---|
| Cellular component | Cytoplasm Cytoskeleton Microtubule |
| Molecular function | Chaperone |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
Gene Ontology (GO) | |
| None. [Check GOA] | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 229 | 229 | Tubulin-specific chaperone B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 170 – 212 | 43 | CAP-Gly | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 4 – 13 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 18 – 23 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 28 – 39 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 43 – 45 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 46 – 51 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 53 – 60 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 65 – 67 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 68 – 72 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 77 – 83 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 137 – 143 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 151 – 154 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 162 – 170 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 173 – 177 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 179 – 187 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 189 – 195 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 207 – 211 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 213 – 215 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 216 – 219 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology." The C. elegans sequencing consortium Science 282:2012-2018(1998) [PubMed: 9851916] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. Strain: Bristol N2. |
| [2] | "Crystal structure of the cytoskeleton-associated protein glycine-rich (CAP-Gly) domain." Li S., Finley J., Liu Z.J., Qiu S.H., Chen H., Luan C.H., Carson M., Tsao J., Johnson D., Lin G., Zhao J., Thomas W., Nagy L.A., Sha B., DeLucas L.J., Wang B.C., Luo M. J. Biol. Chem. 277:48596-48601(2002) [PubMed: 12221106] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (1.77 ANGSTROMS) OF 135-229. |
| [3] | "Solution structure of a ubiquitin-like domain from tubulin-binding cofactor B." Lytle B.L., Peterson F.C., Qiu S.H., Luo M., Zhao Q., Markley J.L., Volkman B.F. J. Biol. Chem. 279:46787-46793(2004) [PubMed: 15364906] [Abstract] Cited for: STRUCTURE BY NMR OF 1-120. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Z77663 Genomic DNA. Translation: CAB01212.1. | |||||||||||||||||||||||||
| PIR | T22581. | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_506367.1. | ||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Cel.3444 | ||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | F53F4.3. Caenorhabditis elegans. [Contig view] | ||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 186176. | ||||||||||||||||||||||||
| KEGG | cel:F53F4.3. | ||||||||||||||||||||||||
| NMPDR | fig|6239.3.peg.20325. | ||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||
| WormBase | WBGene00009987. F53F4.3. | ||||||||||||||||||||||||
| WormPep | F53F4.3. CE10958. [WorfDB] | ||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q20728. | ||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR000938. Cytoskel-assoc-prot_CAP-Gly. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF01302. CAP_GLY. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00845. CAP_GLY_1. 1 hit. PS50245. CAP_GLY_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| ProDom | Q20728. [Graphical view] [Entries sharing at least one domain] | ||||||||||||||||||||||||
| BLOCKS | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | TBCB_CAEEL | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q20728 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | Caenorhabditis annotation project | ||||||||
Relevant documents
| Caenorhabditis elegans Caenorhabditis elegans: entries, gene names and cross-references to WormPep |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |
| Recent format changes Overview of recent format changes |

Clusters with


