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UniProtKB/Swiss-Prot Q16827 (PTPRO_HUMAN)
Last modified
February 9, 2010.
Version 90.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (4) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase O Short name=R-PTP-O EC=3.1.3.48 Alternative name(s): Glomerular epithelial protein 1 Protein tyrosine phosphatase U2 Short name=PTPase U2 Short name=PTP-U2 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 1216 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Catalytic activity | Protein tyrosine phosphate + H2O = protein tyrosine + phosphate. |
| Subcellular location | |
| Tissue specificity | Glomerulus of kidney. Also detected in brain, lung and placenta. |
| Induction | By various differentiation-inducing agents. |
| Sequence similarities | Belongs to the protein-tyrosine phosphatase family. Receptor class 3 subfamily. Contains 8 fibronectin type-III domains. Contains 1 tyrosine-protein phosphatase domain. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Cellular component | Membrane |
| Coding sequence diversity | Alternative splicing |
| Domain | Repeat Signal Transmembrane |
| Molecular function | Hydrolase Protein phosphatase Receptor |
| PTM | Glycoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | protein amino acid dephosphorylation Ref.1 Traceable author statement. Source: ProtInc |
| Cellular component | integral to plasma membrane Ref.2 Traceable author statement. Source: ProtInc |
| Molecular function | protein binding Inferred from physical interaction. Source: IntAct transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity Ref.2Traceable author statement. Source: ProtInc |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
Alternative products
| This entry describes 2 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: Q16827-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: Q16827-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 876-903: Missing. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 29 | 29 | Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 30 – 1216 | 1187 | Receptor-type tyrosine-protein phosphatase O | PRO_0000025458 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 30 – 822 | 793 | Extracellular Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 823 – 843 | 21 | Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 844 – 1216 | 373 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 50 – 124 | 75 | Fibronectin type-III 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 142 – 211 | 70 | Fibronectin type-III 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 246 – 306 | 61 | Fibronectin type-III 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 327 – 399 | 73 | Fibronectin type-III 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 434 – 508 | 75 | Fibronectin type-III 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 528 – 608 | 81 | Fibronectin type-III 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 630 – 703 | 74 | Fibronectin type-III 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 723 – 793 | 71 | Fibronectin type-III 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 938 – 1195 | 258 | Tyrosine-protein phosphatase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 1136 | 1 | Phosphocysteine intermediate By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 26 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 75 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 154 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 189 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 201 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 227 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 278 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 287 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 323 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 324 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 370 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 461 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 490 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 700 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 712 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 733 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 876 – 903 | 28 | Missing in isoform 2. | VSP_035586 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 159 | 1 | E → G in CAA88425. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 159 | 1 | E → G in AAA82892. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 196 | 1 | S → C in CAA88425. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 205 | 1 | L → V in CAA88425. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 314 | 1 | V → F in CAA88425. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 441 | 1 | V → F in CAA88425. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 672 | 1 | A → T in CAA88425. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 698 | 1 | I → T in CAA88425. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 705 | 1 | A → T in CAA88425. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 753 | 1 | E → K in CAA88425. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 756 – 758 | 3 | CQQ → FQH in CAA88425. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 775 | 1 | S → P in CAA88425. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 790 | 1 | N → S in CAA88425. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 861 – 863 | 3 | VNF → ANC in CAA88425. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 876 | 1 | W → C in CAA88425. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 876 | 1 | W → C in AAA82892. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 896 | 1 | L → P in CAA88425. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 896 | 1 | L → P in AAA82892. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 920 – 922 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 923 – 945 | 23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 946 – 951 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 955 – 958 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 960 – 965 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 975 – 977 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 988 – 991 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 994 – 998 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1007 – 1010 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1015 – 1017 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1018 – 1027 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1032 – 1035 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1039 – 1041 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1053 – 1056 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1058 – 1060 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1063 – 1072 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1074 – 1085 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1088 – 1097 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1112 – 1125 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1132 – 1135 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1137 – 1140 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1141 – 1158 | 18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1160 – 1162 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1164 – 1172 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1182 – 1200 | 19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||
References
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| [1] | "Cloning, expression and chromosomal localization of a novel gene for protein tyrosine phosphatase (PTP-U2) induced by various differentiation-inducing agents." Seimiya H., Sawabe T., Inazawa J., Tsuruo T. Oncogene 10:1731-1738(1995) [PubMed: 7753550] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORM 1). Tissue: Kidney. |
| [2] | "Molecular cloning of cDNAs encoding human GLEPP1, a membrane protein tyrosine phosphatase: characterization of the GLEPP1 protein distribution in human kidney and assignment of the GLEPP1 gene to human chromosome 12p12-p13." Wiggins R.C., Wiggins J.E., Goyal M., Wharram B.L., Thomas P.E. Genomics 27:174-181(1995) [PubMed: 7665166] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORM 2). Tissue: Kidney. |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | Z48541 mRNA. Translation: CAA88425.1. U20489 mRNA. Translation: AAA82892.1. CH471094 Genomic DNA. Translation: EAW96349.1. BC126201 mRNA. Translation: AAI26202.1. BC126203 mRNA. Translation: AAI26204.1. | ||||||||||||||||||
| IPI | IPI00001767. IPI00884189. | ||||||||||||||||||
| PIR | A57064. S60613. | ||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_002839.1. NP_109592.1. NP_109593.1. NP_109594.1. NP_109595.1. NP_109596.1. | ||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.160871 | ||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||
| SMR | Q16827. Positions 343-797, 434-804, 878-1193. | ||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||
| IntAct | Q16827. 20 interactions. | ||||||||||||||||||
| STRING | Q16827. | ||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||
| PRIDE | Q16827. | ||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000281171; ENSP00000281171; ENSG00000151490; Homo sapiens. [Genome view] | ||||||||||||||||||
| GeneID | 5800. | ||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:5800. | ||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||
| CTD | 5800. | ||||||||||||||||||
| GeneCards | GC12P015366. | ||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0026345. | ||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:9678. PTPRO. | ||||||||||||||||||
| MIM | 600579. gene. | ||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA34023. | ||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||
| eggNOG | prNOG15070. | ||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG717674. | ||||||||||||||||||
| HOVERGEN | Q16827. | ||||||||||||||||||
| InParanoid | Q16827. | ||||||||||||||||||
| OMA | PKSLFAV. | ||||||||||||||||||
| PhylomeDB | Q16827. | ||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||
| BRENDA | 3.1.3.48. 247. | ||||||||||||||||||
| Pathway_Interaction_DB | kitpathway. Signaling events mediated by Stem cell factor receptor (c-Kit). | ||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q16827. | ||||||||||||||||||
| Bgee | Q16827. | ||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_PTPRO. | ||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q16827. | ||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000151490. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||
| InterPro | IPR000387. Dual-sp/Tyr_phosphatase. IPR008957. Fibronectin_typ-III-like_fold. IPR003961. FN_III. IPR016130. Tyr_Pase_AS. IPR000242. Tyr_Pase_rcpt/non-rcpt. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:2.60.40.30. FN_III-like. 2 hits. | ||||||||||||||||||
| Pfam | PF00041. fn3. 2 hits. PF00102. Y_phosphatase. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| PRINTS | PR00700. PRTYPHPHTASE. | ||||||||||||||||||
| SMART | SM00060. FN3. 4 hits. SM00194. PTPc. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50853. FN3. 6 hits. PS00383. TYR_PHOSPHATASE_1. 1 hit. PS50056. TYR_PHOSPHATASE_2. 1 hit. PS50055. TYR_PHOSPHATASE_PTP. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||
| NextBio | 22592. | ||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | PTPRO_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q16827 Secondary accession number(s): A0AV39, Q13101 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 12 Human chromosome 12: entries, gene names and cross-references to MIM |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


