Q16602 (CALRL_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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January 25, 2012.
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| Protein names | Recommended name: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor Short name=CGRP type 1 receptor Alternative name(s): Calcitonin receptor-like receptor | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 461 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Receptor for calcitonin-gene-related peptide (CGRP) together with RAMP1 and receptor for adrenomedullin together with RAMP2 or RAMP3 By similarity. The activity of this receptor is mediated by G proteins which activate adenylyl cyclase. |
| Subunit structure | Heterodimer of CALCRL and RAMP1, RAMP2 or RAMP3 By similarity. Ref.7 |
| Subcellular location | |
| Tissue specificity | Predominantly expressed in the lung and heart. |
| Sequence similarities | Belongs to the G-protein coupled receptor 2 family. |
| Sequence caution | The sequence BAF84319.1 differs from that shown. Reason: Erroneous initiation. |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 22 | 22 | Ref.6 | ||||||||||||||||||
| Chain | 23 – 461 | 439 | Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor | PRO_0000012811 | |||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||
| Topological domain | 23 – 146 | 124 | Extracellular Potential | ||||||||||||||||||
| Transmembrane | 147 – 166 | 20 | Helical; Name=1; Potential | ||||||||||||||||||
| Topological domain | 167 – 173 | 7 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||
| Transmembrane | 174 – 193 | 20 | Helical; Name=2; Potential | ||||||||||||||||||
| Topological domain | 194 – 213 | 20 | Extracellular Potential | ||||||||||||||||||
| Transmembrane | 214 – 236 | 23 | Helical; Name=3; Potential | ||||||||||||||||||
| Topological domain | 237 – 253 | 17 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||
| Transmembrane | 254 – 273 | 20 | Helical; Name=4; Potential | ||||||||||||||||||
| Topological domain | 274 – 289 | 16 | Extracellular Potential | ||||||||||||||||||
| Transmembrane | 290 – 313 | 24 | Helical; Name=5; Potential | ||||||||||||||||||
| Topological domain | 314 – 336 | 23 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||
| Transmembrane | 337 – 354 | 18 | Helical; Name=6; Potential | ||||||||||||||||||
| Topological domain | 355 – 366 | 12 | Extracellular Potential | ||||||||||||||||||
| Transmembrane | 367 – 388 | 22 | Helical; Name=7; Potential | ||||||||||||||||||
| Topological domain | 389 – 461 | 73 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 66 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||
| Glycosylation | 118 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||
| Glycosylation | 123 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 48 ↔ 74 | Ref.7 | |||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 65 ↔ 105 | Ref.7 | |||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 88 ↔ 127 | Ref.7 | |||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||
| Natural variant | 8 | 1 | N → Y. Ref.4 Corresponds to variant rs698577 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_054822 | |||||||||||||||||
| Natural variant | 16 | 1 | F → L. Corresponds to variant rs13391909 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_049453 | |||||||||||||||||
| Natural variant | 274 | 1 | R → I. Corresponds to variant rs34010553 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_049454 | |||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 144 | 1 | L → Q in BAF84319. Ref.4 | ||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||
| Helix | 37 – 52 | 16 | |||||||||||||||||||
| Beta strand | 83 – 87 | 5 | |||||||||||||||||||
| Beta strand | 90 – 92 | 3 | |||||||||||||||||||
| Beta strand | 99 – 105 | 7 | |||||||||||||||||||
| Turn | 115 – 117 | 3 | |||||||||||||||||||
| Helix | 125 – 127 | 3 | |||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "A cDNA encoding the calcitonin gene-related peptide type 1 receptor." Aiyar N., Rand K., Elshourbagy N.A., Zeng Z., Adamou J.E., Bergsma D.J., Li Y. J. Biol. Chem. 271:11325-11329(1996) [PubMed: 8626685] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. Tissue: Lung. |
| [2] | "A human orphan calcitonin receptor-like structure." Fluehmann B., Muff R., Hunziker W., Fischer J.A., Born W. Biochem. Biophys. Res. Commun. 206:341-347(1995) [PubMed: 7818539] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. Tissue: Cerebellum. |
| [3] | "cDNA clones of human proteins involved in signal transduction sequenced by the Guthrie cDNA resource center (www.cdna.org)." Kopatz S.A., Aronstam R.S., Sharma S.V. Submitted (SEP-2003) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. Tissue: Heart. |
| [4] | "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs." Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., Otsuki T., Sugiyama T., Irie R., Wakamatsu A., Hayashi K., Sato H., Nagai K., Kimura K., Makita H., Sekine M., Obayashi M., Nishi T., Shibahara T., Tanaka T., Ishii S. Sugano S.Nat. Genet. 36:40-45(2004) [PubMed: 14702039] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA], VARIANT TYR-8. Tissue: Placenta and Trachea. |
| [5] | "Generation and annotation of the DNA sequences of human chromosomes 2 and 4." Hillier L.W., Graves T.A., Fulton R.S., Fulton L.A., Pepin K.H., Minx P., Wagner-McPherson C., Layman D., Wylie K., Sekhon M., Becker M.C., Fewell G.A., Delehaunty K.D., Miner T.L., Nash W.E., Kremitzki C., Oddy L., Du H. Wilson R.K.Nature 434:724-731(2005) [PubMed: 15815621] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [6] | "Signal peptide prediction based on analysis of experimentally verified cleavage sites." Zhang Z., Henzel W.J. Protein Sci. 13:2819-2824(2004) [PubMed: 15340161] [Abstract] Cited for: PROTEIN SEQUENCE OF 23-37. |
| [7] | "Crystal structure of the ectodomain complex of the CGRP receptor, a class-B GPCR, reveals the site of drug antagonism." ter Haar E., Koth C.M., Abdul-Manan N., Swenson L., Coll J.T., Lippke J.A., Lepre C.A., Garcia-Guzman M., Moore J.M. Structure 18:1083-1093(2010) [PubMed: 20826335] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.1 ANGSTROMS) OF 23-133 IN COMPLEX WITH RAMP1 AND ANTAGONIST, SUBUNIT, DISULFIDE BONDS. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | L76380 mRNA. Translation: AAC41994.1. U17473 mRNA. Translation: AAA62158.1. AY389506 mRNA. Translation: AAQ91332.1. AK291630 mRNA. Translation: BAF84319.1. Different initiation. AK292998 mRNA. Translation: BAF85687.1. AC007319 Genomic DNA. Translation: AAY14806.1. AC074020 Genomic DNA. Translation: AAY14996.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00873582. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | JC2477. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_005786.1. NM_005795.4. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.470882. | ||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q16602. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SMR | Q16602. Positions 29-128. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-37674N. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | Q16602. 2 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | Q16602. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protein family/group databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| GPCRDB | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | Q16602. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 226693507. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | Q16602. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000392370; ENSP00000376177; ENSG00000064989. ENST00000409998; ENSP00000386972; ENSG00000064989. ENST00000410068; ENSP00000387190; ENSG00000064989. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 10203. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:10203. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc002upv.2. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 10203. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC02M188171. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:16709. CALCRL. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | HPA008070. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 114190. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_Q16602. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA26033. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | prNOG06505. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneTree | ENSGT00580000081433. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG446561. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG102129. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | Q16602. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | SIVTIIH. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4WSW9H. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | Q16602. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_111102. Signal Transduction. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q16602. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | Q16602. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_CALCRL. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q16602. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000064989. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR003287. GCPR_2_calcitonin_rcpt-like. IPR017981. GPCR_2-like. IPR003289. GPCR_2_CGRP1_rcpt. IPR001879. GPCR_2_extracellular_dom. IPR000832. GPCR_2_secretin-like. IPR017983. GPCR_2_secretin-like_CS. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K04577. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR12011:SF67. Calctnin_rcpt. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00002. 7tm_2. 1 hit. PF02793. HRM. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PRINTS | PR01351. CGRPRECEPTOR. PR01350. CTRFAMILY. PR00249. GPCRSECRETIN. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00008. HormR. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00649. G_PROTEIN_RECEP_F2_1. 1 hit. PS00650. G_PROTEIN_RECEP_F2_2. 1 hit. PS50227. G_PROTEIN_RECEP_F2_3. 1 hit. PS50261. G_PROTEIN_RECEP_F2_4. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 38620. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | CALRL_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q16602 Secondary accession number(s): A8K6G5 Q53TS5 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
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