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UniProtKB/Swiss-Prot Q15256 (PTPRR_HUMAN)
Last modified
June 16, 2009.
Version 91.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (6) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase R EC=3.1.3.48 Alternative name(s): Protein-tyrosine phosphatase PCPTP1 NC-PTPCOM1 Ch-1PTPase | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 657 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Sequesters mitogen-activated protein kinases (MAPKs) such as MAPK1, MAPK3 and MAPK14 in the cytoplasm in an inactive form. The MAPKs bind to a dephosphorylated kinase interacting motif, phosphorylation of which by the protein kinase A complex releases the MAPKs for activation and translocation into the nucleus By similarity. |
| Catalytic activity | Protein tyrosine phosphate + H2O = protein tyrosine + phosphate. |
| Subunit structure | Interacts with MAPKs By similarity. |
| Subcellular location | Isoform Alpha: Cell membrane; Single-pass type I membrane protein. Isoform Delta: Cytoplasm › perinuclear region. Note: Locates to the perinuclear areas within the cytoplasm. Isoform Gamma: Cytoplasm › perinuclear region. Note: Locates to the perinuclear areas within the cytoplasm. |
| Tissue specificity | Expressed in brain, placenta, small intestine, stomach, uterus and weakly in the prostate. Isoform alpha has been observed only in the brain, isoform gamma in the brain, placenta and uterus and isoform delta in the brain, kidney, placenta, prostate, small intestine and uterus. Ref.2 |
| Sequence similarities | Belongs to the protein-tyrosine phosphatase family. Receptor class 7 subfamily. Contains 1 tyrosine-protein phosphatase domain. |
| Sequence caution | The sequence CAA57957.1 differs from that shown. Reason: Frameshift at position 651. The sequence CAB01957.1 differs from that shown. Reason: Frameshift at position 651. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| CDH2 | P19022 | 1 | EBI-2265659,EBI-2256711 | |
| PDGFRB | P09619 | 1 | EBI-2265659,EBI-641237 |
Alternative products
| This entry describes 3 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform Alpha (identifier: Q15256-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform Gamma (identifier: Q15256-3) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-245: Missing. | ||||||
| Note: Locates to the perinuclear areas within the cytoplasm. | ||||||
| Isoform Delta (identifier: Q15256-4) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-206: Missing. 207-209: SPE → MNQ | ||||||
| Note: Locates to the perinuclear areas within the cytoplasm. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 21 | 21 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 22 – 657 | 636 | Receptor-type tyrosine-protein phosphatase R | PRO_0000025459 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 22 – 227 | 206 | Extracellular Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 228 – 248 | 21 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 249 – 657 | 409 | Cytoplasmic Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 393 – 647 | 255 | Tyrosine-protein phosphatase | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 588 | 1 | Phosphocysteine intermediate By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 339 | 1 | Phosphoserine; by PKA By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 370 | 1 | Phosphotyrosine Ref.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 129 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 245 | 245 | Missing in isoform Gamma. | VSP_005156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 206 | 206 | Missing in isoform Delta. | VSP_005155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 207 – 209 | 3 | SPE → MNQ in isoform Delta. | VSP_005158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 249 | 1 | Y → H: dbSNP rs35987017. | VAR_057140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 314 | 1 | K → R: dbSNP rs3803036. Ref.2 Ref.1 Ref.3 Ref.4 Ref.5 Ref.7 | VAR_014283 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 386 | 1 | V → I: dbSNP rs35387004. | VAR_057141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 439 | 1 | V → I: dbSNP rs35390084. | VAR_057142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 380 – 386 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 390 – 398 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 407 – 409 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 415 – 418 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 428 – 430 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 431 – 433 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 442 – 445 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 446 – 452 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 455 – 457 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 461 – 465 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 470 – 472 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 473 – 483 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 487 – 492 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 494 – 499 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 507 – 512 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 515 – 524 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 529 – 537 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 540 – 549 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 554 – 556 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 562 – 576 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 584 – 587 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 589 – 592 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 593 – 611 | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 612 – 614 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 616 – 626 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 634 – 648 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| [3] | "Type 2 diabetes locus on 12q15: further mapping and mutation screening of two candidate genes." Bektas A., Hughes J.N., Warram J.H., Krolewski A.S., Doria A. Diabetes 50:204-208(2001) [PubMed: 11147789] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA], VARIANT ARG-314. |
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Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D64053 mRNA. Translation: BAA10930.1. U42361 mRNA. Translation: AAD09447.1. U77917 mRNA. Translation: AAB54007.1. U77916 mRNA. Translation: AAB54006.1. AF263029 AF263028 Genomic DNA. Translation: AAG47642.1. Z79693 mRNA. Translation: CAB01957.1. Frameshift. AK312376 mRNA. Translation: BAG35294.1. AC083809 Genomic DNA. No translation available. AC084877 Genomic DNA. No translation available. AC090676 Genomic DNA. No translation available. AC140066 Genomic DNA. No translation available. X82635 mRNA. Translation: CAA57957.1. Frameshift. | |||||||||||||
| IPI | IPI00033560. IPI00107759. IPI00217021. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_002840.1. NP_570897.1. | ||||||||||||
| UniGene | Hs.506076 | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| |||||||||||||
| SMR | Q15256. Positions 361-656. | ||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||
| IntAct | Q15256. 2 interactions. | ||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||
| PhosphoSite | Q15256. | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| Ensembl | ENSG00000153233. Homo sapiens. [Contig view] | ||||||||||||
| GeneID | 5801. | ||||||||||||
| KEGG | hsa:5801. | ||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||
| GeneCards | GC12M069318. | ||||||||||||
| H-InvDB | HIX0010818. | ||||||||||||
| HGNC | HGNC:9680. PTPRR. | ||||||||||||
| HPA | CAB011461. HPA011851. | ||||||||||||
| MIM | 602853. gene. | ||||||||||||
| PharmGKB | PA34025. | ||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| HOVERGEN | Q15256. | ||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||
| BRENDA | 3.1.3.48. 247. | ||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||
| ArrayExpress | Q15256. | ||||||||||||
| Bgee | Q15256. | ||||||||||||
| CleanEx | HS_PTPRQ. HS_PTPRR. | ||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000153233. Homo sapiens. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| InterPro | IPR000387. Tyr_Pase. IPR016130. Tyr_Pase_AS. IPR008356. Tyr_Pase_KIM-con. IPR000242. Tyr_Pase_rcpt/non-rcpt. IPR016334. Tyr_Pase_rcpt_R/non-rcpt_5. [Graphical view] | ||||||||||||
| Pfam | PF00102. Y_phosphatase. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| PIRSF | PIRSF001997. PTPRR. 1 hit. | ||||||||||||
| PRINTS | PR01778. KIMPTPASE. PR00700. PRTYPHPHTASE. | ||||||||||||
| SMART | SM00194. PTPc. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| PROSITE | PS00383. TYR_PHOSPHATASE_1. 1 hit. PS50056. TYR_PHOSPHATASE_2. 1 hit. PS50055. TYR_PHOSPHATASE_PTP. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||
| NextBio | 22606. | ||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | PTPRR_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q15256 Secondary accession number(s): B2R5Z7 Q9UE65 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 12 Human chromosome 12: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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