Reviewed,
UniProtKB/Swiss-Prot Q15118 (PDK1_HUMAN)
Last modified
January 19, 2010.
Version 89.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (7) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: [Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 1, mitochondrial EC=2.7.11.2 Alternative name(s): Pyruvate dehydrogenase kinase isoform 1 | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 436 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Inhibits the mitochondrial pyruvate dehydrogenase complex by phosphorylation of the E1 alpha subunit, thus contributing to the regulation of glucose metabolism. |
| Catalytic activity | ATP + [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] = ADP + [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] phosphate. |
| Enzyme regulation | Inhibited by AZD7545, dichloroacetate and radicicol. |
| Subcellular location | |
| Tissue specificity | Expressed predominantly in the heart. |
| Sequence similarities | Belongs to the PDK/BCKDK protein kinase family. Contains 1 histidine kinase domain. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Carbohydrate metabolism Glucose metabolism |
| Cellular component | Mitochondrion |
| Coding sequence diversity | Polymorphism |
| Domain | Transit peptide |
| Ligand | ATP-binding Nucleotide-binding |
| Molecular function | Kinase Transferase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | glucose metabolic process Ref.1 Traceable author statement. Source: ProtInc peptidyl-histidine phosphorylationInferred from electronic annotation. Source: InterPro small GTPase mediated signal transductionTraceable author statement. Source: ProtInc |
| Cellular component | mitochondrial matrix Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell |
| Molecular function | ATP binding Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity Ref.1Traceable author statement. Source: ProtInc two-component sensor activityInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Transit peptide | 1 – 28 | 28 | Mitochondrion Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 29 – 436 | 408 | [Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 1, mitochondrial | PRO_0000023437 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 163 – 393 | 231 | Histidine kinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 279 – 286 | 8 | ATP By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 337 – 338 | 2 | ATP By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 354 – 359 | 6 | ATP By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 318 | 1 | ATP By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 134 | 1 | A → T: dbSNP rs35661499. | VAR_050477 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 412 | 1 | N → T: dbSNP rs34250425. Ref.7 | VAR_042295 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 42 – 50 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 59 – 66 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 72 – 94 | 23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 99 – 102 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 105 – 121 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 122 – 124 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 132 – 148 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 149 – 151 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 152 – 166 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 172 – 202 | 31 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 219 – 224 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 225 – 244 | 20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 250 – 259 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 265 – 268 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 270 – 291 | 22 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 293 – 296 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 301 – 307 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 309 – 318 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 325 – 328 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 329 – 332 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 334 – 337 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 358 – 368 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 372 – 378 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 379 – 381 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 382 – 392 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 393 – 395 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 405 – 411 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Diversity of the pyruvate dehydrogenase kinase gene family in humans." Gudi R., Bowker-Kinley M.M., Kedishvili N.Y., Zhao Y., Popov K.M. J. Biol. Chem. 270:28989-28994(1995) [PubMed: 7499431] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. Tissue: Liver. |
| [2] | "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs." Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., Otsuki T., Sugiyama T., Irie R., Wakamatsu A., Hayashi K., Sato H., Nagai K., Kimura K., Makita H., Sekine M., Obayashi M., Nishi T., Shibahara T., Tanaka T., Ishii S. Sugano S.Nat. Genet. 36:40-45(2004) [PubMed: 14702039] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. |
| [3] | Mural R.J., Istrail S., Sutton G.G., Florea L., Halpern A.L., Mobarry C.M., Lippert R., Walenz B., Shatkay H., Dew I., Miller J.R., Flanigan M.J., Edwards N.J., Bolanos R., Fasulo D., Halldorsson B.V., Hannenhalli S., Turner R. Venter J.C.Submitted (SEP-2005) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [4] | "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)." The MGC Project Team Genome Res. 14:2121-2127(2004) [PubMed: 15489334] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. Tissue: Skin. |
| [5] | Colinge J., Superti-Furga G., Bennett K.L. Submitted (OCT-2008) to UniProtKB Cited for: IDENTIFICATION [LARGE SCALE ANALYSIS], MASS SPECTROMETRY. |
| [6] | "Distinct structural mechanisms for inhibition of pyruvate dehydrogenase kinase isoforms by AZD7545, dichloroacetate, and radicicol." Kato M., Li J., Chuang J.L., Chuang D.T. Structure 15:992-1004(2007) [PubMed: 17683942] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (1.9 ANGSTROMS) OF 30-436 IN COMPLEX WITH THE INHIBITORS AZD7545 AND DICHLOROACETATE, FUNCTION, ENZYME REGULATION. |
| [7] | "Patterns of somatic mutation in human cancer genomes." Greenman C., Stephens P., Smith R., Dalgliesh G.L., Hunter C., Bignell G., Davies H., Teague J., Butler A., Stevens C., Edkins S., O'Meara S., Vastrik I., Schmidt E.E., Avis T., Barthorpe S., Bhamra G., Buck G. Stratton M.R.Nature 446:153-158(2007) [PubMed: 17344846] [Abstract] Cited for: VARIANT [LARGE SCALE ANALYSIS] THR-412. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | L42450 mRNA. Translation: AAC42009.1. AK312700 mRNA. Translation: BAG35578.1. CH471058 Genomic DNA. Translation: EAX11173.1. BC039158 mRNA. Translation: AAH39158.1. | ||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00014831. | ||||||||||||||||||||||||
| PIR | I55465. | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_002601.1. | ||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.470633 | ||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-29497N. | ||||||||||||||||||||||||
| STRING | Q15118. | ||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | Q15118. | ||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | Q15118. | ||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000282077; ENSP00000282077; ENSG00000152256; Homo sapiens. [Genome view] ENST00000410055; ENSP00000386985; ENSG00000152256; Homo sapiens. [Genome view] | ||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 5163. | ||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:5163. | ||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc002uhr.2. human. | ||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||
| CTD | 5163. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC02P173129. | ||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0002597. | ||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:8809. PDK1. | ||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB017554. HPA027376. | ||||||||||||||||||||||||
| MIM | 602524. gene. | ||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA33154. | ||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | prNOG08616. | ||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | Q15118. | ||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | Q15118. | ||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||
| BRENDA | 2.7.11.2. 247. | ||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_1505. Integration of energy metabolism. | ||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q15118. | ||||||||||||||||||||||||
| Bgee | Q15118. | ||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_PDK1. | ||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q15118. | ||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR003594. ATPase-like_ATP-bd. IPR018955. BCDHK/PDK_mit. IPR005467. Sig_transdc_His_kinase_core. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:3.30.565.10. ATP_bd_ATPase. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF10436. BCDHK_Adom3. 1 hit. PF02518. HATPase_c. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00387. HATPase_c. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50109. HIS_KIN. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 19974. | ||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | PDK1_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q15118 Secondary accession number(s): B2R6T1 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 2 Human chromosome 2: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| Human and mouse protein kinases Human and mouse protein kinases: classification and index |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


