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UniProtKB/Swiss-Prot Q14565 (DMC1_HUMAN)
Last modified
February 9, 2010.
Version 94.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (6) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 340 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | May participate in meiotic recombination, specifically in homologous strand assimilation, which is required for the resolution of meiotic double-strand breaks By similarity. |
| Subunit structure | Interacts with the MND1-PSMC3IP heterodimer By similarity. Double stacked ring-shaped homooctamer. Ref.8 |
| Subcellular location | Nucleus Potential. |
| Sequence similarities | Belongs to the recA family. DMC1 subfamily. Contains 1 HhH domain. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Cell cycle Meiosis |
| Cellular component | Nucleus |
| Coding sequence diversity | Polymorphism |
| Ligand | ATP-binding DNA-binding Nucleotide-binding |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | reciprocal meiotic recombination Ref.2 Traceable author statement. Source: ProtInc |
| Cellular component | condensed nuclear chromosome Ref.2 Traceable author statement. Source: ProtInc cytoplasmInferred from direct assay. Source: HPA |
| Molecular function | ATP binding Ref.2 Traceable author statement. Source: ProtInc DNA binding Ref.2Traceable author statement. Source: ProtInc DNA-dependent ATPase activityInferred from electronic annotation. Source: InterPro protein bindingInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 340 | 340 | Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog | PRO_0000122918 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 126 – 133 | 8 | ATP Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 230 | 1 | ssDNA or dsDNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 233 | 1 | ssDNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 236 | 1 | ssDNA or dsDNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 242 | 1 | ssDNA or dsDNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 311 | 1 | ssDNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 150 | 1 | G → D: dbSNP rs58396845. | VAR_061757 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 200 | 1 | M → V: dbSNP rs2227914. Ref.5 | VAR_018960 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 258 | 1 | E → A or Q: Decreases octamer stability. Ref.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 37 | 1 | I → N in BAA10970. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 183 | 1 | A → P in BAA09932. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 85 – 87 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 88 – 94 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 95 – 97 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 106 – 111 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 114 – 116 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 118 – 125 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 132 – 142 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 148 – 150 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 155 – 163 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 167 – 176 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 181 – 186 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 188 – 192 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 198 – 212 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 215 – 223 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 226 – 228 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 229 – 232 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 235 – 237 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 239 – 260 | 22 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 263 – 268 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 292 – 295 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 296 – 307 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 310 – 317 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 326 – 331 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 334 – 337 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | D63882 mRNA. Translation: BAA09932.1. D64108 mRNA. Translation: BAA10970.1. CR456486 mRNA. Translation: CAG30372.1. AK292617 mRNA. Translation: BAF85306.1. AY520538 Genomic DNA. Translation: AAR89915.1. AL022320 Genomic DNA. Translation: CAB45656.1. BC125163 mRNA. Translation: AAI25164.1. BC125164 mRNA. Translation: AAI25165.1. | ||||||||||||||||||
| IPI | IPI00031512. | ||||||||||||||||||
| PIR | S62354. | ||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_008999.2. | ||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.339396 | ||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||
| DIP | DIP-24192N. | ||||||||||||||||||
| IntAct | Q14565. 2 interactions. | ||||||||||||||||||
| STRING | Q14565. | ||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||
| PRIDE | Q14565. | ||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000216024; ENSP00000216024; ENSG00000100206; Homo sapiens. [Genome view] ENST00000428462; ENSP00000412703; ENSG00000100206; Homo sapiens. [Genome view] | ||||||||||||||||||
| GeneID | 11144. | ||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:11144. | ||||||||||||||||||
| NMPDR | fig|9606.3.peg.21711. | ||||||||||||||||||
| UCSC | uc003avz.1. human. | ||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||
| CTD | 11144. | ||||||||||||||||||
| GeneCards | GC22M037239. | ||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0027858. | ||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:2927. DMC1. | ||||||||||||||||||
| HPA | CAB015397. HPA001232. | ||||||||||||||||||
| MIM | 602721. gene. | ||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA27377. | ||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||
| eggNOG | prNOG04754. | ||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG413235. | ||||||||||||||||||
| HOVERGEN | Q14565. | ||||||||||||||||||
| InParanoid | Q14565. | ||||||||||||||||||
| OMA | NSEHQME. | ||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG9C2KVZ. | ||||||||||||||||||
| PhylomeDB | Q14565. | ||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q14565. | ||||||||||||||||||
| Bgee | Q14565. | ||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_DMC1. | ||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q14565. | ||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000100206. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||
| InterPro | IPR003593. ATPase_AAA+_core. IPR011940. DMC1_rcmbase. IPR013632. DNA_recomb/repair_Rad51_C. IPR016467. DNA_recomb/repair_RecA-like. IPR020588. DNA_recomb_RecA/RadB_ATP-bd. IPR010995. DNA_repair_Rad51/TF_NusA_a-hlx. IPR020587. RecA_monomer-monomer_interface. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| Pfam | PF08423. Rad51. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| PIRSF | PIRSF005856. Rad51. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| SMART | SM00382. AAA. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR02238. recomb_DMC1. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50162. RECA_2. 1 hit. PS50163. RECA_3. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||
| NextBio | 42364. | ||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | DMC1_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q14565 Secondary accession number(s): A8K9A2 Q9UH11 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 22 Human chromosome 22: entries, gene names and cross-references to MIM |
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| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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