Q13838 (DX39B_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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January 25, 2012.
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| Protein names | Recommended name: Spliceosome RNA helicase DDX39B EC=3.6.4.13 Alternative name(s): 56 kDa U2AF65-associated protein ATP-dependent RNA helicase p47 DEAD box protein UAP56 HLA-B-associated transcript 1 protein | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 428 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Component of the THO subcomplex of the TREX complex. The TREX complex specifically associates with spliced mRNA and not with unspliced pre-mRNA. It is recruited to spliced mRNAs by a transcription-independent mechanism. Binds to mRNA upstream of the exon-junction complex (EJC) and is recruited in a splicing- and cap-dependent manner to a region near the 5' end of the mRNA where it functions in mRNA export. The recruitment occurs via an interaction between THOC4 and the cap-binding protein NCBP1. DDX39B functions as a bridge between THOC4 and the THO complex. The TREX complex is essential for the export of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) intronless mRNAs and infectious virus production. The recruitment of the TREX complex to the intronless viral mRNA occurs via an interaction between KSHV ORF57 protein and THOC4. Ref.9 Ref.10 Ref.13 Ref.14 Ref.16 Ref.17 Ref.18 Ref.24 Splice factor that is required for the first ATP-dependent step in spliceosome assembly and for the interaction of U2 snRNP with the branchpoint. Has both RNA-stimulated ATP binding/hydrolysis activity and ATP-dependent RNA unwinding activity. Even with the stimulation of RNA, the ATPase activity is weak. Can only hydrolyze ATP but not other NTPs. The RNA stimulation of ATPase activity does not have a strong preference for the sequence and length of the RNA. However, ssRNA stimulates the ATPase activity much more strongly than dsRNA. Can unwind 5' or 3' overhangs or blunt end RNA duplexes in vitro. The ATPase and helicase activities are not influenced by U2AF2 and THOC4. Ref.9 Ref.10 Ref.13 Ref.14 Ref.16 Ref.17 Ref.18 Ref.24 |
| Catalytic activity | ATP + H2O = ADP + phosphate. |
| Subunit structure | Homodimer, and heterodimer with DDX39A. Component of the THO complex, which is composed of THOC1, THOC2, THOC5, THOC6 and THOC7. Together with THOC3, THOC4 and DDX39B, THO forms the transcription/export (TREX) complex. Component of the spliceosome. Interacts directly with U2AF2. Interacts directly with THOC4 and is necessARy for THOC4 recruitment to spliced mRNA. Interacts with RBM8A, RNPS1 and SRRM1. Interacts with FYTTD1/UIF and THOC1. Ref.9 Ref.10 Ref.11 Ref.12 Ref.14 Ref.15 Ref.21 Ref.25 |
| Subcellular location | |
| Domain | The helicase C-terminal domain mediates interaction with THOC4. Ref.14 |
| Sequence similarities | Belongs to the DEAD box helicase family. DECD subfamily. Contains 1 helicase ATP-binding domain. Contains 1 helicase C-terminal domain. |
| Biophysicochemical properties | Kinetic parameters: KM=3.3 µM for ATP Ref.17 Vmax=0.126 µM/min/mg enzyme with ATP as substrate |
| Sequence caution | The sequence CAI17665.2 differs from that shown. Reason: Erroneous gene model prediction. |
Ontologies
Alternative products
| This entry describes 2 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: Q13838-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: Q13838-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 114-114: V → VYLGRVLGRGFWLGLV | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2 – 428 | 427 | Spliceosome RNA helicase DDX39B | PRO_0000055071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 76 – 249 | 174 | Helicase ATP-binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 261 – 422 | 162 | Helicase C-terminal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 89 – 96 | 8 | ATP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif | 45 – 73 | 29 | Q motif | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif | 196 – 199 | 4 | DECD box | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 2 | 1 | N-acetylalanine Ref.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 36 | 1 | N6-acetyllysine Ref.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 53 | 1 | N6-acetyllysine Ref.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 172 | 1 | Phosphothreonine Ref.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 188 | 1 | N6-acetyllysine Ref.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 114 | 1 | V → VYLGRVLGRGFWLGLV in isoform 2. | VSP_026347 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 94 – 96 | 3 | GKT → AAA: Loss of ATPase and helicase activity. Ref.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 95 | 1 | K → A: Loss of ATPase and helicase activity. Ref.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 197 | 1 | E → A: Loss of ATPase and helicase activity. Ref.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 198 | 1 | C → A: No effect on ATPase activity. Ref.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 199 | 1 | D → A: Increased ATPase activity and loss of helicase activity. Ref.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 228 – 230 | 3 | SAT → AAA: Decreased ATPase activity and loss of helicase activity. Ref.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 289 | 1 | Q → R in BAD96632. Ref.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 54 – 62 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 70 – 80 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 85 – 88 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 95 – 106 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 116 – 119 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 123 – 136 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 137 – 139 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 145 – 149 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 154 – 163 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 167 – 171 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 173 – 181 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 192 – 197 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 198 – 202 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 205 – 216 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 220 – 229 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 233 – 235 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 236 – 240 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 247 – 250 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 263 – 268 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 271 – 273 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 274 – 284 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 288 – 293 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 297 – 309 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 314 – 317 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 323 – 334 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 339 – 345 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 353 – 355 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 357 – 363 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 368 – 378 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 380 – 382 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 386 – 391 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 394 – 407 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 411 – 413 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
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| IPI | IPI00641829. IPI00848161. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | I37201. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_004631.1. NM_004640.6. NP_542165.1. NM_080598.5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.254042. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q13838. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMR | Q13838. Positions 46-426. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | Q13838. 24 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-1032422. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | Q13838. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein family/group databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TCDB | 3.A.18.1.1. nuclear mRNA exporter (mRNA-E) family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | Q13838. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 2500529. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | Q13838. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000383508; ENSP00000373000; ENSG00000215425. ENST00000396172; ENSP00000379475; ENSG00000198563. ENST00000400295; ENSP00000383151; ENSG00000215425. ENST00000400296; ENSP00000383152; ENSG00000215425. ENST00000412106; ENSP00000393712; ENSG00000225073. ENST00000412330; ENSP00000398775; ENSG00000225859. ENST00000413678; ENSP00000391463; ENSG00000229496. ENST00000414440; ENSP00000411853; ENSG00000229496. ENST00000415689; ENSP00000390999; ENSG00000225073. ENST00000416863; ENSP00000407419; ENSG00000229496. ENST00000430784; ENSP00000399030; ENSG00000235439. ENST00000431360; ENSP00000404695; ENSG00000235439. ENST00000441425; ENSP00000388880; ENSG00000230624. ENST00000445218; ENSP00000411136; ENSG00000225859. ENST00000448296; ENSP00000405560; ENSG00000225859. ENST00000453138; ENSP00000387994; ENSG00000230624. ENST00000453381; ENSP00000391956; ENSG00000235439. ENST00000456476; ENSP00000400326; ENSG00000225073. ENST00000456666; ENSP00000394160; ENSG00000230624. ENST00000458640; ENSP00000416269; ENSG00000198563. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 7919. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:7919. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc003ntt.1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 7919. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC06M031500. GC06Mo31488. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:13917. DDX39B. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB034012. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 142560. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_Q13838. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA25262. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG107334. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | Q13838. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | IQKDEET. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4XSKPX. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | Q13838. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q13838. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | Q13838. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_BAT1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q13838. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000198563. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR014001. DEAD-like_helicase. IPR011545. DNA/RNA_helicase_DEAD/DEAH_N. IPR001650. Helicase_C. IPR014014. RNA_helicase_DEAD_Q_motif. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K12812. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00270. DEAD. 1 hit. PF00271. Helicase_C. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00487. DEXDc. 1 hit. SM00490. HELICc. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS51192. HELICASE_ATP_BIND_1. 1 hit. PS51194. HELICASE_CTER. 1 hit. PS51195. Q_MOTIF. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 30405. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | DX39B_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q13838 Secondary accession number(s): B0S8C0 Q71V76 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 6 Human chromosome 6: entries, gene names and cross-references to MIM |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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