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UniProtKB/Swiss-Prot Q13309 (SKP2_HUMAN)
Last modified
February 9, 2010.
Version 99.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (7) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: S-phase kinase-associated protein 2 Alternative name(s): F-box protein Skp2 Cyclin A/CDK2-associated protein p45 p45skp2 F-box/LRR-repeat protein 1 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 424 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Substrate recognition component of a SCF (SKP1-CUL1-F-box protein) E3 ubiquitin-protein ligase complex which mediates the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of target proteins involved in cell cycle progression, signal transduction and transcription. Specifically recognizes phosphorylated CDKN1B/p27kip and is involved in regulation of G1/S transition. Degradation of CDKN1B/p27kip also requires CKS1. Recognizes target proteins ORC1L, CDT1, RBL2, MLL, CDK9, RAG2, FOXO1A, UBP43, and probably MYC, TOB1 and TAL1. Degradation of TAL1 also requires STUB1. Recognizes CDKN1A in association with CCNE1 or CCNE2 and CDK2. Ref.7 Ref.8 Ref.9 Ref.10 Ref.11 Ref.12 Ref.13 Ref.14 Ref.15 Ref.16 Ref.18 Ref.19 Ref.20 |
| Pathway | |
| Subunit structure | Part of the SCF(SKP2) complex consisting of CUL1, RBX1, SKP1 and SKP2. Interacts directly with CUL1 and SKP1. Interacts with CKS1. Interacts with the cyclin A-CDK2 complex. Interacts with ORC1L, phosphorylated CDT1, phosphorylated RBL2, ELF4, phosphorylated RAG2, FOXO1A, UBP43, MYC, TOB1, TAL1 and MLL. Ref.7 Ref.8 Ref.9 Ref.10 Ref.11 Ref.13 Ref.15 Ref.16 Ref.18 Ref.19 Ref.20 Ref.1 Ref.27 |
| Sequence similarities | Contains 1 F-box domain. Contains 8 LRR (leucine-rich) repeats. |
| Sequence caution | The sequence BAB87202.1 differs from that shown. Reason: Miscellaneous discrepancy. Probable cloning artifact. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Ubl conjugation pathway |
| Coding sequence diversity | Alternative splicing Polymorphism |
| Domain | Leucine-rich repeat Repeat |
| PTM | Phosphoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | G1/S transition of mitotic cell cycle Ref.1 Traceable author statement. Source: ProtInc cell proliferation Ref.1Traceable author statement. Source: ProtInc modification-dependent protein catabolic processInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Molecular function | protein binding Ref.8 Inferred from physical interaction. Source: IntAct |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| CKS1B | P61024 | 2 | EBI-456291,EBI-456371 | |
| CUL1 | Q13616 | 2 | EBI-456291,EBI-359390 | |
| DUSP1 | P28562 | 1 | EBI-456291,EBI-975493 | |
| MYC | P01106 | 2 | EBI-456291,EBI-447544 | |
| ORC1L | Q13415 | 2 | EBI-456291,EBI-374847 |
Alternative products
| This entry describes 2 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: Q13309-1) Also known as: SKP2-alpha; This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: Q13309-2) Also known as: SKP2-beta; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 355-424: ELGEIPTLKT...RLTLQKPSCL → LVTRAGVRIR...FYFYRLVLKQ |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 424 | 424 | S-phase kinase-associated protein 2 | PRO_0000119954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 94 – 140 | 47 | F-box | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 180 – 204 | 25 | LRR 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 210 – 234 | 25 | LRR 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 258 – 284 | 27 | LRR 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 286 – 308 | 23 | LRR 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 309 – 330 | 22 | LRR 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 334 – 356 | 23 | LRR 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 359 – 378 | 20 | LRR 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 380 – 403 | 24 | LRR 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 64 | 1 | Phosphoserine Ref.17 Ref.22 Ref.23 Ref.25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 179 | 1 | Phosphoserine Ref.21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 355 – 424 | 70 | ELGEI…KPSCL → LVTRAGVRIRLDSDIGCPQT YRTSKLKSSHKLFCQHVRVI CIFVCDFYFYRLVLKQ in isoform 2. | VSP_008432 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 85 | 1 | P → L: dbSNP rs3913486. | VAR_016984 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 87 | 1 | L → I: dbSNP rs3913487. | VAR_016985 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 185 | 1 | H → D in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 215 | 1 | Missing in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 238 | 1 | S → P in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 241 | 1 | S → P in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 244 – 247 | 4 | SEFA → PKFP in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 251 | 1 | L → F in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 256 | 1 | S → P in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 268 | 1 | D → N in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 285 | 1 | I → M in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 319 | 1 | D → N in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 332 | 1 | F → S in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 102 – 109 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 114 – 116 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 117 – 121 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 125 – 131 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 134 – 136 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 138 – 141 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 149 – 157 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 161 – 164 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 185 – 187 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 195 – 202 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 209 – 212 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 220 – 226 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 233 – 236 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 245 – 254 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 260 – 262 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 271 – 280 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 287 – 289 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 294 – 296 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 299 – 308 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 313 – 316 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 325 – 333 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 339 – 341 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 350 – 358 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 364 – 366 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 376 – 382 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 386 – 389 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 415 – 417 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | U33761 mRNA. Translation: AAC50242.1. Different initiation. AB050979 mRNA. Translation: BAB87200.1. AB050980 mRNA. Translation: BAB87201.1. AB050981 mRNA. Translation: BAB87202.1. Sequence problems. AY029177 mRNA. Translation: AAK31593.1. AK291255 mRNA. Translation: BAF83944.1. CH471119 Genomic DNA. Translation: EAW55936.1. BC001441 mRNA. Translation: AAH01441.1. BC007441 mRNA. Translation: AAH07441.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00013294. IPI00178899. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | I39171. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_005974.2. NP_116026.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.23348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-17011N. DIP-17017N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | Q13309. 8 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | Q13309. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | Q13309. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | Q13309. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000274255; ENSP00000274255; ENSG00000145604; Homo sapiens. [Genome view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 6502. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:6502. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc003jkc.1. human. uc003jkd.1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 6502. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC05P036187. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0004811. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:10901. SKP2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB013533. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 601436. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA35801. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | prNOG16734. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | Q13309. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | ARPTVGN. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pathway_Interaction_DB | foxm1pathway. FOXM1 transcription factor network. foxopathway. FoxO family signaling. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_152. Cell Cycle, Mitotic. REACT_9035. APC/C:Cdh1-mediated degradation of Skp2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q13309. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | Q13309. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_SKP2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q13309. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000145604. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR001810. F-box. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00646. F-box. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00256. FBOX. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50181. FBOX. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 25275. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | SKP2_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q13309 Secondary accession number(s): A8K5E0 Q9BV69 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 5 Human chromosome 5: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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