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UniProtKB/Swiss-Prot Q13309 (SKP2_HUMAN)
Last modified
November 25, 2008.
Version 83.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (7) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: S-phase kinase-associated protein 2 Alternative name(s): F-box protein Skp2 Cyclin A/CDK2-associated protein p45 p45skp2 F-box/LRR-repeat protein 1 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 424 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Substrate recognition component of a SCF (SKP1-CUL1-F-box protein) E3 ubiquitin-protein ligase complex which mediates the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of target proteins involved in cell cycle progression, signal transduction and transcription. Specifically recognizes phosphorylated CDKN1B/p27kip and is involved in regulation of G1/S transition. Degradation of CDKN1B/p27kip also requires CKS1. Recognizes target proteins ORC1L, CDT1, RBL2, MLL, CDK9, RAG2, FOXO1A, UBP43, and probably MYC, TOB1 and TAL1. Degradation of TAL1 also requires STUB1. Recognizes CDKN1A in association with CCNE1 or CCNE2 and CDK2. |
| Pathway | |
| Subunit structure | Part of the SCF(SKP2) complex consisting of CUL1, RBX1, SKP1 and SKP2. Interacts directly with CUL1 and SKP1. Interacts with CKS1. Interacts with the cyclin A-CDK2 complex. Interacts with ORC1L, phosphorylated CDT1, phosphorylated RBL2, ELF4, phosphorylated RAG2, FOXO1A, UBP43, MYC, TOB1, TAL1 and MLL. |
| Sequence similarities | Contains 1 F-box domain. Contains 8 LRR (leucine-rich) repeats. |
Ontologies
Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Ubl conjugation pathway |
| Coding sequence diversity | Alternative splicing Polymorphism |
| Domain | Leucine-rich repeat Repeat |
| PTM | Phosphoprotein |
| Technical term | 3D-structure Direct protein sequencing |
Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | G1/S transition of mitotic cell cycle Ref.1 Traceable author statement. Source: ProtInc cell proliferation Ref.1Traceable author statement. Source: ProtInc ubiquitin-dependent protein catabolic processInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Molecular function | protein binding Ref.6 Inferred from physical interaction. Source: IntAct |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| CKS1B | P61024 | 2 | EBI-456291,EBI-456371 | |
| CUL1 | Q13616 | 2 | EBI-456291,EBI-359390 | |
| DUSP1 | P28562 | 1 | EBI-456291,EBI-975493 | |
| MYC | P01106 | 2 | EBI-456291,EBI-447544 | |
| ORC1L | Q13415 | 2 | EBI-456291,EBI-374847 |
Alternative products
| This entry describes 3 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: Q13309-1) Also known as: SKP2-alpha; This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: Q13309-2) Also known as: SKP2-beta; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 355-424: ELGEIPTLKT...RLTLQKPSCL → LVTRAGVRIR...FYFYRLVLKQ | ||||||
| Isoform 3 (identifier: Q13309-3) Also known as: SKP2-gamma; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 355-424: ELGEIPTLKT...RLTLQKPSCL → AGIYQNQNSH...FYFYRLVLKQ |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 424 | 424 | S-phase kinase-associated protein 2 | PRO_0000119954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 94 – 140 | 47 | F-box | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 180 – 204 | 25 | LRR 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 210 – 234 | 25 | LRR 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 258 – 284 | 27 | LRR 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 286 – 308 | 23 | LRR 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 309 – 330 | 22 | LRR 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 334 – 356 | 23 | LRR 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 359 – 378 | 20 | LRR 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 380 – 403 | 24 | LRR 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 64 | 1 | Phosphoserine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 179 | 1 | Phosphoserine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 355 – 424 | 70 | ELGEI…KPSCL → LVTRAGVRIRLDSDIGCPQT YRTSKLKSSHKLFCQHVRVI CIFVCDFYFYRLVLKQ in isoform 2. | VSP_008432 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 355 – 424 | 70 | ELGEI…KPSCL → AGIYQNQNSHSNYNVSQVSH EGFKVGAGLLSSLVTRAGVR IRLDSDIGCPQTYRTSKLKS SHKLFCQHVRVICIFVCDFY FYRLVLKQ in isoform 3. | VSP_008431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 85 | 1 | P → L: dbSNP rs3913486. | VAR_016984 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 87 | 1 | L → I: dbSNP rs3913487. | VAR_016985 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 185 | 1 | H → D in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 215 | 1 | Missing in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 238 | 1 | S → P in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 241 | 1 | S → P in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 244 – 247 | 4 | SEFA → PKFP in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 251 | 1 | L → F in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 256 | 1 | S → P in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 268 | 1 | D → N in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 285 | 1 | I → M in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 319 | 1 | D → N in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 332 | 1 | F → S in AAC50242. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 102 – 109 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 114 – 116 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 117 – 121 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 125 – 131 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 134 – 136 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 138 – 141 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 149 – 157 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 161 – 164 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 185 – 187 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 195 – 202 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 209 – 212 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 220 – 226 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 233 – 236 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 245 – 254 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 260 – 262 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 271 – 280 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 287 – 289 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 294 – 296 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 299 – 308 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 313 – 316 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 325 – 333 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 339 – 341 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 350 – 358 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 364 – 366 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 376 – 382 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 386 – 389 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 415 – 417 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||
References
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