Q13216 (ERCC8_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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| Protein names | Recommended name: DNA excision repair protein ERCC-8 Alternative name(s): Cockayne syndrome WD repeat protein CSA | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 396 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Substrate-recognition component of the CSA complex, a DCX (DDB1-CUL4-X-box) E3 ubiquitin-protein ligase complex, involved in transcription-coupled nucleotide excision repair. The CSA complex (DCX(ERCC8) complex) promotes the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of ERCC6 in a UV-dependent manner; ERCC6 degradation is essential for the recovery of RNA synthesis after transcription-coupled repair. It is required for the recruitment of XAB2, HMGN1 and TCEA1/TFIIS to a transcription-coupled repair complex which removes RNA polymerase II-blocking lesions from the transcribed strand of active genes. Ref.9 Ref.10 |
| Pathway | |
| Subunit structure | Part of the CSA complex (DCX(ERCC8) complex), a DCX E3 ubiquitin-protein ligase complex containing ERCC8, RBX1, DDB1 and CUL4A; the CSA complex interacts with RNA polymerase II; upon UV irradiation it interacts with the COP9 signalosome and preferentially with the hyperphosphorylated form of RNA polymerase II. Interacts with ERCC6 and KIAA1530/UVSSA. Interacts with a subunit of RNA polymerase II TFIIH. Interacts with DDB1. Ref.8 Ref.9 Ref.12 |
| Subcellular location | Nucleus Probable. |
| Involvement in disease | Cockayne syndrome A (CSA) [MIM:216400]: A rare disorder characterized by cutaneous sensitivity to sunlight, abnormal and slow growth, cachectic dwarfism, progeroid appearance, progressive pigmentary retinopathy and sensorineural deafness. There is delayed neural development and severe progressive neurologic degeneration resulting in mental retardation. Two clinical forms are recognized: in the classical form or Cockayne syndrome type 1, the symptoms are progressive and typically become apparent within the first few years or life; the less common Cockayne syndrome type 2 is characterized by more severe symptoms that manifest prenatally. Cockayne syndrome shows some overlap with certain forms of xeroderma pigmentosum. Unlike xeroderma pigmentosum, patients with Cockayne syndrome do not manifest increased freckling and other pigmentation abnormalities in the skin and have no significant increase in skin cancer. UV-sensitive syndrome 2 (UVSS2) [MIM:614621]: An autosomal recessive disorder characterized by cutaneous photosensitivity and mild freckling in the absence of neurological abnormalities or skin tumors. |
| Sequence similarities | Contains 5 WD repeats. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| ERCC6 | Q03468 | 2 | EBI-596556,EBI-295284 | |
| XAB2 | Q9HCS7 | 3 | EBI-295260,EBI-295232 |
Alternative products
| This entry describes 2 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: Q13216-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: Q13216-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 185-205: HRQEILAVSWSPRYDYILATA → IFILFQTATTLSKRFNKKKRY 206-396: Missing. | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 396 | 396 | DNA excision repair protein ERCC-8 | PRO_0000050970 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 41 – 72 | 32 | WD 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 97 – 128 | 32 | WD 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 184 – 215 | 32 | WD 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 243 – 273 | 31 | WD 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 332 – 362 | 31 | WD 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 390 | 1 | Phosphoserine Ref.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 391 | 1 | Phosphoserine Ref.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 392 | 1 | Phosphoserine Ref.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 185 – 205 | 21 | HRQEI…ILATA → IFILFQTATTLSKRFNKKKR Y in isoform 2. | VSP_013914 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 206 – 396 | 191 | Missing in isoform 2. | VSP_013915 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 150 | 1 | S → C. Corresponds to variant rs167037 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_053392 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 160 | 1 | A → T in CSA. Ref.16 | VAR_063507 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 160 | 1 | A → V in CSA. Ref.14 | VAR_025380 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 194 | 1 | W → C in CSA. Ref.16 | VAR_063508 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 200 | 1 | Y → C. Ref.4 Corresponds to variant rs4647105 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_016319 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 202 | 1 | L → S in CSA. Ref.16 | VAR_063509 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 205 | 1 | A → P in CSA. Ref.13 | VAR_025381 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 266 | 1 | D → G in CSA. Ref.16 | VAR_063510 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 361 | 1 | W → C in UVSS2. Ref.15 | VAR_068177 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 2 – 10 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 15 – 28 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 30 – 32 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 36 – 38 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 46 – 51 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 53 – 55 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 58 – 63 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 68 – 72 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 77 – 80 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 82 – 84 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 86 – 90 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 102 – 107 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 115 – 119 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 122 – 128 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 129 – 132 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 133 – 139 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 144 – 149 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 158 – 176 | 19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 180 – 182 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 189 – 194 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 201 – 206 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 211 – 215 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 223 – 225 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 228 – 231 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 237 – 239 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 248 – 253 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 257 – 264 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 269 – 273 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 274 – 276 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 302 – 305 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 307 – 312 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 315 – 320 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 321 – 323 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 326 – 330 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 337 – 343 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 344 – 347 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 348 – 353 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 358 – 363 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Web resources
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | U28413 mRNA. Translation: AAA82605.1. CR536563 mRNA. Translation: CAG38800.1. BT020021 mRNA. Translation: AAV38824.1. AY213194 Genomic DNA. Translation: AAO21128.1. AK314511 mRNA. Translation: BAG37111.1. CH471123 Genomic DNA. Translation: EAW55004.1. BC009793 mRNA. Translation: AAH09793.1. | ||||||||||||
| IPI | IPI00012284. IPI00386696. | ||||||||||||
| PIR | A57090. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_000073.1. NM_000082.3. | ||||||||||||
| UniGene | Hs.435237. | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q13216. | ||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||
| DIP | DIP-291N. | ||||||||||||
| IntAct | Q13216. 8 interactions. | ||||||||||||
| MINT | MINT-1417899. | ||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000265038. | ||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||
| PhosphoSite | Q13216. | ||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||
| DMDM | 3121917. | ||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||
| PaxDb | Q13216. | ||||||||||||
| PRIDE | Q13216. | ||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||
| DNASU | 1161. | ||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| Ensembl | ENST00000265038; ENSP00000265038; ENSG00000049167. | ||||||||||||
| GeneID | 1161. | ||||||||||||
| KEGG | hsa:1161. | ||||||||||||
| UCSC | uc003jsl.3. human. uc003jsn.3. human. | ||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||
| CTD | 1161. | ||||||||||||
| GeneCards | GC05M060169. | ||||||||||||
| H-InvDB | HIX0004887. | ||||||||||||
| HGNC | HGNC:3439. ERCC8. | ||||||||||||
| MIM | 216400. phenotype. 609412. gene. 614621. phenotype. | ||||||||||||
| neXtProt | NX_Q13216. | ||||||||||||
| Orphanet | 90321. Cockayne syndrome type 1. 90322. Cockayne syndrome type 2. 90324. Cockayne syndrome type 3. 178338. UV-sensitive syndrome. | ||||||||||||
| PharmGKB | PA27853. | ||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| eggNOG | COG2319. | ||||||||||||
| HOGENOM | HOG000248233. | ||||||||||||
| HOVERGEN | HBG005409. | ||||||||||||
| InParanoid | Q13216. | ||||||||||||
| KO | K10570. | ||||||||||||
| OMA | TMLRGHY. | ||||||||||||
| OrthoDB | EOG4SN1NR. | ||||||||||||
| PhylomeDB | Q13216. | ||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||
| Reactome | REACT_216. DNA Repair. | ||||||||||||
| UniPathway | UPA00143. | ||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||
| ArrayExpress | Q13216. | ||||||||||||
| Bgee | Q13216. | ||||||||||||
| CleanEx | HS_ERCC8. | ||||||||||||
| Genevestigator | Q13216. | ||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000049167. Homo sapiens. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| Gene3D | 2.130.10.10. 1 hit. | ||||||||||||
| InterPro | IPR020472. G-protein_beta_WD-40_rep. IPR015943. WD40/YVTN_repeat-like_dom. IPR001680. WD40_repeat. IPR019775. WD40_repeat_CS. IPR017986. WD40_repeat_dom. [Graphical view] | ||||||||||||
| Pfam | PF00400. WD40. 5 hits. [Graphical view] | ||||||||||||
| PRINTS | PR00320. GPROTEINBRPT. | ||||||||||||
| SMART | SM00320. WD40. 5 hits. [Graphical view] | ||||||||||||
| SUPFAM | SSF50978. WD40_like. 1 hit. | ||||||||||||
| PROSITE | PS00678. WD_REPEATS_1. 2 hits. PS50082. WD_REPEATS_2. 5 hits. PS50294. WD_REPEATS_REGION. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Other | |||||||||||||
| GenomeRNAi | 1161. | ||||||||||||
| NextBio | 4822. | ||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | ERCC8_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q13216 Secondary accession number(s): B2RB64, Q6FHX5, Q96GB9 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
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