Q12306 (SMT3_YEAST) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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January 25, 2012.
Version 106.
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| Protein names | Recommended name: Ubiquitin-like protein SMT3 | ||||||
| Gene names |
| ||||||
| Organism | Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) | ||||||
| Taxonomic identifier | 559292 [NCBI] | ||||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Fungi › Dikarya › Ascomycota › Saccharomycotina › Saccharomycetes › Saccharomycetales › Saccharomycetaceae › Saccharomyces |
Protein attributes
| Sequence length | 101 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Not known; suppressor of MIF2 mutations. |
| Subunit structure | Activated by a E1 ligase composed of AOS1 and UBA2. |
| Miscellaneous | Present with 2940 molecules/cell in log phase SD medium. Ref.6 |
| Sequence similarities | Belongs to the ubiquitin family. SUMO subfamily. Contains 1 ubiquitin-like domain. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Ubl conjugation pathway |
| PTM | Isopeptide bond Phosphoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | protein sumoylation Inferred from direct assay Ref.5. Source: SGD |
| Cellular component | condensed nuclear chromosome Inferred from direct assay. Source: SGD septin ringInferred from direct assay. Source: SGD |
| Molecular function | protein binding Inferred from physical interaction. Source: IntAct protein tagInferred from direct assay. Source: SGD |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| SGS1 | P35187 | 3 | EBI-17490,EBI-17059 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 98 | 98 | Ubiquitin-like protein SMT3 | PRO_0000035963 | ||||||||||||||||||
| Propeptide | 99 – 101 | 3 | PRO_0000035964 | |||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||
| Domain | 22 – 98 | 77 | Ubiquitin-like | |||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 2 | 1 | Phosphoserine Ref.7 Ref.8 | |||||||||||||||||||
| Modified residue | 4 | 1 | Phosphoserine Ref.8 | |||||||||||||||||||
| Modified residue | 32 | 1 | Phosphoserine Ref.9 | |||||||||||||||||||
| Modified residue | 33 | 1 | Phosphoserine Ref.9 | |||||||||||||||||||
| Cross-link | 98 | Glycyl lysine isopeptide (Gly-Lys) (interchain with K-? in acceptor proteins) | ||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 22 – 32 | 11 | ||||||||||||||||||||
| Beta strand | 34 – 40 | 7 | ||||||||||||||||||||
| Helix | 46 – 55 | 10 | ||||||||||||||||||||
| Helix | 60 – 62 | 3 | ||||||||||||||||||||
| Beta strand | 63 – 67 | 5 | ||||||||||||||||||||
| Turn | 78 – 82 | 5 | ||||||||||||||||||||
| Beta strand | 87 – 93 | 7 | ||||||||||||||||||||
Sequences
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | U27233 Genomic DNA. Translation: AAB01675.1. U33057 Genomic DNA. Translation: AAB64951.1. AY558174 Genomic DNA. Translation: AAS56500.1. BK006938 Genomic DNA. Translation: DAA12341.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | S63999. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_010798.1. NM_001180818.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q12306. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMR | Q12306. Positions 13-95. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-1364N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | Q12306. 50 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-390217. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | Q12306. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PeptideAtlas | Q12306. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EnsemblFungi | YDR510W; YDR510W; YDR510W. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 852122. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | sce:YDR510W. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NMPDR | fig|4932.3.peg.1571. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CYGD | YDR510w. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SGD | S000002918. SMT3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | fuNOG10950. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneTree | EFGT00050000005413. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG436396. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | EYIKIKV. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4K6KF1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q12306. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q12306. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | YDR510W. Saccharomyces cerevisiae. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR000626. Ubiquitin. IPR019955. Ubiquitin_supergroup. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K12160. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00240. ubiquitin. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00213. UBQ. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50053. UBIQUITIN_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 970504. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PMAP-CutDB | Q12306. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | SMT3_YEAST | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q12306 Secondary accession number(s): D6VTD1 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Fungal Protein Annotation Program | ||||||||
Relevant documents
| Yeast Yeast (Saccharomyces cerevisiae): entries, gene names and cross-references to SGD |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with