Reviewed,
UniProtKB/Swiss-Prot Q12109 (SYWC_YEAST)
Last modified
June 16, 2009.
Version 69.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (4) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Tryptophanyl-tRNA synthetase, cytoplasmic EC=6.1.1.2 Alternative name(s): Tryptophan--tRNA ligase Short name=TrpRS | ||||||
| Gene names |
| ||||||
| Organism | Saccharomyces cerevisiae (Baker's yeast) [Complete proteome] | ||||||
| Taxonomic identifier | 4932 [NCBI] | ||||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Fungi › Dikarya › Ascomycota › Saccharomycotina › Saccharomycetes › Saccharomycetales › Saccharomycetaceae › Saccharomyces |
Protein attributes
| Sequence length | 432 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Catalytic activity | ATP + L-tryptophan + tRNA(Trp) = AMP + diphosphate + L-tryptophyl-tRNA(Trp). |
| Subunit structure | Homodimer. |
| Subcellular location | |
| Miscellaneous | Present with 12100 molecules/cell in log phase SD medium. Ref.4 |
| Sequence similarities | Belongs to the class-I aminoacyl-tRNA synthetase family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Protein biosynthesis |
| Cellular component | Cytoplasm |
| Ligand | ATP-binding Nucleotide-binding |
| Molecular function | Aminoacyl-tRNA synthetase Ligase |
| PTM | Phosphoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | tryptophanyl-tRNA aminoacylation Traceable author statement. Source: SGD |
| Cellular component | cytoplasm Traceable author statement. Source: SGD |
| Molecular function | ATP binding Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW protein bindingInferred from physical interaction. Source: IntAct tryptophan-tRNA ligase activity Ref.3Inferred from direct assay. Source: SGD |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| ARO8 | P53090 | 1 | EBI-18832,EBI-2042933 | |
| RNR1 | P21524 | 1 | EBI-18832,EBI-15234 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 432 | 432 | Tryptophanyl-tRNA synthetase, cytoplasmic | PRO_0000136744 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif | 111 – 120 | 10 | "HIGH" region | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif | 295 – 299 | 5 | "KMSKS" region | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 20 | 1 | Phosphothreonine Ref.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 47 – 54 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 61 – 71 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 77 – 80 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 83 – 89 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 90 – 99 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 104 – 109 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 118 – 120 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 121 – 134 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 138 – 142 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 144 – 150 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 156 – 171 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 172 – 174 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 177 – 179 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 180 – 184 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 185 – 188 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 191 – 201 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 206 – 211 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 221 – 225 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 227 – 232 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 236 – 238 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 240 – 243 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 251 – 256 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 257 – 259 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 260 – 273 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 279 – 283 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 301 – 303 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 311 – 321 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 330 – 336 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 340 – 342 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 344 – 352 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 356 – 367 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 373 – 396 | 24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 400 – 407 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Sequence analysis of a 44 kb DNA fragment of yeast chromosome XV including the Ty1-H3 retrotransposon, the suf1(+) frameshift suppressor gene for tRNA-Gly, the yeast transfer RNA-Thr-1a and a delta element." Vandenbol M., Durand P., Portetelle D., Hilger F. Yeast 11:1069-1075(1995) [PubMed: 7502582] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. |
| [2] | "The nucleotide sequence of Saccharomyces cerevisiae chromosome XV." Dujon B., Albermann K., Aldea M., Alexandraki D., Ansorge W., Arino J., Benes V., Bohn C., Bolotin-Fukuhara M., Bordonne R., Boyer J., Camasses A., Casamayor A., Casas C., Cheret G., Cziepluch C., Daignan-Fornier B., Dang V.-D. Kleine K.Nature 387:98-102(1997) [PubMed: 9169874] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. Strain: ATCC 96604 / S288c / FY1679. |
| [3] | "Identification and expression of the Saccharomyces cerevisiae cytoplasmic tryptophanyl-tRNA synthetase gene." John T.R., Ghosh M., Johnson J.D. Yeast 13:37-41(1997) [PubMed: 9046085] [Abstract] Cited for: FUNCTION. |
| [4] | "Global analysis of protein expression in yeast." Ghaemmaghami S., Huh W.-K., Bower K., Howson R.W., Belle A., Dephoure N., O'Shea E.K., Weissman J.S. Nature 425:737-741(2003) [PubMed: 14562106] [Abstract] Cited for: LEVEL OF PROTEIN EXPRESSION [LARGE SCALE ANALYSIS]. |
| [5] | "A multidimensional chromatography technology for in-depth phosphoproteome analysis." Albuquerque C.P., Smolka M.B., Payne S.H., Bafna V., Eng J., Zhou H. Mol. Cell. Proteomics 7:1389-1396(2008) [PubMed: 18407956] [Abstract] Cited for: PHOSPHORYLATION [LARGE SCALE ANALYSIS] AT THR-20, MASS SPECTROMETRY. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Z48149 Genomic DNA. Translation: CAA88164.1. Z74839 Genomic DNA. Translation: CAA99110.1. | |||||||||||||
| PIR | S51901. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_014544.1. | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| |||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||
| DIP | DIP:6750N. | ||||||||||||
| IntAct | Q12109. 7 interactions. | ||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||
| PeptideAtlas | Q12109. | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| Ensembl | YOL097C. Saccharomyces cerevisiae. [Contig view] | ||||||||||||
| GeneID | 854056. | ||||||||||||
| GenomeReviews | Gene locus YOL097C in contig Y13140_GR. | ||||||||||||
| KEGG | sce:YOL097C. | ||||||||||||
| NMPDR | fig|4932.3.peg.5633. | ||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||
| CYGD | YOL097c. | ||||||||||||
| SGD | S000005457. WRS1. | ||||||||||||
| Yeast-GFP | Search... | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| HOGENOM | Q12109. | ||||||||||||
| OMA | Q12109. FSDLEYM. | ||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||
| BRENDA | 6.1.1.2. 250. | ||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||
| GermOnline | YOL097C. Saccharomyces cerevisiae. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| InterPro | IPR001412. aa-tRNA-synth_I_CS. IPR002305. aa-tRNA-synth_Ib. IPR014729. Rossmann-like_a/b/a_fold. IPR002306. Trp-tRNA-synth_Ib. [Graphical view] | ||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:3.40.50.620. Rossmann-like_a/b/a_fold. 1 hit. | ||||||||||||
| PANTHER | PTHR10055. Trp_tRNA-synt_1b. 1 hit. | ||||||||||||
| Pfam | PF00579. tRNA-synt_1b. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| PRINTS | PR01039. TRNASYNTHTRP. | ||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR00233. trpS. 1 hit. | ||||||||||||
| PROSITE | PS00178. AA_TRNA_LIGASE_I. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||
| NextBio | 975647. | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | SYWC_YEAST | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q12109 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | FPAP (Fungal Proteome Annotation Project) | ||||||||
Relevant documents
| Aminoacyl-tRNA synthetases List of aminoacyl-tRNA synthetase entries |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |
| Yeast Yeast (Saccharomyces cerevisiae): entries, gene names and cross-references to SGD |

Clusters with


