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UniProtKB/Swiss-Prot Q12051 (GGPPS_YEAST)
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January 19, 2010.
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Documents (4) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Geranylgeranyl pyrophosphate synthetase Short name=GGPP synthetase Short name=GGPPSase Alternative name(s): Geranylgeranyl diphosphate synthase BET2 suppressor protein 1 Including the following 3 domains: 1- Recommended name: Dimethylallyltranstransferase EC=2.5.1.1 2- Recommended name: Geranyltranstransferase EC=2.5.1.10 3- Recommended name: Farnesyltranstransferase EC=2.5.1.29 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Saccharomyces cerevisiae (Baker's yeast) [Complete proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 4932 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Fungi › Dikarya › Ascomycota › Saccharomycotina › Saccharomycetes › Saccharomycetales › Saccharomycetaceae › Saccharomyces |
Protein attributes
| Sequence length | 335 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Catalyzes the trans-addition of the 3 molecules of IPP onto DMAPP to form geranylgeranyl pyrophosphate. Required for the membrane attachment of YPT1 and SEC4. May be involved in vesicle trafficking and protein sorting. Ref.1 Ref.5 |
| Catalytic activity | Dimethylallyl diphosphate + isopentenyl diphosphate = diphosphate + geranyl diphosphate. Geranyl diphosphate + isopentenyl diphosphate = diphosphate + trans,trans-farnesyl diphosphate. Trans,trans-farnesyl diphosphate + isopentenyl diphosphate = diphosphate + geranylgeranyl diphosphate. |
| Cofactor | Binds 3 magnesium ions per subunit. Ref.8 |
| Pathway | |
| Subcellular location | Cytoplasm By similarity. |
| Miscellaneous | Present with 2840 molecules/cell in log phase SD medium. Ref.4 |
| Sequence similarities | Belongs to the FPP/GGPP synthetase family. |
| Biophysicochemical properties | Kinetic parameters: KM=3.2 µM for farnesyl diphosphate KM=0.8 µM for isopentenyl diphosphate |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Carotenoid biosynthesis Isoprene biosynthesis Protein transport Transport |
| Cellular component | Cytoplasm |
| Ligand | Magnesium Metal-binding |
| Molecular function | Transferase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | carotenoid biosynthetic process Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW protein transportInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Cellular component | mitochondrion Inferred from direct assay. Source: SGD |
| Molecular function | dimethylallyltranstransferase activity Inferred from electronic annotation. Source: EC farnesyltranstransferase activity Ref.1Inferred from direct assay. Source: SGD geranyltranstransferase activityInferred from electronic annotation. Source: EC magnesium ion bindingInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 335 | 335 | Geranylgeranyl pyrophosphate synthetase | PRO_0000228139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 75 | 1 | Magnesium 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 75 | 1 | Magnesium 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 79 | 1 | Magnesium 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 79 | 1 | Magnesium 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 209 | 1 | Magnesium 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 36 | 1 | Isopentenyl diphosphate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 39 | 1 | Isopentenyl diphosphate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 68 | 1 | Isopentenyl diphosphate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 84 | 1 | Dimethylallyl diphosphate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 85 | 1 | Isopentenyl diphosphate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 169 | 1 | Dimethylallyl diphosphate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 170 | 1 | Dimethylallyl diphosphate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 206 | 1 | Dimethylallyl diphosphate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 213 | 1 | Dimethylallyl diphosphate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 223 | 1 | Dimethylallyl diphosphate By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 233 | 1 | Dimethylallyl diphosphate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Site | 107 | 1 | Important for determining product chain length | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 7 | 1 | E → G: No effect. Monomer; when associated with G-8. Ref.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 8 | 1 | L → G: Monomer and homodimer. Monomer; when associated with G-7. Ref.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 9 | 1 | I → G: Mostly monomer. Exclusively monomer; when associated with G-8. Reduces enzyme activity 1000-fold. Ref.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 107 | 1 | Y → A: Reduced affinity for isopentenyl diphosphate (IPP). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 108 | 1 | F → A: Reduced affinity for isopentenyl diphosphate (IPP). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 139 | 1 | H → A: Reduced affinity for isopentenyl diphosphate (IPP). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1 – 9 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 17 – 30 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 36 – 50 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 54 – 78 | 25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 82 – 84 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 90 – 94 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 96 – 114 | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 121 – 150 | 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 159 – 169 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 171 – 184 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 195 – 219 | 25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 221 – 223 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 227 – 231 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 236 – 248 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 251 – 263 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 268 – 280 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 284 – 300 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 324 – 330 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 332 – 334 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | U39205 Genomic DNA. Translation: AAB68296.1. U31632 Genomic DNA. Translation: AAA83262.1. AY692852 Genomic DNA. Translation: AAT92871.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | S60921. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_015256.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | Q12051. 5 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | Q12051. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | YPL069C; YPL069C; YPL069C; Saccharomyces cerevisiae. [Genome view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 856036. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | sce:YPL069C. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NMPDR | fig|4932.3.peg.6389. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CYGD | YPL069c. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SGD | S000005990. BTS1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | fuNOG04319. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG397395. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | DIEDNSI. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG9D285X. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | Q12051. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BioCyc | MetaCyc:MONOMER-13701. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BRENDA | 2.5.1.1. 250. 2.5.1.10. 250. 2.5.1.29. 250. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q12051. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q12051. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | YPL069C. Saccharomyces cerevisiae. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR000092. Polyprenyl_synt. IPR017446. Polyprenyl_synth-rel. IPR008949. Terpenoid_synth. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:1.10.600.10. Terpenoid_synth. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR12001. Polyprenyl_synt. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00348. polyprenyl_synt. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00723. POLYPRENYL_SYNTHET_1. 1 hit. PS00444. POLYPRENYL_SYNTHET_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 980968. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | GGPPS_YEAST | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q12051 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | FPAP (Fungal Proteome Annotation Project) | ||||||||
Relevant documents
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |
| Yeast Yeast (Saccharomyces cerevisiae): entries, gene names and cross-references to SGD |

Clusters with


