Q10471 (GALT2_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 EC=2.4.1.41 Alternative name(s): Polypeptide GalNAc transferase 2 Short name=GalNAc-T2 Short name=pp-GaNTase 2 Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 2 UDP-GalNAc:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 Cleaved into the following chain: | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 571 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Catalyzes the initial reaction in O-linked oligosaccharide biosynthesis, the transfer of an N-acetyl-D-galactosamine residue to a serine or threonine residue on the protein receptor. Has a broad spectrum of substrates for peptides such as EA2, Muc5AC, Muc1a, Muc1b. Probably involved in O-linked glycosylation of the immunoglobulin A1 (IgA1) hinge region. Ref.7 Ref.9 |
| Catalytic activity | UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine + polypeptide = UDP + N-acetyl-alpha-D-galactosaminyl-polypeptide. Ref.1 |
| Cofactor | Manganese By similarity. Calcium By similarity. |
| Pathway | |
| Subcellular location | Golgi apparatus › Golgi stack membrane; Single-pass type II membrane protein. Secreted. Note: Resides preferentially in the trans and medial parts of the Golgi stack. A secreted form also exists. Ref.8 |
| Tissue specificity | Widely expressed. Ref.1 |
| Domain | There are two conserved domains in the glycosyltransferase region: the N-terminal domain (domain A, also called GT1 motif), which is probably involved in manganese coordination and substrate binding and the C-terminal domain (domain B, also called Gal/GalNAc-T motif), which is probably involved in catalytic reaction and UDP-Gal binding By similarity. The ricin B-type lectin domain binds to GalNAc and contributes to the glycopeptide specificity By similarity. |
| Sequence similarities | Belongs to the glycosyltransferase 2 family. GalNAc-T subfamily. Contains 1 ricin B-type lectin domain. |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 571 | 571 | Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 | PRO_0000223391 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 52 – 571 | 520 | Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 soluble form | PRO_0000012265 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 1 – 6 | 6 | Cytoplasmic Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 7 – 24 | 18 | Helical; Signal-anchor for type II membrane protein; Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 25 – 571 | 547 | Lumenal Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 443 – 566 | 124 | Ricin B-type lectin | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 135 – 240 | 106 | Catalytic subdomain A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 300 – 362 | 63 | Catalytic subdomain B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Site | 516 | 1 | Not glycosylated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 456 ↔ 473 | By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 496 ↔ 513 | By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 539 ↔ 555 | By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 245 | 1 | R → H. Corresponds to variant rs1923950 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_049240 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 554 | 1 | V → M. Ref.2 Corresponds to variant rs2273970 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_019575 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 70 | 1 | T → G AA sequence Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 78 | 1 | W → D AA sequence Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 93 | 1 | R → G AA sequence Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 210 | 1 | R → W AA sequence Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 290 – 291 | 2 | RR → SC AA sequence Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 293 | 1 | R → Q AA sequence Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 300 | 1 | P → H AA sequence Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 522 | 1 | W → A AA sequence Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 533 | 1 | H → M AA sequence Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 78 – 80 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 83 – 88 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 98 – 102 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 106 – 111 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 124 – 128 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 138 – 146 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 149 – 162 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 165 – 167 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 168 – 175 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 182 – 185 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 186 – 189 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 193 – 197 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 203 – 214 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 217 – 222 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 225 – 229 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 234 – 243 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 247 – 256 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 258 – 260 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 268 – 274 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 280 – 284 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 287 – 292 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 308 – 314 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 315 – 320 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 330 – 333 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 334 – 344 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 348 – 359 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 366 – 368 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 373 – 388 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 390 – 392 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 393 – 399 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 401 – 405 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 412 – 420 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 426 – 432 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 447 – 452 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 455 – 458 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 463 – 465 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 469 – 472 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 478 – 480 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 482 – 484 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 490 – 492 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 495 – 498 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 509 – 512 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 518 – 520 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 522 – 525 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 526 – 529 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 530 – 533 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 536 – 541 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 545 – 547 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 551 – 554 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 559 – 561 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 564 – 567 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Web resources
| GGDB GlycoGene database |
| Functional Glycomics Gateway - GTase Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | X85019 mRNA. Translation: CAA59381.1. AK290048 mRNA. Translation: BAF82737.1. AL078646, AL117349, AL136988 Genomic DNA. Translation: CAC00585.2. AL117349, AL078646, AL136988 Genomic DNA. Translation: CAI22902.1. AL136988, AL078646, AL117349 Genomic DNA. Translation: CAI23447.1. FJ515852 Genomic DNA. Translation: ACS13744.1. CH471098 Genomic DNA. Translation: EAW69911.1. BC041120 mRNA. Translation: AAH41120.1. | ||||||||||||||||||
| IPI | IPI00004669. | ||||||||||||||||||
| PIR | I37405. | ||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_004472.1. NM_004481.3. | ||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.731416. | ||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q10471. | ||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000355632. | ||||||||||||||||||
Protein family/group databases | |||||||||||||||||||
| CAZy | CBM13. Carbohydrate-Binding Module Family 13. GT27. Glycosyltransferase Family 27. | ||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||
| PhosphoSite | Q10471. | ||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||
| DMDM | 51315838. | ||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||
| PaxDb | Q10471. | ||||||||||||||||||
| PeptideAtlas | Q10471. | ||||||||||||||||||
| PRIDE | Q10471. | ||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||
| DNASU | 2590. | ||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000366672; ENSP00000355632; ENSG00000143641. | ||||||||||||||||||
| GeneID | 2590. | ||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:2590. | ||||||||||||||||||
| UCSC | uc010pvy.1. human. | ||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||
| CTD | 2590. | ||||||||||||||||||
| GeneCards | GC01P230193. | ||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0001682. | ||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:4124. GALNT2. | ||||||||||||||||||
| HPA | HPA011222. | ||||||||||||||||||
| MIM | 602274. gene. | ||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_Q10471. | ||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA28537. | ||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||
| eggNOG | NOG239675. | ||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000038227. | ||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG051699. | ||||||||||||||||||
| InParanoid | Q10471. | ||||||||||||||||||
| KO | K00710. | ||||||||||||||||||
| OMA | IYECHNA. | ||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4PG60H. | ||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||
| BRENDA | 2.4.1.41. 2681. | ||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_17015. Metabolism of proteins. | ||||||||||||||||||
| UniPathway | UPA00378. | ||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q10471. | ||||||||||||||||||
| Bgee | Q10471. | ||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_GALNT2. | ||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q10471. | ||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000143641. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||
| InterPro | IPR001173. Glyco_trans_2. IPR000772. Ricin_B_lectin. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| Pfam | PF00535. Glycos_transf_2. 1 hit. PF00652. Ricin_B_lectin. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| SMART | SM00458. RICIN. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| SUPFAM | SSF50370. RicinB_like. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50231. RICIN_B_LECTIN. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||
| ChiTaRS | GALNT2. human. | ||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | Q10471. | ||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 2590. | ||||||||||||||||||
| NextBio | 10245. | ||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | GALT2_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q10471 Secondary accession number(s): A8K1Y3, C5HU00, Q9NPY4 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
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| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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