Q09065 (UREF_HELPY) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
Last modified
January 25, 2012.
Version 72.
History...
Names·Attributes·General annotation·Ontologies·Sequence annotation·Sequences·References·Cross-refs·Entry info·DocumentsCustomize order
Names·Attributes·General annotation·Ontologies·Sequence annotation·Sequences·References·Cross-refs·Entry info·DocumentsCustomize orderNames and origin
| Protein names | Recommended name: Urease accessory protein UreF | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (Campylobacter pylori) | ||||
| Taxonomic identifier | 85962 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Bacteria › Proteobacteria › Epsilonproteobacteria › Campylobacterales › Helicobacteraceae › Helicobacter |
Protein attributes
| Sequence length | 254 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Required for maturation of urease via the functional incorporation of the urease nickel metallocenter By similarity. HAMAP MF_01385 |
| Subunit structure | UreH, UreF and UreG form a complex that acts as a GTP-hydrolysis-dependent molecular chaperone, activating the urease apoprotein by helping to assemble the nickel containing metallocenter of UreC. The UreE protein probably delivers the nickel By similarity. |
| Subcellular location | Cytoplasm By similarity HAMAP MF_01385. |
| Disruption phenotype | Cells do not express urease. Ref.1 |
| Sequence similarities | Belongs to the UreF family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Nickel insertion Virulence |
| Cellular component | Cytoplasm |
| Molecular function | Chaperone |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | nitrogen compound metabolic process Inferred from electronic annotation. Source: InterPro pathogenesisInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Cellular component | cytoplasm Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell |
| Molecular function | nickel cation binding Inferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 254 | 254 | Urease accessory protein UreF HAMAP MF_01385 | PRO_0000067648 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 10 | 1 | T → I in AAA25024. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 17 | 1 | P → L in AAA25024. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 25 | 1 | N → S in AAA25024. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 55 – 60 | 6 | ETYIQQ → LARNLHPA in AAA25024. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 71 | 1 | E → K in AAA25024. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 103 | 1 | K → R in AAA25024. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 110 – 112 | 3 | VIM → IIT in AAA25024. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 143 – 145 | 3 | MGE → IGA in AAA25024. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 153 – 155 | 3 | KTK → QTE in AAA25024. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 232 | 1 | T → A in AAA25024. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 31 – 39 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 55 – 59 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 66 – 77 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 80 – 83 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 85 – 97 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 101 – 104 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 108 – 114 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 118 – 126 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 130 – 137 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 146 – 153 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 159 – 162 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 166 – 169 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 174 – 196 | 23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 206 – 210 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 212 – 224 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 227 – 229 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Expression of Helicobacter pylori urease genes in Escherichia coli grown under nitrogen-limiting conditions." Cussac V., Ferrero R.L., Labigne A. J. Bacteriol. 174:2466-2473(1992) [PubMed: 1313413] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA], DISRUPTION PHENOTYPE. Strain: 85P. |
| [2] | "The complete genome sequence of the gastric pathogen Helicobacter pylori." Tomb J.-F., White O., Kerlavage A.R., Clayton R.A., Sutton G.G., Fleischmann R.D., Ketchum K.A., Klenk H.-P., Gill S.R., Dougherty B.A., Nelson K.E., Quackenbush J., Zhou L., Kirkness E.F., Peterson S.N., Loftus B.J., Richardson D.L., Dodson R.J. Venter J.C.Nature 388:539-547(1997) [PubMed: 9252185] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. Strain: ATCC 700392 / 26695. |
| [3] | "Bacterial factors that mediate colonization of the stomach and virulence of Helicobacter pylori." Clyne M., Dolan B., Reeves E.P. FEMS Microbiol. Lett. 268:135-143(2007) [PubMed: 17313591] [Abstract] Cited for: REVIEW ON VIRULENCE OF H.PYLORI. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | M84338 Genomic DNA. Translation: AAA25024.1. AE000511 Genomic DNA. Translation: AAD07132.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | E64528. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_206869.1. NC_000915.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-3134N. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-184930. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 900170. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeReviews | Gene locus HP_0069 in contig AE000511_GR. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hpy:HP0069. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| NMPDR | fig|85962.1.peg.67. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PATRIC | 20591339. VBIHelPyl33062_0071. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| TIGR | HP_0069. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG296674. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | STSPMEL. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtClustDB | CLSK495847. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| HAMAP | MF_01385. UreF. [Tree] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR002639. UreF. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K03188. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF01730. UreF. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PIRSF | PIRSF009467. Ureas_acces_UreF. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | UREF_HELPY | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q09065 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Prokaryotic Protein Annotation Program | ||||||||
Relevant documents
| Helicobacter pylori Helicobacter pylori (strain 26695): entries and gene names |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with