Q08493 (PDE4C_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
Last modified
May 1, 2013.
Version 116.
History...
Names·Attributes·General annotation·Ontologies·Alt products·Sequence annotation·Sequences·References·Cross-refs·Entry info·DocumentsCustomize order
Names·Attributes·General annotation·Ontologies·Alt products·Sequence annotation·Sequences·References·Cross-refs·Entry info·DocumentsCustomize orderNames and origin
| Protein names | Recommended name: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4C EC=3.1.4.17 Alternative name(s): DPDE1 PDE21 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 712 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Hydrolyzes the second messenger cAMP, which is a key regulator of many important physiological processes. Ref.7 |
| Catalytic activity | Adenosine 3',5'-cyclic phosphate + H2O = adenosine 5'-phosphate. |
| Cofactor | Binds 2 divalent metal cations per subunit. Site 1 may preferentially bind zinc ions, while site 2 has a preference for magnesium and/or manganese ions. Ref.7 |
| Enzyme regulation | Inhibited by rolipram. |
| Pathway | Purine metabolism; 3',5'-cyclic AMP degradation; AMP from 3',5'-cyclic AMP: step 1/1. |
| Subunit structure | Part of a complex containing AKAP5, ADCY5, ADCY6 and PKD2 By similarity. |
| Subcellular location | Cell projection › cilium By similarity. |
| Tissue specificity | Expressed in various tissues but not in cells of the immune system. |
| Sequence similarities | Belongs to the cyclic nucleotide phosphodiesterase family. PDE4 subfamily. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Cellular component | Cell projection Cilium |
| Coding sequence diversity | Alternative splicing Polymorphism |
| Ligand | Metal-binding cAMP |
| Molecular function | Hydrolase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological_process | cAMP catabolic process Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-UniPathway signal transductionInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Cellular_component | cytosol Traceable author statement. Source: Reactome primary ciliumInferred from sequence or structural similarity. Source: UniProtKB |
| Molecular_function | 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity Traceable author statement PubMed 9349724. Source: ProtInc metal ion bindingInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Complete GO annotation... | |
Alternative products
| This entry describes 7 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform PDE4C1 (identifier: Q08493-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform PDE4C2 (identifier: Q08493-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-106: Missing. | ||||||
| Isoform PDE4C3 (identifier: Q08493-3) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-81: MENLGVGEGA...LSWPVSSCRR → MQGPPAPAPV...RRFTVAHPLC | ||||||
| Isoform PDE4C4 (identifier: Q08493-4) The sequence of this isoform is not available. | ||||||
| Isoform PDE4C5 (identifier: Q08493-5) The sequence of this isoform is not available. | ||||||
| Isoform PDE4C6 (identifier: Q08493-6) The sequence of this isoform is not available. | ||||||
| Isoform PDE4C7 (identifier: Q08493-7) The sequence of this isoform is not available. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 712 | 712 | cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4C | PRO_0000198811 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 388 – 392 | 5 | cAMP By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 388 | 1 | Proton donor By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 392 | 1 | Divalent metal cation 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 428 | 1 | Divalent metal cation 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 429 | 1 | Divalent metal cation 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 429 | 1 | Divalent metal cation 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 546 | 1 | Divalent metal cation 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 429 | 1 | cAMP By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 546 | 1 | cAMP By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 597 | 1 | cAMP By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Site | 549 | 1 | Binds AMP, but not cAMP By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 106 | 106 | Missing in isoform PDE4C2. | VSP_004575 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 81 | 81 | MENLG…SSCRR → MQGPPAPAPVPGPGSPRGSP RGSPGLFRKLLVNQSIRLQR RFTVAHPLC in isoform PDE4C3. | VSP_004574 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 131 | 1 | S → L. Corresponds to variant rs10413646 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_050473 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 289 | 1 | R → Q. Corresponds to variant rs34503849 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_050474 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 344 | 1 | R → Q. Corresponds to variant rs2229228 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_034374 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 344 | 1 | R → W. Corresponds to variant rs11879710 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_061497 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 204 | 1 | K → N in AAD47053. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 204 | 1 | K → N in AAD47054. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 211 | 1 | D → Y in AAD47053. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 211 | 1 | D → Y in AAD47054. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 339 – 340 | 2 | EL → DV in CAA86601. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 444 – 446 | 3 | NSE → K in AAC83047. Ref.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 446 – 447 | 2 | EL → DV in CAA86601. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 317 – 323 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 324 – 326 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 334 – 340 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 345 – 356 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 359 – 362 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 367 – 379 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 385 – 389 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 390 – 404 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 407 – 409 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 410 – 412 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 415 – 427 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 428 – 431 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 435 – 437 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 456 – 467 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 468 – 470 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 476 – 479 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 482 – 497 | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 501 – 503 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 504 – 516 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 531 – 546 | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 549 – 551 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 554 – 569 | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 600 – 603 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 605 – 616 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 617 – 620 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 621 – 630 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Molecular cloning and functional expression in yeast of a human cAMP-specific phosphodiesterase subtype (PDE IV-C)." Engels P., Sullivan M., Mueller T., Luebbert H. FEBS Lett. 358:305-310(1995) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORM PDE4C1). Tissue: Substantia nigra. |
| [2] | "Genomic organisation of the human cyclic AMP-specific phosphodiesterase PDE4C gene and its chromosomal localisation to 19p13.1, between RAB3A and JUND." Sullivan M., Olsen A.S., Houslay M.D. Cell. Signal. 11:735-742(1999) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA] (ISOFORMS PDE4C1; PDE4C2 AND PDE4C3). |
| [3] | "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs." Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., Otsuki T., Sugiyama T., Irie R., Wakamatsu A., Hayashi K., Sato H., Nagai K., Kimura K., Makita H., Sekine M., Obayashi M., Nishi T., Shibahara T., Tanaka T., Ishii S. Sugano S.Nat. Genet. 36:40-45(2004) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA] (ISOFORM PDE4C1). Tissue: Tongue. |
| [4] | "The DNA sequence and biology of human chromosome 19." Grimwood J., Gordon L.A., Olsen A.S., Terry A., Schmutz J., Lamerdin J.E., Hellsten U., Goodstein D., Couronne O., Tran-Gyamfi M., Aerts A., Altherr M., Ashworth L., Bajorek E., Black S., Branscomb E., Caenepeel S., Carrano A.V. Lucas S.M.Nature 428:529-535(2004) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [5] | Mural R.J., Istrail S., Sutton G.G., Florea L., Halpern A.L., Mobarry C.M., Lippert R., Walenz B., Shatkay H., Dew I., Miller J.R., Flanigan M.J., Edwards N.J., Bolanos R., Fasulo D., Halldorsson B.V., Hannenhalli S., Turner R. Venter J.C.Submitted (JUL-2005) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [6] | "A family of human phosphodiesterases homologous to the dunce learning and memory gene product of Drosophila melanogaster are potential targets for antidepressant drugs." Bolger G., Michaeli T., Martins T., St John T., Steiner B., Rodgers L., Riggs M., Wigler M., Ferguson K. Mol. Cell. Biol. 13:6558-6571(1993) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] OF 462-712. |
| [7] | "Structures of the four subfamilies of phosphodiesterase-4 provide insight into the selectivity of their inhibitors." Wang H., Peng M.-S., Chen Y., Geng J., Robinson H., Houslay M.D., Cai J., Ke H. Biochem. J. 408:193-201(2007) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (1.90 ANGSTROMS) OF 306-663 IN COMPLEX WITH METAL IONS, FUNCTION, COFACTOR. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | Z46632 mRNA. Translation: CAA86601.1. AF157816 AF157815 Genomic DNA. Translation: AAD47053.1.AF157816 AF157815 Genomic DNA. Translation: AAD47054.1.AF157816, AF157814, AF157815 Genomic DNA. Translation: AAD47055.1. AK095384 mRNA. Translation: BAG53036.1. AC005759 Genomic DNA. Translation: AAC83047.1. CH471106 Genomic DNA. Translation: EAW84677.1. L20968 mRNA. Translation: AAA03591.1. | ||||||||||||||||||
| IPI | IPI00328206. IPI00472785. IPI01009877. | ||||||||||||||||||
| PIR | S71626. | ||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_000914.2. NM_000923.4. NP_001092288.1. NM_001098818.2. NP_001092289.1. NM_001098819.2. | ||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.132584. | ||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | Q08493. | ||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000347689. | ||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||
| PhosphoSite | Q08493. | ||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||
| DMDM | 20141263. | ||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||
| PaxDb | Q08493. | ||||||||||||||||||
| PRIDE | Q08493. | ||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000262805; ENSP00000262805; ENSG00000105650. ENST00000355502; ENSP00000347689; ENSG00000105650. ENST00000447275; ENSP00000402091; ENSG00000105650. ENST00000594465; ENSP00000470210; ENSG00000105650. ENST00000594617; ENSP00000469696; ENSG00000105650. | ||||||||||||||||||
| GeneID | 5143. | ||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:5143. | ||||||||||||||||||
| UCSC | uc002nif.4. human. uc002nii.4. human. | ||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||
| CTD | 5143. | ||||||||||||||||||
| GeneCards | GC19M018318. | ||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:8782. PDE4C. | ||||||||||||||||||
| MIM | 600128. gene. | ||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_Q08493. | ||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA264. | ||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||
| eggNOG | NOG122287. | ||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG108239. | ||||||||||||||||||
| InParanoid | Q08493. | ||||||||||||||||||
| KO | K01120. | ||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4ZGPBT. | ||||||||||||||||||
| PhylomeDB | Q08493. | ||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_111102. Signal Transduction. | ||||||||||||||||||
| UniPathway | UPA00762; UER00747. | ||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||
| ArrayExpress | Q08493. | ||||||||||||||||||
| Bgee | Q08493. | ||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_PDE4C. | ||||||||||||||||||
| Genevestigator | Q08493. | ||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000105650. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||
| Gene3D | 1.10.1300.10. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| InterPro | IPR003607. HD/PDEase_dom. IPR023088. PDEase. IPR002073. PDEase_catalytic_dom. IPR023174. PDEase_CS. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| Pfam | PF00233. PDEase_I. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| PRINTS | PR00387. PDIESTERASE1. | ||||||||||||||||||
| SMART | SM00471. HDc. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00126. PDEASE_I. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||
| BindingDB | Q08493. | ||||||||||||||||||
| ChEMBL | CHEMBL291. | ||||||||||||||||||
| DrugBank | DB00651. Dyphylline. | ||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | Q08493. | ||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 5143. | ||||||||||||||||||
| NextBio | 19838. | ||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | PDE4C_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q08493 Secondary accession number(s): B3KTC4 Q9UPJ6 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 19 Human chromosome 19: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
