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UniProtKB/Swiss-Prot Q06330 (SUH_HUMAN)
Last modified
January 19, 2010.
Version 98.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (6) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Recombining binding protein suppressor of hairless Alternative name(s): J kappa-recombination signal-binding protein RBP-J kappa Short name=RBP-J Short name=RBP-JK CBF-1 Renal carcinoma antigen NY-REN-30 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 500 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Transcriptional regulator that plays a central role in Notch signaling, a signaling pathway involved in cell-cell communication that regulates a broad spectrum of cell-fate. determinations. Acts as a transcriptional repressor when it is not associated with Notch proteins. When associated with some Notch protein, it acts as a transcriptional activator that activates transcription of Notch target genes. Probably represses or activates transcription via the recruitment of chromatin remodeling complexes containing histone deacetylase or histone acetylase proteins, respectively. Specifically binds to the immunoglobulin kappa-type J segment recombination signal sequence. |
| Subunit structure | Interacts with activated NOTCH1, NOTCH2 or NOTCH3. Interacts with MINT/SHARP. This interaction may mediate the recruitment of large corepressor complexes containing proteins such as HDAC1, HDAC2, NCOR2, SAP30, FHL1/KYOT2 and CIR1. Interacts with EP300, MAML1 and PTF1A. Interacts with Epstein-Barr virus EBNA2, EBNA3, EBNA4 and EBNA6. Ref.3 Ref.4 Ref.6 Ref.7 Ref.8 |
| Subcellular location | |
| Sequence similarities | Belongs to the Su(H) family. Contains 1 IPT/TIG domain. |
| Caution | Despite some similarity with the "phage" integrase family, it has no recombinase activity. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Notch signaling pathway Transcription Transcription regulation |
| Cellular component | Nucleus |
| Coding sequence diversity | Alternative splicing Polymorphism |
| Domain | Repeat |
| Ligand | DNA-binding |
| Molecular function | Activator Repressor |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | DNA recombination Ref.1 Non-traceable author statement. Source: UniProtKB Notch signaling pathwayInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW negative regulation of transcription, DNA-dependentInferred from direct assay. Source: UniProtKB transcriptionInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Cellular component | nucleolus Ref.6 Inferred from direct assay. Source: UniProtKB |
| Molecular function | protein binding Ref.6 Ref.9 Inferred from physical interaction. Source: UniProtKB recombinase activity Ref.1Non-traceable author statement. Source: UniProtKB transcription factor activity Ref.6Traceable author statement. Source: UniProtKB |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| NOTCH1 | P46531 | 1 | EBI-632552,EBI-636374 | |
| SNW1 | Q13573 | 1 | EBI-632552,EBI-632715 |
Alternative products
| This entry describes 6 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform APCR-2 (identifier: Q06330-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform APCR-1 (identifier: Q06330-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-75: Missing. | ||||||
| Isoform APCR-3 (identifier: Q06330-3) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-89: Missing. 90-95: DGCSEQ → MAWIKR | ||||||
| Isoform 4 (identifier: Q06330-4) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-20: MDHTEGLPAEEPPAHAPSPG → MGGCR | ||||||
| Isoform 5 (identifier: Q06330-5) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-35: Missing. | ||||||
| Isoform 6 (identifier: Q06330-6) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-20: MDHTEGLPAEEPPAHAPSPG → MAWIKR |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 500 | 500 | Recombining binding protein suppressor of hairless | PRO_0000208567 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 355 – 445 | 91 | IPT/TIG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DNA binding | 58 – 65 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DNA binding | 192 – 201 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DNA binding | 265 – 297 | 33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 89 | 89 | Missing in isoform APCR-3. | VSP_002718 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 75 | 75 | Missing in isoform APCR-1. | VSP_002717 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 35 | 35 | Missing in isoform 5. | VSP_021572 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 20 | 20 | MDHTE…APSPG → MGGCR in isoform 4. | VSP_021573 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 20 | 20 | MDHTE…APSPG → MAWIKR in isoform 6. | VSP_021574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 90 – 95 | 6 | DGCSEQ → MAWIKR in isoform APCR-3. | VSP_002719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 291 | 1 | K → E: dbSNP rs1064372. | VAR_028994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 296 | 1 | M → K: dbSNP rs5011135. | VAR_057243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 334 | 1 | D → H: dbSNP rs1064376. | VAR_028995 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 408 | 1 | I → V: dbSNP rs1064381. | VAR_057244 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 419 | 1 | R → Q: dbSNP rs1064384. | VAR_028996 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 425 | 1 | P → S: dbSNP rs1064387. | VAR_028997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 456 | 1 | A → V: dbSNP rs1064402. Ref.1 | VAR_028998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 140 – 141 | 2 | ML → IF in AAA60258. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 240 | 1 | G → V in AAA60258. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 248 | 1 | V → C in AAA60258. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 265 | 1 | R → M in AAA60258. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 270 | 1 | Q → H in AAA60258. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 462 | 1 | R → P in AAA60258. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 33 – 41 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 50 – 57 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 79 – 88 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 94 – 96 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 102 – 105 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 137 – 139 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 141 – 146 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 152 – 157 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 161 – 166 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 174 – 176 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 178 – 180 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 185 – 191 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 193 – 195 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 197 – 199 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 204 – 206 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 209 – 211 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 220 – 225 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 231 – 234 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 246 – 255 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 262 – 268 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 271 – 275 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 284 – 289 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 291 – 295 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 302 – 306 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 319 – 321 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 328 – 336 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 356 – 362 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 366 – 368 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 370 – 377 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 382 – 386 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 389 – 391 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 393 – 397 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 400 – 404 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 408 – 411 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 412 – 414 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 426 – 430 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 435 – 437 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References
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| [1] | "Human Jk recombination signal binding protein gene (IGKJRB): comparison with its mouse homologue." Amakawa R., Jing W., Ozawa K., Matsunami N., Hamaguchi Y., Matsuda F., Kawaichi M., Honjo T. Genomics 17:306-315(1993) [PubMed: 8406481] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORMS APCR-1; APCR-2 AND APCR-3), VARIANT VAL-456. Tissue: Placenta. |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | L07872 mRNA. Translation: AAA60258.1. L07874 mRNA. Translation: AAA16253.1. L07875 mRNA. Translation: AAA16254.1. Different initiation. L07876 mRNA. Translation: AAA16356.1. BC020780 mRNA. Translation: AAH20780.1. BC053531 mRNA. No translation available. BC064976 mRNA. Translation: AAH64976.1. | ||||||||||||
| IPI | IPI00030177. IPI00218576. IPI00218578. IPI00402156. IPI00419892. IPI00807402. | ||||||||||||
| PIR | A47214. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_005340.2. NP_976028.1. NP_976029.1. | ||||||||||||
| UniGene | Hs.479396 | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||
| IntAct | Q06330. 9 interactions. | ||||||||||||
| STRING | Q06330. | ||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||
| PRIDE | Q06330. | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| Ensembl | ENST00000342295; ENSP00000345206; ENSG00000168214; Homo sapiens. [Genome view] ENST00000361572; ENSP00000354528; ENSG00000168214; Homo sapiens. [Genome view] | ||||||||||||
| GeneID | 3516. | ||||||||||||
| KEGG | hsa:3516. | ||||||||||||
| UCSC | uc003grx.1. human. | ||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||
| CTD | 3516. | ||||||||||||
| GeneCards | GC04P025930. | ||||||||||||
| H-InvDB | HIX0004146. | ||||||||||||
| HGNC | HGNC:5724. RBPJ. | ||||||||||||
| MIM | 147183. gene. | ||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| eggNOG | prNOG09743. | ||||||||||||
| HOGENOM | HBG383440. | ||||||||||||
| HOVERGEN | Q06330. | ||||||||||||
| InParanoid | Q06330. | ||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||
| Pathway_Interaction_DB | ps1pathway. Presenilin action in Notch and Wnt signaling. | ||||||||||||
| Reactome | REACT_71. Gene Expression. | ||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||
| ArrayExpress | Q06330. | ||||||||||||
| Bgee | Q06330. | ||||||||||||
| CleanEx | HS_RBPJ. | ||||||||||||
| Genevestigator | Q06330. | ||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000168214. Homo sapiens. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| InterPro | IPR015350. Beta-trefoil. IPR014756. Ig_E-set. IPR002909. IPT_TIG_rcpt. IPR015351. LAG1_DNA_bd. IPR008967. p53-like_TF_DNA-bd. [Graphical view] | ||||||||||||
| Pfam | PF09270. Beta-trefoil. 1 hit. PF09271. LAG1-DNAbind. 1 hit. PF01833. TIG. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||
| NextBio | 13784. | ||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | SUH_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: Q06330 Secondary accession number(s): Q5XKH9, Q6P1N3 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 9 Human chromosome 9: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
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| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
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