Reviewed,
UniProtKB/Swiss-Prot Q00959 (NMDE1_RAT)
Last modified
November 25, 2008.
Version 87.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (2) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-1 Alternative name(s): N-methyl D-aspartate receptor subtype 2A Short name=NMDAR2A Short name=NR2A | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Rattus norvegicus (Rat) | ||
| Taxonomic identifier | 10116 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Glires › Rodentia › Sciurognathi › Muroidea › Muridae › Murinae › Rattus |
Protein attributes
| Sequence length | 1464 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | NMDA receptor subtype of glutamate-gated ion channels possesses high calcium permeability and voltage-dependent sensitivity to magnesium. Activation requires binding of agonist to both types of subunits. |
| Subunit structure | Forms heteromeric channel of a zeta subunit (GRIN1), a epsilon subunit (GRIN2A, GRIN2B, GRIN2C or GRIN2D) and a third subunit (GRIN3A or GRIN3B). Found in a complex with GRIN1, GRIN3A and PPP2CB. Interacts with AIP1. Found in a complex with GRIN1 and GRIN3B By similarity. Interacts with PDZ domains of INADL and DLG4. |
| Subcellular location | Cell membrane; Multi-pass membrane protein. Cell junction › synapse › postsynaptic cell membrane; Multi-pass membrane protein. |
| Sequence similarities | Belongs to the glutamate-gated ion channel (TC 1.A.10) family. [View classification] |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 22 | 22 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 23 – 1464 | 1442 | Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-1 | PRO_0000011576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 23 – 555 | 533 | Extracellular Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 556 – 576 | 21 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 577 – 633 | 57 | Cytoplasmic Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 634 – 654 | 21 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 655 – 816 | 162 | Extracellular Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 817 – 837 | 21 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 838 – 1464 | 627 | Cytoplasmic Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 511 – 513 | 3 | Glutamate binding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 689 – 690 | 2 | Glutamate binding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif | 1462 – 1464 | 3 | PDZ-binding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 518 | 1 | Glutamate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 731 | 1 | Glutamate; via amide nitrogen | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Site | 614 | 1 | Functional determinant of NMDA receptors By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 888 | 1 | Phosphothreonine By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 912 | 1 | Phosphoserine By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 917 | 1 | Phosphoserine By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 929 | 1 | Phosphoserine By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 943 | 1 | Phosphotyrosine By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 1025 | 1 | Phosphoserine By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 1459 | 1 | Phosphoserine By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 75 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 340 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 443 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 444 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 541 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 246 | 1 | L → F in BAA02498. Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 758 | 1 | S → T in BAA02498. Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 758 | 1 | S → T in AAB58801. Ref.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 990 | 1 | E → D in AAB58801. Ref.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 406 – 410 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 414 – 416 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 417 – 421 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 434 – 447 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 449 – 458 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 459 – 471 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 475 – 479 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 482 – 485 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 495 – 501 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 506 – 508 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 516 – 519 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 522 – 524 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 529 – 531 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 533 – 538 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 668 – 671 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 673 – 675 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 676 – 678 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 689 – 695 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 699 – 705 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 706 – 708 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 713 – 721 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 726 – 731 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 732 – 740 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 747 – 751 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 755 – 757 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 759 – 761 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 764 – 766 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 772 – 784 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 787 – 795 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| [1] | "Heteromeric NMDA receptors: molecular and functional distinction of subtypes." Monyer H., Sprengel R., Schoepfer R., Herb A., Higuchi M., Lomeli H., Burnashev N., Sakmann B., Seeburg P.H. Science 256:1217-1221(1992) [PubMed: 1350383] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. Tissue: Brain. |
| [2] | Monyer H., Sprengel R., Schoepfer R., Herb A., Higuchi M., Lomeli H., Burnashev N., Sakmann B., Seeburg P.H. Submitted (FEB-1998) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: SEQUENCE REVISION TO 595 AND 597-598. |
| [3] | "Molecular characterization of the family of the N-methyl-D-aspartate receptor subunits." Ishii T., Moriyoshi K., Sugihara H., Sakurada K., Kadotani H., Yokoi M., Akazawa C., Shigemoto R., Mizuno N., Masu M., Nakanishi S. J. Biol. Chem. 268:2836-2843(1993) [PubMed: 8428958] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. Strain: Sprague-Dawley. Tissue: Forebrain. |
| [4] | "Nucleotide sequence of rat NMDA receptor gene NMDAR2A." Boulter J. Submitted (APR-1997) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. Strain: Sprague-Dawley. |
| [5] | "Domain interaction between NMDA receptor subunits and the postsynaptic density protein PSD-95." Kornau H.C., Schenker L.T., Kennedy M.B., Seeburg P.H. Science 269:1737-1740(1995) [PubMed: 7569905] [Abstract] Cited for: INTERACTION WITH DLG4. |
| [6] | "A novel multiple PDZ domain-containing molecule interacting with N-methyl-d-aspartate receptors and neuronal cell adhesion proteins." Hirao K., Hata Y., Ide N., Takeuchi M., Irie M., Yao I., Deguchi M., Toyoda A., Suedhof T.C., Takai Y. J. Biol. Chem. 273:21105-21110(1998) [PubMed: 9694864] [Abstract] Cited for: INTERACTION WITH AIP1. |
| [7] | "CIPP, a novel multivalent PDZ domain protein, selectively interacts with Kir4.0 family members, NMDA receptor subunits, neurexins, and neuroligins." Kurschner C., Mermelstein P.G., Holden W.T., Surmeier D.J. Mol. Cell. Neurosci. 11:161-172(1998) [PubMed: 9647694] [Abstract] Cited for: INTERACTION WITH INADL. |
| [8] | "Assembly with the NR1 subunit is required for surface expression of NR3A-containing NMDA receptors." Perez-Otano I., Schulteis C.T., Contractor A., Lipton S.A., Trimmer J.S., Sucher N.J., Heinemann S.F. J. Neurosci. 21:1228-1237(2001) [PubMed: 11160393] [Abstract] Cited for: SUBCELLULAR LOCATION, IDENTIFICATION IN A COMPLEX WITH GRIN1 AND GRIN3A. |
| [9] | "An NMDA receptor signaling complex with protein phosphatase 2A." Chan S.F., Sucher N.J. J. Neurosci. 21:7985-7992(2001) [PubMed: 11588171] [Abstract] Cited for: IDENTIFICATION IN A COMPLEX WITH GRIN1; GRIN3A AND PPP2CB. |
| [10] | "Association of NR3A with the N-methyl-D-aspartate receptor NR1 and NR2 subunits." Al-Hallaq R.A., Jarabek B.R., Fu Z., Vicini S., Wolfe B.B., Yasuda R.P. Mol. Pharmacol. 62:1119-1127(2002) [PubMed: 12391275] [Abstract] Cited for: IDENTIFICATION IN A COMPLEX WITH GRIN1 AND GRIN3A. |
| [11] | "Characterization and comparison of the NR3A subunit of the NMDA receptor in recombinant systems and primary cortical neurons." Sasaki Y.F., Rothe T., Premkumar L.S., Das S., Cui J., Talantova M.V., Wong H.-K., Gong X., Chan S.F., Zhang D., Nakanishi N., Sucher N.J., Lipton S.A. J. Neurophysiol. 87:2052-2063(2002) [PubMed: 11929923] [Abstract] Cited for: IDENTIFICATION IN A COMPLEX WITH GRIN1 AND GRIN3A. |
| [12] | "Subunit arrangement and function in NMDA receptors." Furukawa H., Singh S.K., Mancusso R., Gouaux E. Nature 438:185-192(2005) [PubMed: 16281028] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (1.7 ANGSTROMS) OF 401-802 IN COMPLEXES WITH GRIN1 AND GLUTAMATE. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | ||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| M91561 mRNA. Translation: AAC03565.1. D13211 mRNA. Translation: BAA02498.1. AF001423 mRNA. Translation: AAB58801.1. | ||||||||||||||
| PIR | A43274. | |||||||||||||
| RefSeq | NP_036705.3. | |||||||||||||
| UniGene | Rn.9710 | |||||||||||||
3D structure databases | ||||||||||||||
| ||||||||||||||

Clusters with