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UniProtKB/Swiss-Prot P80188 (NGAL_HUMAN)
Last modified
October 13, 2009.
Version 105.
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Documents (4) |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin Short name=NGAL Alternative name(s): p25 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 Lipocalin-2 Oncogene 24p3 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 198 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Transport of small lipophilic substances Potential. |
| Subunit structure | Forms a covalently linked, disulfide-bridged heterodimer with the 92 kDa type V collagenase (MMP-9). |
| Subcellular location | |
| Tissue specificity | Expressed in bone marrow and in tissues that are prone to exposure to microorganism. High expression is found in bone marrow as well as in uterus, prostate, salivary gland, stomach, appendix, colon, trachea and lungs. Not found in the small intestine or peripheral blood leukocytes. Ref.2 |
| Sequence similarities | Belongs to the calycin superfamily. Lipocalin family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Cellular component | Secreted |
| Domain | Signal |
| PTM | Disulfide bond Glycoprotein Pyrrolidone carboxylic acid |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | transport Inferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Cellular component | extracellular region Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell |
| Molecular function | binding Inferred from electronic annotation. Source: InterPro transporter activityInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 20 | 20 | Ref.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 21 – 198 | 178 | Neutrophil gelatinase-associated lipocalin | PRO_0000017933 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 21 | 1 | Pyrrolidone carboxylic acid Ref.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 85 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Ref.5 Ref.7 Ref.8 Ref.9 Ref.10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 96 ↔ 195 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 82 | 1 | K → N AA sequence Ref.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 155 | 1 | I → V AA sequence Ref.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 178 | 1 | S → Y in CAA67574. Ref.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 33 – 35 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 44 – 47 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 49 – 58 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 65 – 67 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 73 – 78 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 84 – 92 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 95 – 105 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 111 – 114 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 117 – 119 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 123 – 133 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 135 – 147 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 150 – 162 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 166 – 177 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 178 – 180 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 183 – 185 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 194 – 196 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| X83006 mRNA. Translation: CAA58127.1. X99133 Genomic DNA. Translation: CAA67574.1. BC033089 mRNA. Translation: AAH33089.1. S75256 mRNA. Translation: AAD14168.1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00299547. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | JC2339. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_005555.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.204238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | P80188. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P80188. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000277480; ENSP00000277480; ENSG00000148346; Homo sapiens. [Genome view] ENST00000372998; ENSP00000362089; ENSG00000148346; Homo sapiens. [Genome view] ENST00000373013; ENSP00000362104; ENSG00000148346; Homo sapiens. [Genome view] ENST00000373017; ENSP00000362108; ENSG00000148346; Homo sapiens. [Genome view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 3934. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:3934. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc004bto.1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 3934. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC09P129951. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0008419. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:6526. LCN2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB016549. CAB016550. HPA002695. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 600181. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA26547. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P80188. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P80188. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P80188. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_LCN2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P80188. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000148346. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR012674. Calycin. IPR002345. Lipocalin. IPR000566. Lipocln_cytFABP. IPR003087. N_gelatinase. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:2.40.128.20. Calycin. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00061. Lipocalin. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRINTS | PR00179. LIPOCALIN. PR01275. NGELATINASE. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00213. LIPOCALIN. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 15451. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | NGAL_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P80188 Secondary accession number(s): P30150, Q92683 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 9 Human chromosome 9: entries, gene names and cross-references to MIM |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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