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UniProtKB/Swiss-Prot P63165 (SUMO1_HUMAN)
Last modified
November 25, 2008.
Version 65.
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Documents (4) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Small ubiquitin-related modifier 1 Short name=SUMO-1 Alternative name(s): Sentrin Ubiquitin-like protein SMT3C SMT3 homolog 3 Ubiquitin-homology domain protein PIC1 Ubiquitin-like protein UBL1 GAP-modifying protein 1 Short name=GMP1 | ||||||
| Gene names |
| ||||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 101 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Ubiquitin-like protein which can be covalently attached to target lysines as a monomer. Does not seem to be involved in protein degradation and may function as an antagonist of ubiquitin in the degradation process. Plays a role in a number of cellular processes such as nuclear transport, DNA replication and repair, mitosis and signal transduction. Involved in targeting RANGAP1 to the nuclear pore complex protein RANBP2. Covalent attachment to its substrates requires prior activation by the E1 complex SAE1-SAE2 and linkage to the E2 enzyme UBE2I, and can be promoted by an E3 ligase such as PIAS1-4, RANBP2 or CBX4. |
| Subunit structure | Interacts with SAE2, UBE2I, RANBP2, PIAS1 and PIAS2. Interacts with PARK2. Covalently attached to a number of proteins such as PML, RANGAP1, HIPK2, SP100, p53, p73-alpha, MDM2, JUN, DNMT3B and TDG. Also interacts with HIF1A, HIPK2, HIPK3, CHD3, EXOSC9, RAD51 and RAD52. |
| Subcellular location | |
| Post-translational modification | Cleavage of precursor form by SENP1 or SENP2 is necessary for function. |
| Sequence similarities | Belongs to the ubiquitin family. SUMO subfamily. Contains 1 ubiquitin-like domain. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| DAXX | Q9UER7 | 4 | EBI-80140,EBI-77321 | |
| DNMT3B | Q9UBC3 | 1 | EBI-80140,EBI-80125 | |
| RANGAP1 | P46060 | 1 | EBI-80140,EBI-396091 | |
| RWDD3 | Q08AJ7 | 1 | EBI-80140,EBI-1549885 | |
| SENP2 | Q9HC62 | 1 | EBI-80140,EBI-714881 | |
| UBE2I | P63279 | 1 | EBI-80140,EBI-80168 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 97 | 97 | Small ubiquitin-related modifier 1 | PRO_0000035939 | |||||||||||||||||||||
| Propeptide | 98 – 101 | 4 | PRO_0000035940 | ||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||
| Domain | 20 – 97 | 78 | Ubiquitin-like | ||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||
| Site | 36 | 1 | Interaction with PIAS2 | ||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 2 | 1 | Phosphoserine | ||||||||||||||||||||||
| Cross-link | 97 | Glycyl lysine isopeptide (Gly-Lys) (interchain with K-? in acceptor proteins) | |||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 36 | 1 | F → A: Abolishes binding to PIAS2 | ||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 75 | 1 | H → N in AAH66306. Ref.11 | ||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 1 – 6 | 6 | |||||||||||||||||||||||
| Turn | 9 – 11 | 3 | |||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 21 – 27 | 7 | |||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 33 – 39 | 7 | |||||||||||||||||||||||
| Helix | 45 – 55 | 11 | |||||||||||||||||||||||
| Helix | 59 – 61 | 3 | |||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 62 – 66 | 5 | |||||||||||||||||||||||
| Helix | 77 – 80 | 4 | |||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 86 – 92 | 7 | |||||||||||||||||||||||
Sequences
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| X99586 mRNA. Translation: CAA67898.1. U61397 mRNA. Translation: AAB40388.1. U38784 mRNA. Translation: AAC50733.1. U67122 mRNA. Translation: AAC50996.1. U72722 mRNA. Translation: AAB40390.1. U83117 mRNA. Translation: AAB39999.1. AB062294 mRNA. Translation: BAB93477.1. BT006632 mRNA. Translation: AAP35278.1. CR542147 mRNA. Translation: CAG46944.1. CR542156 mRNA. Translation: CAG46953.1. AC079354 Genomic DNA. Translation: AAY24035.1. BC006462 mRNA. Translation: AAH06462.1. BC053528 mRNA. Translation: AAH53528.1. BC066306 mRNA. Translation: AAH66306.1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_001005781.1. NP_003343.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.81424 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP:29080N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P63165. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P63165. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSG00000116030. Homo sapiens. [Contig view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 7341. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:7341. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0002747. HIX0029725. HIX0040593. HIX0042122. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:12502. SUMO1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB004269. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 601912. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orphanet | 1991. Cleft lip with or without cleft palate. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA37149. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | P63165. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P63165. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P63165. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_SUMO1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000116030. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR000626. Ubiquitin. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00240. ubiquitin. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00213. UBQ. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50053. UBIQUITIN_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| LinkHub | P63165. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 28734. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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