P63027 (VAMP2_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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April 3, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Vesicle-associated membrane protein 2 Short name=VAMP-2 Alternative name(s): Synaptobrevin-2 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 116 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Involved in the targeting and/or fusion of transport vesicles to their target membrane. |
| Subunit structure | Part of the SNARE core complex containing SNAP25, VAMP2 and STX1A. This complex binds to CPLX1. Interacts with BVES and STX4 By similarity. Interacts with VAPA and VAPB. |
| Subcellular location | Cytoplasmic vesicle › secretory vesicle › synaptic vesicle membrane; Single-pass type IV membrane protein. Cell junction › synapse › synaptosome. Note: Neuronal synaptic vesicles. |
| Tissue specificity | Nervous system and skeletal muscle. Ref.7 |
| Sequence similarities | Belongs to the synaptobrevin family. Contains 1 v-SNARE coiled-coil homology domain. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| Picalm | O55012 | 2 | EBI-520113,EBI-915601 | From a different organism. |
| PRKD3 | O94806 | 7 | EBI-520113,EBI-1255366 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed By similarity | |||||||||||
| Chain | 2 – 116 | 115 | Vesicle-associated membrane protein 2 | PRO_0000206723 | ||||||||||
Regions | ||||||||||||||
| Topological domain | 2 – 94 | 93 | Cytoplasmic Potential | |||||||||||
| Transmembrane | 95 – 114 | 20 | Helical; Anchor for type IV membrane protein; Potential | |||||||||||
| Topological domain | 115 – 116 | 2 | Vesicular Potential | |||||||||||
| Domain | 31 – 91 | 61 | v-SNARE coiled-coil homology | |||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||
| Modified residue | 2 | 1 | N-acetylserine By similarity | |||||||||||
| Modified residue | 75 | 1 | Phosphoserine By similarity | |||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||
| Sequence conflict | 116 | 1 | T → S in AAA60604. Ref.1 | |||||||||||
| Sequence conflict | 116 | 1 | T → S in CAA12385. Ref.2 | |||||||||||
| Sequence conflict | 116 | 1 | T → S in AAF15551. Ref.3 | |||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||
| Beta strand | 34 – 36 | 3 | ||||||||||||
| Turn | 47 – 49 | 3 | ||||||||||||
| Helix | 50 – 53 | 4 | ||||||||||||
Sequences
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | M36205 M36204 Genomic DNA. Translation: AAA60604.1.AJ225044 mRNA. Translation: CAA12385.1. AF135372 Genomic DNA. Translation: AAF15551.1. AK289555 mRNA. Translation: BAF82244.1. CH471108 Genomic DNA. Translation: EAW90087.1. BC002737 mRNA. Translation: AAH02737.3. BC019608 mRNA. Translation: AAH19608.1. BC033870 mRNA. Translation: AAH33870.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00553138. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | B38315. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_055047.2. NM_014232.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.25348. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DisProt | DP00069. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P63027. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMR | P63027. Positions 30-116. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-39072N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P63027. 5 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000314214. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein family/group databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TCDB | 1.F.1.1.1. synaptosomal vesicle fusion pore (SVF-Pore) family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P63027. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 288558837. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P63027. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DNASU | 6844. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000316509; ENSP00000314214; ENSG00000220205. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 6844. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:6844. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc010cnt.1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 6844. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC17M008054. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:12643. VAMP2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 185881. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_P63027. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA37267. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000042711. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG006675. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K13504. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG43JC6B. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pathway_Interaction_DB | botulinumtoxinpathway. Effects of Botulinum toxin. insulin_glucose_pathway. Insulin-mediated glucose transport. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_111217. Metabolism. REACT_11123. Membrane Trafficking. REACT_116125. Disease. REACT_13685. Neuronal System. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P63027. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P63027. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_VAMP2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P63027. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000179036. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR001388. Synaptobrevin. IPR016444. Synaptobrevin_met/fun. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00957. Synaptobrevin. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIRSF | PIRSF005409. Synaptobrevin_euk. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRINTS | PR00219. SYNAPTOBREVN. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00417. SYNAPTOBREVIN. 1 hit. PS50892. V_SNARE. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ChiTaRS | VAMP2. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DrugBank | DB00042. Botulinum Toxin Type B. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | P63027. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 6844. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 26719. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | VAMP2_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P63027 Secondary accession number(s): P19065, Q9BUC2 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 17 Human chromosome 17: entries, gene names and cross-references to MIM |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
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Clusters with
