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UniProtKB/Swiss-Prot P62988 (UBIQ_HUMAN)
Last modified
June 16, 2009.
Version 80.
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90%,
50% identity |
Documents (7) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Ubiquitin | |||||||||||||||
| Gene names |
| |||||||||||||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | |||||||||||||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | |||||||||||||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 76 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Protein modifier which can be covalently attached to target lysines either as a monomer or as a lysine-linked polymer. Attachment to proteins as a Lys-48-linked polymer usually leads to their degradation by proteasome. Attachment to proteins as a monomer or as an alternatively linked polymer does not lead to proteasomal degradation and may be required for numerous functions, including maintenance of chromatin structure, regulation of gene expression, stress response, ribosome biogenesis and DNA repair. Ref.21 |
| Subcellular location | |
| Post-translational modification | Several types of polymeric chains can be formed, depending on the lysine used for the assembly. |
| Miscellaneous | Ubiquitin is synthesized as a polyubiquitin precursor with exact head to tail repeats, the number of repeats differ between species and strains. In some species there is a final amino-acid after the last repeat, here in human a Val. Some ubiquitin genes contain a single copy of ubiquitin fused to a ribosomal protein (either L40 or S27a). |
| Sequence similarities | Belongs to the ubiquitin family. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| BUL1 | P48524 | 1 | EBI-413034,EBI-3881 | From a different organism. |
| CCDC50 | Q8IVM0 | 1 | EBI-413034,EBI-723996 | |
| CDC6 | Q99741 | 1 | EBI-413034,EBI-374862 | |
| DUSP1 | P28562 | 1 | EBI-413034,EBI-975493 | |
| Fbxl20 | Q9CZV8 | 1 | EBI-413034,EBI-1551033 | From a different organism. |
| GGA1 | Q9UJY5 | 1 | EBI-413034,EBI-447141 | |
| ITCH | Q96J02 | 1 | EBI-413034,EBI-1564678 | |
| Mast2 | Q60592 | 2 | EBI-413034,EBI-493888 | From a different organism. |
| MCM7 | P33993 | 1 | EBI-413034,EBI-355924 | |
| MDM2 | Q00987 | 1 | EBI-413034,EBI-389668 | |
| MYO6 | Q9UM54 | 1 | EBI-413034,EBI-350606 | |
| NEDD4 | P46934 | 1 | EBI-413034,EBI-726944 | |
| ORC1L | Q13415 | 1 | EBI-413034,EBI-374847 | |
| RABGEF1 | Q9UJ41 | 2 | EBI-413034,EBI-913954 | |
| RNF168 | Q8IYW5 | 1 | EBI-413034,EBI-914207 | |
| RNF43 | Q68DV7 | 1 | EBI-413034,EBI-1647060 | |
| SMURF2 | Q9HAU4 | 1 | EBI-413034,EBI-396727 | |
| TP53 | P04637 | 1 | EBI-413034,EBI-366083 | |
| ubx2 | O14048 | 1 | EBI-413034,EBI-1005194 | From a different organism. |
| ubx3 | Q9UT81 | 1 | EBI-413034,EBI-1005297 | From a different organism. |
| WWP2 | O00308 | 1 | EBI-413034,EBI-743923 | |
| ZNF385A | Q96PM9 | 1 | EBI-413034,EBI-1539778 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 76 | 76 | Ubiquitin | PRO_0000114800 | ||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||
| Binding site | 54 | 1 | Activating enzyme | |||||||||||||||||||
| Binding site | 72 | 1 | Activating enzyme | |||||||||||||||||||
| Site | 68 | 1 | Essential for function | |||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 57 | 1 | Phosphoserine By similarity | |||||||||||||||||||
| Modified residue | 65 | 1 | Phosphoserine Ref.20 | |||||||||||||||||||
| Cross-link | 6 | Glycyl lysine isopeptide (Lys-Gly) (interchain with G-Cter in ubiquitin) Ref.18 | ||||||||||||||||||||
| Cross-link | 11 | Glycyl lysine isopeptide (Lys-Gly) (interchain with G-Cter in ubiquitin) Ref.21 Ref.18 | ||||||||||||||||||||
| Cross-link | 27 | Glycyl lysine isopeptide (Lys-Gly) (interchain with G-Cter in ubiquitin) Probable | ||||||||||||||||||||
| Cross-link | 29 | Glycyl lysine isopeptide (Lys-Gly) (interchain with G-Cter in ubiquitin) Ref.21 | ||||||||||||||||||||
| Cross-link | 48 | Glycyl lysine isopeptide (Lys-Gly) (interchain with G-Cter in ubiquitin) Ref.21 Ref.18 Ref.22 Ref.23 | ||||||||||||||||||||
| Cross-link | 63 | Glycyl lysine isopeptide (Lys-Gly) (interchain with G-Cter in ubiquitin) Ref.21 | ||||||||||||||||||||
| Cross-link | 76 | Glycyl lysine isopeptide (Gly-Lys) (interchain with K-? in acceptor proteins) | ||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 2 – 7 | 6 | ||||||||||||||||||||
| Beta strand | 12 – 16 | 5 | ||||||||||||||||||||
| Helix | 23 – 34 | 12 | ||||||||||||||||||||
| Helix | 38 – 40 | 3 | ||||||||||||||||||||
| Beta strand | 41 – 43 | 3 | ||||||||||||||||||||
| Helix | 56 – 59 | 4 | ||||||||||||||||||||
| Beta strand | 69 – 71 | 3 | ||||||||||||||||||||
Sequences
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| M26880 mRNA. Translation: AAA36789.1. Different termination. M17597 mRNA. Translation: AAA36787.1. Different termination. X04803 Genomic DNA. Translation: CAA28495.1. Different termination. X56997 Genomic DNA. Translation: CAA40312.1. Different termination. X56998 mRNA. Translation: CAA40313.1. Different termination. X56999 mRNA. Translation: CAA40314.1. Different termination. AF348700 mRNA. Translation: AAK31162.1. Sequence problems. X63237 mRNA. Translation: CAA44911.1. Different termination. S79522 mRNA. Translation: AAB21188.1. Different termination. D63791 Genomic DNA. Translation: BAA09860.1. Different termination. AB009010 mRNA. Translation: BAA23632.1. Different termination. AB003730 Genomic DNA. Translation: BAA23486.1. Different termination. AB089613 Genomic DNA. Translation: BAC56951.1. Different termination. AB089617 Genomic DNA. Translation: BAC56955.1. Different termination. AC005253 Genomic DNA. Translation: AAC25582.1. Different termination. BC000379 mRNA. Translation: AAH00379.1. Different termination. BC009301 mRNA. Translation: AAH09301.1. Different termination. BC015127 mRNA. Translation: AAH15127.1. Different termination. BC026301 mRNA. Translation: AAH26301.1. Different termination. BC031027 mRNA. Translation: AAH31027.1. Different termination. BC039193 mRNA. Translation: AAH39193.1. Different termination. BC046123 mRNA. Translation: AAH46123.1. Different termination. BC066293 mRNA. Translation: AAH66293.1. Different termination. AB062071 Genomic DNA. Translation: BAB79490.1. M10939 mRNA. Translation: AAA36788.1. Different termination. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00798155. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | UQHU. A02574. UQHUC. A22005. UQHUB. A26437. A29526. UQHUR. S34428. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_061828.1. NP_066289.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.311640 Hs.356190 Hs.520348 Hs.5308 Hs.546292 Hs.700206 Hs.714712 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P62988. 68 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2-D gel databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SWISS-2DPAGE | P62988. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Aarhus/Ghent-2DPAGE | 13. IEF. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DOSAC-COBS-2DPAGE | P62988. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HSC-2DPAGE | P62988. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Siena-2DPAGE | P62988. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P62988. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| GeneID | 7314. 7316. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:7314. hsa:7316. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| HGNC | HGNC:10417. RPS27A. HGNC:12458. UBA52. HGNC:12463. UBB. HGNC:12468. UBC. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB000362. CAB005419. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 191321. gene. 191339. gene. 191340. gene. 191343. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA34821. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Entry information
| Entry name | UBIQ_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P62988 Secondary accession number(s): P02248 Q9UPK7 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documents
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