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UniProtKB/Swiss-Prot P62837 (UB2D2_HUMAN)
Last modified
November 25, 2008.
Version 58.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (5) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 EC=6.3.2.19 Alternative name(s): Ubiquitin-protein ligase D2 Ubiquitin carrier protein D2 Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 2 E2(17)KB 2 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 147 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Catalyzes the covalent attachment of ubiquitin to other proteins. Mediates the selective degradation of short-lived and abnormal proteins. Functions in the E6/E6-AP-induced ubiquitination of p53/TP53. |
| Catalytic activity | ATP + ubiquitin + protein lysine = AMP + diphosphate + protein N-ubiquityllysine. |
| Pathway | |
| Subunit structure | Interacts with SCF (SKP1-CUL1-F-box protein) E3 ubiquitin ligase complex. |
| Sequence similarities | Belongs to the ubiquitin-conjugating enzyme family. |
Ontologies
Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Ubl conjugation pathway |
| Molecular function | Ligase |
| Technical term | 3D-structure Direct protein sequencing |
Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | protein ubiquitination Inferred from direct assay. Source: UniProtKB regulation of protein metabolic processInferred from electronic annotation. Source: InterPro ubiquitin-dependent protein catabolic process Ref.2Traceable author statement. Source: ProtInc |
| Molecular function | protein binding Inferred from physical interaction. Source: IntAct ubiquitin-protein ligase activityTraceable author statement. Source: ProtInc |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| RNF5 | Q99942 | 1 | EBI-347677,EBI-348482 | |
| TRIM5 | Q9C035-4 | 1 | EBI-347677,EBI-924243 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 147 | 147 | Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 | PRO_0000082462 | |||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 85 | 1 | Glycyl thioester intermediate By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 128 | 1 | K → Q in AAC41750. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1 – 15 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 19 – 28 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 32 – 38 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 44 – 47 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 49 – 55 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 58 – 61 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 66 – 71 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 87 – 89 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 90 – 92 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 99 – 111 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 121 – 129 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 131 – 145 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Identification of a family of closely related human ubiquitin conjugating enzymes." Jensen J.P., Bates P.W., Yang M., Vierstra R.D., Weissman A.M. J. Biol. Chem. 270:30408-30414(1995) [PubMed: 8530467] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. |
| [2] | "Reconstitution of p53-ubiquitinylation reactions from purified components: the role of human ubiquitin-conjugating enzyme UBC4 and E6-associated protein (E6AP)." Rolfe M., Beer-Romero P., Glass S., Eckstein J., Berdo I., Theodoras A., Pagano M., Draetta G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92:3264-3268(1995) [PubMed: 7724550] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. |
| [3] | "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)." The MGC Project Team Genome Res. 14:2121-2127(2004) [PubMed: 15489334] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. Tissue: Testis. |
| [4] | Lubec G., Afjehi-Sadat L. Submitted (MAR-2007) to UniProtKB Cited for: PROTEIN SEQUENCE OF 73-90, MASS SPECTROMETRY. Tissue: Brain and Cajal-Retzius cell. |
| [5] | "SCF(beta-TRCP) and phosphorylation dependent ubiquitination of I kappa B alpha catalyzed by Ubc3 and Ubc4." Strack P., Caligiuri M., Pelletier M., Boisclair M., Theodoras A., Beer-Romero P., Glass S., Parsons T., Copeland R.A., Auger K.R., Benfield P., Brizuela L., Rolfe M. Oncogene 19:3529-3536(2000) [PubMed: 10918611] [Abstract] Cited for: INTERACTION WITH SCF COMPLEX. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| U39317 mRNA. Translation: AAA91460.1. L40146 Genomic DNA. Translation: AAC41750.1. BC033349 mRNA. Translation: AAH33349.1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | I59365. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_003330.1. NP_862821.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.108332 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P62837. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P62837. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSG00000131508. Homo sapiens. [Contig view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 7322. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:7322. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0005224. HIX0006636. HIX0019025. HIX0028451. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:12475. UBE2D2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 602962. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA37125. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P62837. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P62837. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_UBE2D2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000131508. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR016135. UBQ-conjugat/RWD-like. IPR000608. UBQ-conjugat_E2. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:3.10.110.10. UBQ-conjugat_E2. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR11621. UBQ-conjugat_E2. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00179. UQ_con. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProDom | PD000461. UBQ_conjugat. 1 hit. [Graphical view] [Entries sharing at least one domain] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00212. UBCc. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00183. UBIQUITIN_CONJUGAT_1. 1 hit. PS50127. UBIQUITIN_CONJUGAT_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| LinkHub | P62837. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 28630. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | UB2D2_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P62837 Secondary accession number(s): P51669 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 5 Human chromosome 5: entries, gene names and cross-references to MIM |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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