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UniProtKB/Swiss-Prot P61081 (UBC12_HUMAN)
Last modified
November 25, 2008.
Version 56.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (5) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 EC=6.3.2.- Alternative name(s): Ubiquitin-conjugating enzyme E2 M NEDD8 protein ligase NEDD8 carrier protein | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 183 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Accepts the ubiquitin-like protein NEDD8 from the UBA3-NAE1 E1 complex and catalyzes its covalent attachment to other proteins. Involved in cell proliferation. |
| Catalytic activity | ATP + NEDD8 + protein lysine = AMP + diphosphate + protein N-NEDD8yllysine. |
| Pathway | |
| Subunit structure | Interacts with UBA3. |
| Domain | Both the N-terminal docking peptide and the catalytic core domain must bind the UBA3-NAE1 complex simultaneously for optimal transfer of NEDD8. |
| Sequence similarities | Belongs to the ubiquitin-conjugating enzyme family. UBC12 subfamily. |
Ontologies
Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Ubl conjugation pathway |
| Molecular function | Ligase |
| PTM | Phosphoprotein |
| Technical term | 3D-structure |
Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | post-translational protein modification Inferred from electronic annotation. Source: InterPro regulation of protein metabolic processInferred from electronic annotation. Source: InterPro ubiquitin-dependent protein catabolic processInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Molecular function | protein binding Ref.7 Inferred from physical interaction. Source: UniProtKB ribosomal S6-glutamic acid ligase activity Ref.7Inferred from direct assay. Source: UniProtKB ubiquitin-protein ligase activity Ref.1 Ref.8Inferred from mutant phenotype. Source: UniProtKB |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| CDK2 | P24941 | 1 | EBI-1041660,EBI-375096 | |
| FAM113A | Q9H1Q7 | 1 | EBI-1041660,EBI-748452 | |
| NAE1 | Q13564 | 1 | EBI-1041660,EBI-718631 | |
| NEDD8 | Q15843 | 1 | EBI-1041660,EBI-716247 | |
| PRKAR1A | P10644 | 1 | EBI-1041660,EBI-476431 | |
| TUSC4 | Q8WTW4 | 1 | EBI-1041660,EBI-1043552 | |
| UBA3 | Q8TBC4 | 2 | EBI-1041660,EBI-717567 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 183 | 183 | NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 | PRO_0000082488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 1 – 26 | 26 | Interaction with UBA3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 27 – 57 | 31 | Interaction with UBA3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 111 | 1 | Glycyl thioester intermediate | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 50 | 1 | Phosphoserine | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 1 | 1 | M → A: No effect on thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 4 | 1 | L → A: Impairs thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 5 | 1 | F → A: Strongly impairs thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 6 | 1 | S → A: Slightly impairs thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 7 | 1 | L → A: Strongly impairs thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 9 | 1 | Q → A: Impairs thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 10 | 1 | Q → A: No effect on thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 11 | 1 | K → A: No effect on thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 12 | 1 | K → A: Impairs thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 32 | 1 | L → A: Strongly impairs thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 35 | 1 | Q → A: Strongly impairs thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 36 | 1 | K → A: Strongly impairs thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 38 | 1 | I → A: Strongly impairs thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 39 | 1 | N → A: No effect on thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 41 | 1 | L → A: Strongly impairs thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 51 | 1 | F → A: Strongly impairs thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 55 | 1 | D → A: Strongly impairs thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 57 | 1 | L → A: Strongly impairs thioester intermediate formation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 111 | 1 | C → S: Forms a stable complex with NEDD8, which prevents subsequent NEDD8 conjugation to cullins | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 29 – 39 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 47 – 50 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 59 – 64 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 67 – 69 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 70 – 73 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 76 – 81 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 84 – 88 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 92 – 95 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 113 – 115 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 116 – 118 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 125 – 137 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 147 – 154 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 157 – 169 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 170 – 173 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 176 – 178 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| AB012191 mRNA. Translation: BAA33145.1. AF075599 mRNA. Translation: AAC26141.1. BT006754 mRNA. Translation: AAP35400.1. BC058924 mRNA. Translation: AAH58924.1. | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_003960.1. | ||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.406068 | ||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P61081. | ||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P61081. | ||||||||||||||||||||||||
2-D gel databases | |||||||||||||||||||||||||
| REPRODUCTION-2DPAGE | IPI00022597. | ||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| PeptideAtlas | P61081. | ||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSG00000130725. Homo sapiens. [Contig view] | ||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 9040. | ||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:9040. | ||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0039921. | ||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:12491. UBE2M. | ||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB004993. | ||||||||||||||||||||||||
| MIM | 603173. gene. | ||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA37140. | ||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | P61081. | ||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P61081. | ||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P61081. | ||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_UBE2M. | ||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000130725. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR015580. Ubc12. IPR016135. UBQ-conjugat/RWD-like. IPR000608. UBQ-conjugat_E2. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:3.10.110.10. UBQ-conjugat_E2. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR11621:SF17. Ubc12. 1 hit. PTHR11621. UBQ-conjugat_E2. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00179. UQ_con. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| ProDom | PD000461. UBQ_conjugat. 1 hit. [Graphical view] [Entries sharing at least one domain] | ||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00212. UBCc. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00183. UBIQUITIN_CONJUGAT_1. 1 hit. PS50127. UBIQUITIN_CONJUGAT_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||
| LinkHub | P61081. | ||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 33867. | ||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | UBC12_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P61081 Secondary accession number(s): O76069, Q8VC50 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 19 Human chromosome 19: entries, gene names and cross-references to MIM |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


